Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_175848.2
Sequence Length
4276 nt
GC Content
0.5409
ACCCACUCCCGCUGCCCCGUCCGGCCCGCGCCGCUUCCUCGCAGCAGCUGCUCCCGGCUCCGCGGCCGCAGCCCGCGUGGACGCUCCGAGCGCCCCCCGACGGACGGGACCGGCUCCCUGGCGGUCGGGCGAGCGGGCGGCAACGCUGCCCGGCCGGCAGCGCUGGGGUUAAGUGGCCCAAGUAAACCUAGCUCGGCGAUCGGCGCCGGAGAUUCGCGAGCCCAGCGCCCUGCACGGCCGCCAGCCGGCCUCCCGCCAGCCAGCCCCGACCCGCGGCUCCGCCGCCCAGCCGCGCCCCAGCCAGCCCUGCGGCAGGAAAGCAUGAAGGGAGACACCAGGCAUCUCAAUGGAGAGGAGGACGCCGGCGGGAGGGAAGACUCGAUCCUCGUCAACGGGGCCUGCAGCGACCAGUCCUCCGACUCGCCCCCAAUCCUGGAGGCUAUCCGCACCCCGGAGAUCAGAGGCCGAAGAUCAAGCUCGCGACUCUCCAAGAGGGAGGUGUCCAGUCUGCUAAGCUACACACAGGACUUGACAGGCGAUGGCGACGGGGAAGAUGGGGAUGGCUCUGACACCCCAGUCAUGCCAAAGCUCUUCCGGGAAACCAGGACUCGUUCAGAAAGCCCAGCUGUCCGAACUCGAAAUAACAACAGUGUCUCCAGCCGGGAGAGGCACAGGCCUUCCCCACGUUCCACCCGAGGCCGGCAGGGCCGCAACCAUGUGGACGAGUCCCCCGUGGAGUUCCCGGCUACCAGGUCCCUGAGACGGCGGGCAACAGCAUCGGCAGGAACGCCAUGGCCGUCCCCUCCCAGCUCUUACCUUACCAUCGACCUCACAGACGACACAGAGGACACACAUGGGACGCCCCAGAGCAGCAGUACCCCCUACGCCCGCCUAGCCCAGGACAGCCAGCAGGGGGGCAUGGAGUCCCCGCAGGUGGAGGCAGACAGUGGAGAUGGAGACAGUUCAGAGUAUCAGGAUGGGAAGGAGUUUGGAAUAGGGGACCUCGUGUGGGGAAAGAUCAAGGGCUUCUCCUGGUGGCCCGCCAUGGUGGUGUCUUGGAAGGCCACCUCCAAGCGACAGGCUAUGUCUGGCAUGCGGUGGGUCCAGUGGUUUGGCGAUGGCAAGUUCUCCGAGGUCUCUGCAGACAAACUGGUGGCACUGGGGCUGUUCAGCCAGCACUUUAAUUUGGCCACCUUCAAUAAGCUCGUCUCCUAUCGAAAAGCCAUGUACCAUGCUCUGGAGAAAGCUAGGGUGCGAGCUGGCAAGACCUUCCCCAGCAGCCCUGGAGACUCAUUGGAGGACCAGCUGAAGCCCAUGUUGGAGUGGGCCCACGGGGGCUUCAAGCCCACUGGGAUCGAGGGCCUCAAACCCAACAACACGCAACCAGAGAACAAGACUCGAAGACGCACAGCUGACGACUCAGCCACCUCUGACUACUGCCCCGCACCCAAGCGCCUCAAGACAAAUUGCUAUAACAACGGCAAAGACCGAGGGGAUGAAGAUCAGAGCCGAGAACAAAUGGCUUCAGAUGUUGCCAACAACAAGAGCAGCCUGGAAGAUGGCUGUUUGUCUUGUGGCAGGAAAAACCCCGUGUCCUUCCACCCUCUCUUUGAGGGGGGGCUCUGUCAGACAUGCCGGGAUCGCUUCCUUGAGCUGUUUUACAUGUAUGAUGACGAUGGCUAUCAGUCUUACUGCACUGUGUGCUGCGAGGGCCGAGAGCUGCUGCUUUGCAGCAACACGAGCUGCUGCCGGUGUUUCUGUGUGGAGUGCCUGGAGGUGCUGGUGGGCACAGGCACAGCGGCCGAGGCCAAGCUUCAGGAGCCCUGGAGCUGUUACAUGUGUCUCCCGCAGCGCUGUCAUGGCGUCCUGCGGCGCCGGAAGGACUGGAACGUGCGCCUGCAGGCCUUCUUCACCAGUGACACGGGGCUUGAAUAUGAAGCCCCCAAGCUGUACCCUGCCAUUCCCGCAGCCCGAAGGCGGCCCAUUCGAGUCCUGUCAUUGUUUGAUGGCAUCGCGACAGGCUACCUAGUCCUCAAAGAGUUGGGCAUAAAGGUAGGAAAGUACGUCGCUUCUGAAGUGUGUGAGGAGUCCAUUGCUGUUGGAACCGUGAAGCACGAGGGGAAUAUCAAAUACGUGAACGACGUGAGGAACAUCACAAAGAAAAAUAUUGAAGAAUGGGGCCCAUUUGACUUGGUGAUUGGCGGAAGCCCAUGCAACGAUCUCUCAAAUGUGAAUCCAGCCAGGAAAGGCCUGUAUGAGGGUACAGGCCGGCUCUUCUUCGAAUUUUACCACCUGCUGAAUUACUCACGCCCCAAGGAGGGUGAUGACCGGCCGUUCUUCUGGAUGUUUGAGAAUGUUGUAGCCAUGAAGGUUGGCGACAAGAGGGACAUCUCACGGUUCCUGGAGUGUAAUCCAGUGAUGAUUGAUGCCAUCAAAGUUUCUGCUGCUCACAGGGCCCGAUACUUCUGGGGCAACCUACCCGGGAUGAACAGGCCCGUGAUAGCAUCAAAGAAUGAUAAACUCGAGCUGCAGGACUGCUUGGAAUACAAUAGGAUAGCCAAGUUAAAGAAAGUACAGACAAUAACCACCAAGUCGAACUCGAUCAAACAGGGGAAAAACCAACUUUUCCCUGUUGUCAUGAAUGGCAAAGAAGAUGUUUUGUGGUGCACUGAGCUCGAAAGGAUCUUUGGCUUUCCUGUGCACUACACAGACGUGUCCAACAUGGGCCGUGGUGCCCGCCAGAAGCUGCUGGGAAGGUCCUGGAGCGUGCCUGUCAUCCGACACCUCUUCGCCCCUCUGAAGGACUACUUUGCAUGUGAAUAGUUCCAGCCAGGCCCCAAGCCCACUGGGGUGUGUGGCAGAGCCAGGACCCAGGAGGUGUGAUUCCUGAAGGCAUCCCCAGGCCCUGCUCUUCCUCAGCUGUGUGGGUCAUACCGUGUACCUCAGUUCCCUCUUGCUCAGUGGGGGCAGAGCCACCUGACUCUUGCAGGGGUAGCCUGAGGUGCCGCCUCCUUGUGCACAAAUCAGACCUGGCUGCUUGGAGCAGCCUAACACGGUGCUCAUUUUUUCUUCUCCUAAAACUUUAAAACUUGAAGUAGGUAGCAACGUGGCUUUUUUUUUUUCCCUUCCUGGGUCUACCACUCAGAGAAACAAUGGCUAAGAUACCAAAACCACAGUGCCGACAGCUCUCCAAUACUCAGGUUAAUGCUGAAAAAUCAUCCAAGACAGUUAUUGCAAGAGUUUAAUUUUUGAAAACUGGCUACUGCUCUGUGUUUACAGACGUGUGCAGUUGUAGGCAUGUAGCUACAGGACAUUUUUAAGGGCCCAGGAUCGUUUUUUCCCAGGGCAAGCAGAAGAGAAAAUGUUGUAUAUGUCUUUUACCCGGCACAUUCCCCUUGCCUAAAUACAAGGGCUGGAGUCUGCACGGGACCUAUUAGAGUAUUUUCCACAAUGAUGAUGAUUUCAGCAGGGAUGACGUCAUCAUCACAUUCAGGGCUAUUUUUUCCCCCACAAACCCAAGGGCAGGGGCCACUCUUAGCUAAAUCCCUCCCCGUGACUGCAAUAGAACCCUCUGGGGAGCUCAGGAAGGGGUGUGCUGAGUUCUAUAAUAUAAGCUGCCAUAUAUUUUGUAGACAAGUAUGGCUCCUCCAUAUCUCCCUCUUCCCUAGGAGAGGAGUGUGAAGCAAGGAGCUUAGAUAAGACACCCCCUCAAACCCAUUCCCUCUCCAGGAGACCUACCCUCCACAGGCACAGGUCCCCAGAUGAGAAGUCUGCUACCCUCAUUUCUCAUCUUUUUACUAAACUCAGAGGCAGUGACAGCAGUCAGGGACAGACAUACAUUUCUCAUACCUUCCCCACAUCUGAGAGAUGACAGGGAAAACUGCAAAGCUCGGUGCUCCCUUUGGAGAUUUUUUAAUCCUUUUUUAUUCCAUAAGAAGUCGUUUUUAGGGAGAACGGGAAUUCAGACAAGCUGCAUUUCAGAAAUGCUGUCAUAAUGGUUUUUAACACCUUUUACUCUUCUUACUGGUGCUAUUUUGUAGAAUAAGGAACAACGUUGACAAGUUUUGUGGGGCUUUUUAUACACUUUUUAAAAUCUCAAACUUCUAUUUUUAUGUUUAACGUUUUCAUUAAAAUUUUUUUUGUAACUGGAGCCACGACGUAACAAAUAUGGGGAAAAAACUGUGCCUUGUUUCAACAGUUUUUGCUAAUUUUUAGGCUGAAAGAUGACGGAUGCCUAGAGUUUACCUUAUGUUUAAUUAAAAUCAGUAUUUGUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1549.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1629.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 1049.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.(((((((((...((((((((....)))...(((((((((...))))..((((((..((((((((((..(((.(((.(((((((.(((((.((((.....)))).(((((...(((.(((((((((.((((........))))))))))))).))).)))))......((.(((..(((.......))).))).)).))))))))).....)))...))))))..))))..)))))).)))))).(((((..((((..(((.((...)).)))((((((((...((.((......))..))...))))).)))..)).))..)))))...(((..........))).)))))))))).)))))))))))..(((((((...(((((..((((((((((((((.(((((((((((...((((((((.((((.(..((((((.((((((((((((((.(((...((...))...)))..)).))))).....)).)))))...(((((.((((((.......)).)))).)))))))))))..).))))...))))..((((..((((......)))).)))).((((((..((((......(((((((((((.(..((((...((.(((..((((.......(((.(((.........((((.((((....)))))))))))))).....))))..)))))))))........).))))))))))))))).))))))((((.(..((((....))).)..).))))...........((((((.((((((((((((.(((..(((((................(((((.(((((..((((.((((.((((.((((....))))((((((((((.((((((.(((((((((.((...((((..(((((......)).))).))))..)))))))).((((.((((((.((((((((((((((((.......((((.(.((.(..(((((((..((((((((((....))))..............))))))(((((((..(((.((......)))))..))))))))))))))..).(((.(((((((((.((.((((((..((((((((.(((...(((..((((((((((((((((...........((.(((.((((((..(((..((((((.........(.((.(((((.....((((..(((((........(((.(((...))))))..))))).))))))))))).)))))))..)))...))))))..))))))))))))..)))))))))..)))...)))..((((((.((((((((.((((((((...))))).......))).))))))...))))))))....((..(..(((.......)))...)..))...(((((....))))).......))))))))..)).))))))((.(((((........(((((........))))).(((((.((((((....))).((((((........))))))....(.((((((.(((...((((((((........))))))))...))))))))).)....))))).)))......(((((.....)))))))))).))))))))))))))....)).).))))))))))))))).)))(..(((((.(....).)))))..)...)).)))))).)))))))))))..).).)))))))))).((((((........))))))..)))))))).))))..))..))))))))))))).))).)).)))((((((((.((((((((((((((((...)))))))))......)).)))))..))..))))))))))))))))))))))).))).))))))))......)).)))))))))........((((.....(((((((.......)))))))...))))....((((.......)))).)))..))))).....))))))).(((((((....)))))))....((((((((.((.(((...(((((((((((((((((((((((((...............((((((((((((((((((...((((((((.((.(((..((((((((((....(((......)))..(((((((......)))).....(((((.(((((((..(((((((((((((.(((.((..((((....).)))..)).)))....)))))))....(((.....)))..(((((((((....))))))))))))))))))))))))))).(((((.(((((......(((((((((.(..((((..((...((((......((((((((((....((((.((((((.(.((((..(((((..(((((..((((.....(((.(((((......))))).)))....))))..((((...(((.(((((.((((.(((((......(((((((........)))))))......))))))))))))))..)))...)))).....((.(((.(((((((((((((....(....).....))))))....................(((((...((((....))))..(((((((((((.......)))))))))))((((....)))).......((((((((((((((((.((((.((((......))))))))....)))))))))).))))))(((((...))))).))))).((((.(((...))).))))..))))))).))).))..((((....))))))))))))))))).).).)).))))...))))..)))))..)))))...)))).)).)))).)))))))))).((.(((((.(((.((..((.(((((...........)))))))..)).)))))))).))))))).).)))))))....((.(((((((((....(((((((..(((((((((...))).))).)))...)))))))....))))))))))).)))))))))).............(((((((...)))))))...((((.((((.((((...((((...................)))).)))))))).))))................(((((((((.....)))))).)))....(((........)))....))).)).))))))))....(((.(((...(((((((.(((((((((((....((((((...............((((((((((..(((((.(((((((..((((..((((((((((..((((((........))))))(((((((((....((((.(((........)))..))))..........)))))))))))))))))))....(((((((.((((((((((........)))))...))))).))).))))........(((....))).....((((((((((.(((.......))).))))))))))......(((..(....)..)))...))))...))))))).)))))....(((((...(((((.(((.(((((((........(((((((((((.....((.(((((((.(((((((((........((..(((((((...(((....))))))))))..)).((((.(((((((((....))))).))))))))......))))))))).....))))))).)).......)))))......((.(((((..(((....)))...))))).))(((((((((((..(.....)..)))))))))))............))))))........)))))))))).........(((((((((...............)))))))))..)))))...(((.((..((((...((((((..((((((((((((................))))))))).)))..))))))..))))..)))))...)))))..))))))))))))))))...)))))))))..((((................))))((((...)))).........)).))))))).))).)))..))))))))))))))))))..............)))))))))))))))))))................))))))..)))))))))..........((((((((((.(((((((((...........)))))))))..(((.((((((((...............)))))))).)))))))))))))................))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((.(((((((((...((((((((....)))((((((((((((..((((((,,(((((..(((((.(.(((({(((.((.((({...}))),}.((((.....)))).,,((|,..||||,((({((((..(((((.(((...((((..(((((((((((((((((,((..(({{,....,........|{((((((.....))))}}.}..}))))),))))))))..))).)))))).))))..))).))))),.},..)})}})})))))))))},)))))..))))).)....))},))).))))),.)))}}})).....((......))...|.((((....)))),,.))))).))))))))))).((((..{{,.,,.(((((((((((((((((((,(((((((((((...((((((((.((((.(..((((((,(({{((((((((((.({(,,.,,...,}..,)))..}}.)))))....})).})}}|...(((((.{((({{.......)).)))).)))))))))))..).)))}...))))}.{(((..((((......)))).)))}.{(((((..((((......(((((((((((.,..(({{.,{((.(((..((((.....,,,...{||,........((({{((((....)))))}))),,}},.....))))..))))))))).,,.....}.))))))))))))))).)))))){{{|,{..,{{{,...))).}..),)))),....||..,.(((((,,((((((((((((.(((..(((((................{((((.((({(.,((((,(({{((({{.,(((....)))|((((((((((.{,((((.(((((((((.((...((,,..||,{{..{{{{||.,,,.))))}})))))))).((((.((((((.((,,,(((((((((((..{{{{{(,.({(.{(((.((((((({..{((({{((({.,,,|||,....,|,..|}}.,))))))(((((((..(((.{{.....,),)))..))))))),,,|{(((({.(((.((((((((((,({((((((..((((((((.(({,.{(((..((((((((((((((((.{((.....}}|{.(((.((((((..({(,.((((((.........{.(,{(((((.....((((..(((((........((,{(((...))))))..))))).))))))))))).)))))))..))},..))))))..)))}}))))))}..))))))))),,||||..}}}..((((((.((((((((.((((((((...))))).}}}...,}}.)))))}...})))))))....{{..,..(((.......)))...,..)}.,,||||,....,}})),,.,,}.)))))))).,)),))}},..,.(((,({{{{{,..(((((........))))}.,.{{|.{|||,{....|||.((((((........)))))),.},|,((({{..|||,..{{((((((........))))))))}}})))})))|{{{....|}},,.})},},||.(((((.....))))))))))..)))))))))))))..,.)))))))),}))))),)))}.)))...|||||,|..}})}),,,.}))}}.)).)))))).)))))))))))..,.,.)))))))))),((((((.,....,.)))))).,)))))))),)))),.)}..})))))))))))).))).}}.)))((((((((.((((((((((((((((...)))))))))......)).))))),,))..))))))))))))))))))))))).))),,)))))))....,.)),})))))))))....,(((((((({,.(((((((.......)))))))..(((({{...(((..(((((((...(((,,{{(((((....((((((..(((((((.(((((((((((((((((.,.((((((,(({(,{{,....,|)))},,..}))))}....,|.}},,{{{{{{.{|,|,,,||||}|||,{,,,{|||,|(((((((((,..,,...((((....{{,....,,}},....((((((.....{({{,..,.{((((.(((((((..(((((((((((((.,({{((..((((....))),)..)}.)})....)))))))....(((.....)))..(((((((((....))))))))))))))))))))))))))).,....}}.))}....)))))))}}}{((((.(((........))).))))}..{(((((((.....((((((((((.....))))}})))))....))))))))))))))))|((((......))))),}}}}...)))))))))),,.....(((((.((((.(((((.{....(((((((........)))))))....}.))))))))))))))..,,,.))))))).)))))))}})){,{{{{,{{(((((((.,{.((((({{{{{.{{{...,,..(((({{......{{(((...((((....))))..{((((((((((.......))))))))))|((({....}))),......((((((((((((((((.((((.((((......)))))))}....)))))))))).))))))(((({...})))).))))}((((((,,..{((((..((((((({(((((.(.((((((.(({....(((((((((.{{(,(((({..((((((.((,......))}))))))}.|{((.((((({.{....})))))).)},}|)})))...)).,,.)))))))))......})})))))).)))))).,,,}}.}))))}))))),.))))))...,,{(,((((((((({{.(({(((((..(((((((((...))).))).)))...))))))).}).}))))))))}),...,})))))........}}}.,||||{{,..,||||}||...,,,)))}|}|,,,,,,,,,(((((,...(((((({...,)))))){{(,(((,.((,(({(((....((({{(((((((((((.....)))))).))}....{(({{{|||......,.,},,.{{{{,.,{{{{,..,,...{,{,,||,....|}|||....,,......,.|{{{{.,,.(((((({...}))))))..}}}||((,.((((((((,{{{,,,|||{{{{{{{|,|{|{{{,|,....,))))},,{{{{{{{{....((((.(((........)))..))))....,,,,,,)))))))}}))))))))))....(((((((.((((((((((........)))))}..})))).))).))))........|,|,,..,}}.....((((((((((.(((.......))).))))))))))......(((..{.......})},..,}}}.},}}))))),})}},.}}})}))},..,{.,(.{((.(((((((........(((((((((((....{(({(((((((,(((((((((........,{..(((((((...(({....})))))))))..}}.((((.((((((((({....))))}))))))))......))))))))).....))))))).,,.......))))}.}}},.((.(((((..(((....)))...))))).))(((((((((((..{.....}..)))))))))))...........,))))))...,....)))))))}))...,.....(((((((((...............)))))))))..}))))}}}..}.})))}}}),)})),))),,))})},,,....})))}.}}.})))))}.,}},}))).}}}},.)))....))))))).)))}},})))((((({...})))))})}},,..,|||......,|||...........}}},,)))){{{{.,.}},}.,,,,},,....)))))))..(((.(((.(((((((...((({..,,..{{,,,...{{{{....,,,,,.,,))}}.,.}}}}.....}}}}.......))))...)))))).).))).)))((((((((((.(((((((((...........)))))))))..{((.((((((((...............)))))))).))}))))))))))...........,.,,,.)))).
Back