Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_175630.1
Sequence Length
1808 nt
GC Content
0.5592
GCAGUGGGCUCUGGCGGAGGUCGGGAGAACUGCAGGGCGAAGGCCGCCGGGGGCUCCGCGGGCUGCGGGGGGAGGCACUUGACACCGGCCCGGGGAGAGGAGGGGCCGCUGUCCCUGCGGCCAGUGCUGGAUGCGGGGACCCAGCGCAGAAGCAGCGCCAGGUGGAGCCAUCGAAGCCCCCACCCACAGGCUGACAGAGGCACCGUUCACCAGAGGGCUCAACACCGGGAUCUAUGUUUAAGUUUUAACUCUCGCCUCCAAAGACCACGAUAAUUCCUUCCCCAAAGCCCAGCAGCCCCCCAGCCCCGCGCAGCCCCAGCCUGCCUCCCGGCGCCCAGAUGCCCGCCAUGCCCUCCAGCGGCCCCGGGGACACCAGCAGCUCUGCUGCGGAGCGGGAGGAGGACCGAAAGGACGGAGAGGAGCAGGAGGAGCCGCGUGGCAAGGAGGAGCGCCAAGAGCCCAGCACCACGGCACGGAAGGUGGGGCGGCCUGGGAGGAAGCGCAAGCACCCCCCGGUGGAAAGCGGUGACACGCCAAAGGACCCUGCGGUGAUCUCCAAGUCCCCAUCCAUGGCCCAGGACUCAGGCGCCUCAGAGCUAUUACCCAAUGGGGACUUGGAGAAGCGGAGUGAGCCCCAGCCAGAGGAGGGGAGCCCUGCUGGGGGGCAGAAGGGCGGGGCCCCAGCAGAGGGAGAGGGUGCAGCUGAGACCCUGCCUGAAGCCUCAAGAGCAGUGGAAAAUGGCUGCUGCACCCCCAAGGAGGGCCGAGGAGCCCCUGCAGAAGCGGGUGAGUCCUCAGCACCAGGGGCAGCCUCUUCUGGGCCCACCAGCAUACCCUGAGAGUCAGGGACUUGGCUCUCCAGCAGGUCCCAGGAAGGAUGGUCUGGGUCGUGGCUAAAGGUCUGCUUGCCAAGGCUAUGGCCUGGAGGCUACUGGCUGGAUGCAGCCUGCGCAUAUGUUUUAUUUGGCCCAUAGAGUGUUUUAAACAUUUAAAAAAUUAGUUGCCAGUAUUUAAAAAUCAAAAAAUUUCACAUAAAAAUCUGGAGUUUUGGCUUCUCAUGAAAAAAAAAAAAGCUAGAUCUGGCAACAGCGGGCUUUCAUAACGCCAACGAUUGCUAGACUGGGAUAAUGGCGGUCCCUCCAUCGCCUUCUGUGGCUGGUUGUGGGCCUUAGUUUUCUGCAGCUCUACCUGGCCUGCUUACUCUCCCACGUGCCAUGCAGUUCCUGGGGGUUGCUGUAUUUGUAGCCCCUGGCCUGGGCACUCAAGGGCAGCAGAUACCCUGUUUGCCUCCCUGAGUGCAGAGGUCCUGAGCCCACCCUAGUUGGGCUGACUCAACUGGAAAUUUGGUUGUGACAGUGGCGUGGGGAGAGGGCUGGGUGAUUGUAUUCUGUGUACUGCCCAGCCCAGGCCUCUUCAUCUGGGGACUUUUUGGCCUAACCCUGGAAGCCUGGAAAGUUGCCCACUUUUCUCUUUCAGGUUAAGCCAGCAAUUUCAGGGCCAACCGAGCUGUAAACAUGUUAGUAAUGAGGACAACUAGCAUUUGUACAGGGCUUCACAGUUUACAAAGCGCUUUCUCAUACAUUAUCACAUUUGAUCCUCCCAGGGCCCUGCCAGGUUGUUUUGCAUAUGUGCAUUUUAAUUUCAAAAAGUCUUCCUUCCAAGCGUGUAUGAUGAAAUGAGUAAAUUGAUUAAUUGGCGUAACUUAUUUUGCAUGGAUCCAACCUAAUGUUCAUGCAGGAUAGAGAACAUUUCCAGAAUACAAAUUUCCAAACUUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-722.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -753.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 577.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((((....))))((.((((((((.((((..(((((.(((((.((((.(.........).)))).).))))....)))))(((((((((....((((((.......)))))).(((((((..........)))))))..((((((.((((((((((((....((((((((((.((((((((.((..((((.((((((((..(((((.(..(((.(((((...(((((..(((((((.......((((((..((((((.......(((((((.....((((..(.((((((((((...((((..((((((.((((((((((((((((...(((((((...(((((((.((..(((((((..(.((..(.((((((...)))))).)..)).)..)).......))).).)..)).))))).)).))).))))....)).)))))....(((.........)))......)).))))))).))))).)...))))..((.((((((..(((...(.(((..(((.((.....(((....)))..((((((((((((((((...(((((........)).)))...))............))))))))))))))...)).))).))))...)))..)).)))).))...)))))))))).)..))))((((((...((.(.(((((.(((((((((.(...((((((((((....)).)).)))).)).......).)))))))))(((((..((((.(((((..((((((....))))).)..))))).)).))(((((...))))).((((.....))))....((((((...)))))).))))))))))).)).)))))).)))))))))))))(((((((((((...(((......)))..)))))))))))))))))((((((((((.....(((..................))))))..(((((((...)))))))............)))))))............))))))).)))))....))))).)))..).)))))..)))............((((.((((((((..(..(((.........)))..)..)))))))))))).......))))).))))..)))))...))))).)))....)))).......)))....)))))))))))))))))).))))))).)))))).))))))))))(((((((((.......)))))))))(((((..(((((((.(((..(((((((...)))))))..))))))))))..)))))..))))))))...(((((((....)))))))((((((((((((.((..((((..((((((((.((((((((((...((((.....))))))))))))))....))))))))..((((((((((((((.(((((.((((((...(((((((.....))))))).))))))))))).)))(((((((((((((((....(((...((((..((.((((.(((((((.....(((.((((((...((((....))))))))))..))))))))))..)))).))..))))...)))....)))))))..)))))))).((((....))))..........))))))))))).......((((...((((.((.........)).))))....))))...(((((((((((((((..........)))))))))))))))....))))..)).))).)))))))))........................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,((((((((((((....||||(({(,{{{(((,(((,..{{(|{{,,{{{{(({{,((((((({{(({(({{,,.|||,.|..}||||||{||||,({,{{{({{(({((((((((|.(({....|)).})))))))}.,}))||..{{{{{|,||({((((((((,.,,{,(((({{{{.{{{{{||||{{..||||,{{{{||||,|{{{((|(,,,,,.||{((,{.{{{({..{{{{,,,.......{|{{{{..{{{{{{.......||{{{{{.....{|||.,|.{||||{{|||,||{{|{.|||{{{||||||||||||||{{||...{||||||...{{(((((.{(.,({(((((..{.||.,(,(({{{|,,,)))})).)..)).)..|}.......))).|.||.}}.}}|||,||.|||,||||.,..||,|}|}},,{.(((,,..,,,,.|}|,,||,{|||||||},|||||||.|{..||,}..||.{|||||||{{{...{.((,,,{.(|((...,.,(({,.,|||..(((((((((((((((...{(({,,.{{.{,,.|,.}}),..),)}}.....,..))))))))))))))).||}},|||.|||{{,,|||..}}.||||.|}{,{||||||||}|.|,,|||}{(((((((.{..,.{{,.,.(((((((((.,...((((((((((....)),}).)))).))....,..}.)))))))))||..{{,((((,(((((.,((((((....))))).}..))))).}).}),}))})..))})),))}}}))).))}},...((((((...}))))).,,,)))))))).}},))}}}}.}}}}}}}}}}|||{((((((((((...(((......)))..))))))))))))))))),.|,{((||,...)}}}},|,||..,.,,..,..,||||.,...(((((((...})))))).........,,,|||||.{,,,.........|||||||{|,||,...}),)))})))}}|||||},..,},.........,,,||||,||||||||,.{.,|||,,.......)))..)..)))))))))))),....,}))))),)))),.)))))}}}))))},))),..,)))),,,.,,.,,,.|,,|}}}}}}}})))))))}}.}})))),.}.})))})))})))))}(((((((((.......)))))))))(((((..(((((({,(((..(((((({...)))))))..))))))))))..))))),.)||))}|}...,((((((....))))))|((((((((({((.((..((((,,{{((((((,((((((((({...((((.....)))),))))))))),}.})))))),,..((((((((((((((.((({((((((((...(((((((.....))))))).))))))))))).)))|(((((({(((((((....(((...((((..((.((((.(((((((.....(((.((((((...((({....})))))))))..))))))))))..)))).))..))))...)))....)))))))..})))))),.((((....))))..........})))))))))),..,,..{(((..,({{(.{({(......}}).}}}}.,..))))..,(((((((((((((((..........))))))))))))))).,..))))..)).))).))))))))),.......................................
Back