Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_175850.3
Sequence Length
4255 nt
GC Content
0.5278
GAAGGGAGAGAGCAAACAAAGGGGUCAGGAGGGAAAAUAAUGCACUGGCUUCCUGAGCCCCUGCAGAGGCUGAGCAGGGAGAGGGGGCCAGGGCCAGAGGGGACAGAGGCUGGCGGCAGACGGGCCGGGACAGGCAGGUCCUAAAUGGCAUUGUUUGAAGGGGCCGGCUAAUUGCACAGAGCAGUCUGAGCCUGAGACCCCAGCCCUGGCCUCCCCACUCUGUCCUGGGUGCUGGCGUCUGAGCCUUCGGGACAGCCUGUCCACAUGGAACCAAGUCCUGAGCCUCCAAGCUUGGAAAGCAUGAAGGGAGACACCAGGCAUCUCAAUGGAGAGGAGGACGCCGGCGGGAGGGAAGACUCGAUCCUCGUCAACGGGGCCUGCAGCGACCAGUCCUCCGACUCGCCCCCAAUCCUGGAGGCUAUCCGCACCCCGGAGAUCAGAGGCCGAAGAUCAAGCUCGCGACUCUCCAAGAGGGAGGUGUCCAGUCUGCUAAGCUACACACAGGACUUGACAGGCGAUGGCGACGGGGAAGAUGGGGAUGGCUCUGACACCCCAGUCAUGCCAAAGCUCUUCCGGGAAACCAGGACUCGUUCAGAAAGCCCAGCUGUCCGAACUCGAAAUAACAACAGUGUCUCCAGCCGGGAGAGGCACAGGCCUUCCCCACGUUCCACCCGAGGCCGGCAGGGCCGCAACCAUGUGGACGAGUCCCCCGUGGAGUUCCCGGCUACCAGGUCCCUGAGACGGCGGGCAACAGCAUCGGCAGGAACGCCAUGGCCGUCCCCUCCCAGCUCUUACCUUACCAUCGACCUCACAGACGACACAGAGGACACACAUGGGACGCCCCAGAGCAGCAGUACCCCCUACGCCCGCCUAGCCCAGGACAGCCAGCAGGGGGGCAUGGAGUCCCCGCAGGUGGAGGCAGACAGUGGAGAUGGAGACAGUUCAGAGUAUCAGGAUGGGAAGGAGUUUGGAAUAGGGGACCUCGUGUGGGGAAAGAUCAAGGGCUUCUCCUGGUGGCCCGCCAUGGUGGUGUCUUGGAAGGCCACCUCCAAGCGACAGGCUAUGUCUGGCAUGCGGUGGGUCCAGUGGUUUGGCGAUGGCAAGUUCUCCGAGGUCUCUGCAGACAAACUGGUGGCACUGGGGCUGUUCAGCCAGCACUUUAAUUUGGCCACCUUCAAUAAGCUCGUCUCCUAUCGAAAAGCCAUGUACCAUGCUCUGGAGAAAGCUAGGGUGCGAGCUGGCAAGACCUUCCCCAGCAGCCCUGGAGACUCAUUGGAGGACCAGCUGAAGCCCAUGUUGGAGUGGGCCCACGGGGGCUUCAAGCCCACUGGGAUCGAGGGCCUCAAACCCAACAACACGCAACCAGAGAACAAGACUCGAAGACGCACAGCUGACGACUCAGCCACCUCUGACUACUGCCCCGCACCCAAGCGCCUCAAGACAAAUUGCUAUAACAACGGCAAAGACCGAGGGGAUGAAGAUCAGAGCCGAGAACAAAUGGCUUCAGAUGUUGCCAACAACAAGAGCAGCCUGGAAGAUGGCUGUUUGUCUUGUGGCAGGAAAAACCCCGUGUCCUUCCACCCUCUCUUUGAGGGGGGGCUCUGUCAGACAUGCCGGGAUCGCUUCCUUGAGCUGUUUUACAUGUAUGAUGACGAUGGCUAUCAGUCUUACUGCACUGUGUGCUGCGAGGGCCGAGAGCUGCUGCUUUGCAGCAACACGAGCUGCUGCCGGUGUUUCUGUGUGGAGUGCCUGGAGGUGCUGGUGGGCACAGGCACAGCGGCCGAGGCCAAGCUUCAGGAGCCCUGGAGCUGUUACAUGUGUCUCCCGCAGCGCUGUCAUGGCGUCCUGCGGCGCCGGAAGGACUGGAACGUGCGCCUGCAGGCCUUCUUCACCAGUGACACGGGGCUUGAAUAUGAAGCCCCCAAGCUGUACCCUGCCAUUCCCGCAGCCCGAAGGCGGCCCAUUCGAGUCCUGUCAUUGUUUGAUGGCAUCGCGACAGGCUACCUAGUCCUCAAAGAGUUGGGCAUAAAGGUAGGAAAGUACGUCGCUUCUGAAGUGUGUGAGGAGUCCAUUGCUGUUGGAACCGUGAAGCACGAGGGGAAUAUCAAAUACGUGAACGACGUGAGGAACAUCACAAAGAAAAAUAUUGAAGAAUGGGGCCCAUUUGACUUGGUGAUUGGCGGAAGCCCAUGCAACGAUCUCUCAAAUGUGAAUCCAGCCAGGAAAGGCCUGUAUGAGGGUACAGGCCGGCUCUUCUUCGAAUUUUACCACCUGCUGAAUUACUCACGCCCCAAGGAGGGUGAUGACCGGCCGUUCUUCUGGAUGUUUGAGAAUGUUGUAGCCAUGAAGGUUGGCGACAAGAGGGACAUCUCACGGUUCCUGGAGUGUAAUCCAGUGAUGAUUGAUGCCAUCAAAGUUUCUGCUGCUCACAGGGCCCGAUACUUCUGGGGCAACCUACCCGGGAUGAACAGGCCCGUGAUAGCAUCAAAGAAUGAUAAACUCGAGCUGCAGGACUGCUUGGAAUACAAUAGGAUAGCCAAGUUAAAGAAAGUACAGACAAUAACCACCAAGUCGAACUCGAUCAAACAGGGGAAAAACCAACUUUUCCCUGUUGUCAUGAAUGGCAAAGAAGAUGUUUUGUGGUGCACUGAGCUCGAAAGGAUCUUUGGCUUUCCUGUGCACUACACAGACGUGUCCAACAUGGGCCGUGGUGCCCGCCAGAAGCUGCUGGGAAGGUCCUGGAGCGUGCCUGUCAUCCGACACCUCUUCGCCCCUCUGAAGGACUACUUUGCAUGUGAAUAGUUCCAGCCAGGCCCCAAGCCCACUGGGGUGUGUGGCAGAGCCAGGACCCAGGAGGUGUGAUUCCUGAAGGCAUCCCCAGGCCCUGCUCUUCCUCAGCUGUGUGGGUCAUACCGUGUACCUCAGUUCCCUCUUGCUCAGUGGGGGCAGAGCCACCUGACUCUUGCAGGGGUAGCCUGAGGUGCCGCCUCCUUGUGCACAAAUCAGACCUGGCUGCUUGGAGCAGCCUAACACGGUGCUCAUUUUUUCUUCUCCUAAAACUUUAAAACUUGAAGUAGGUAGCAACGUGGCUUUUUUUUUUUCCCUUCCUGGGUCUACCACUCAGAGAAACAAUGGCUAAGAUACCAAAACCACAGUGCCGACAGCUCUCCAAUACUCAGGUUAAUGCUGAAAAAUCAUCCAAGACAGUUAUUGCAAGAGUUUAAUUUUUGAAAACUGGCUACUGCUCUGUGUUUACAGACGUGUGCAGUUGUAGGCAUGUAGCUACAGGACAUUUUUAAGGGCCCAGGAUCGUUUUUUCCCAGGGCAAGCAGAAGAGAAAAUGUUGUAUAUGUCUUUUACCCGGCACAUUCCCCUUGCCUAAAUACAAGGGCUGGAGUCUGCACGGGACCUAUUAGAGUAUUUUCCACAAUGAUGAUGAUUUCAGCAGGGAUGACGUCAUCAUCACAUUCAGGGCUAUUUUUUCCCCCACAAACCCAAGGGCAGGGGCCACUCUUAGCUAAAUCCCUCCCCGUGACUGCAAUAGAACCCUCUGGGGAGCUCAGGAAGGGGUGUGCUGAGUUCUAUAAUAUAAGCUGCCAUAUAUUUUGUAGACAAGUAUGGCUCCUCCAUAUCUCCCUCUUCCCUAGGAGAGGAGUGUGAAGCAAGGAGCUUAGAUAAGACACCCCCUCAAACCCAUUCCCUCUCCAGGAGACCUACCCUCCACAGGCACAGGUCCCCAGAUGAGAAGUCUGCUACCCUCAUUUCUCAUCUUUUUACUAAACUCAGAGGCAGUGACAGCAGUCAGGGACAGACAUACAUUUCUCAUACCUUCCCCACAUCUGAGAGAUGACAGGGAAAACUGCAAAGCUCGGUGCUCCCUUUGGAGAUUUUUUAAUCCUUUUUUAUUCCAUAAGAAGUCGUUUUUAGGGAGAACGGGAAUUCAGACAAGCUGCAUUUCAGAAAUGCUGUCAUAAUGGUUUUUAACACCUUUUACUCUUCUUACUGGUGCUAUUUUGUAGAAUAAGGAACAACGUUGACAAGUUUUGUGGGGCUUUUUAUACACUUUUUAAAAUCUCAAACUUCUAUUUUUAUGUUUAACGUUUUCAUUAAAAUUUUUUUUGUAACUGGAGCCACGACGUAACAAAUAUGGGGAAAAAACUGUGCCUUGUUUCAACAGUUUUUGCUAAUUUUUAGGCUGAAAGAUGACGGAUGCCUAGAGUUUACCUUAUGUUUAAUUAAAAUCAGUAUUUGUCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1531.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1609.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 962.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((......(((((((((((((................)))))))).)))))...((((..((((((((...((((((((((((....((((.(((.(((((((..(((((((((((((((......)))))....))).))))))).....)))))))....((.((((....)))).)))))...)))).)))))))))))).(((.((.((((((((.(((((.(((((((((((((((..((((((((.((((...((((((..((......)).))))))....))))...))).....))))).((((....))))(((((((((..(((((.(((....)))...(((((....)))))))))).)).....))))))).............))))))))))).((((((((((((...(((((((.((((((...(((..((((((((((.....))))).)))..))..)))............(((..(((((((((..(((..(((((((..((((((.((((.((((......)))).((....))...(((((....)).)))...((((.((.(((...))).)).))))..............((.(((((.....))))).))...)))).))))))..)))..))))..)))(((.(((((((..((((((((((...(((.(((((..(((((((.(..((((....))).)..).)))).)))..)).)))..)))(((((((((((((.(((..(((((................(((((.(((((..((((.((((.((((.((((....))))((((((((((.((((((.(((((((((.((...((((..(((((......)).))).))))..)))))))).((((.((((((.((((((((((((((((.......((((.(.((.(..(((((((..((((((((((....))))..............))))))(((((((..(((.((......)))))..))))))))))))))..).(((.(((((((((.((.((((((..((((((((.(((...(((..((((((((((((((((...........((.(((.((((((..(((..((((((.........(.((.(((((.....((((..(((((........(((.(((...))))))..))))).))))))))))).)))))))..)))...))))))..))))))))))))..)))))))))..)))...)))..((((((.((((((((.((((((((...))))).......))).))))))...))))))))....((..(..(((.......)))...)..))...(((((....))))).......))))))))..)).))))))((.(((((........(((((........))))).(((((.((((((....))).((((((........))))))....(.((((((.(((...((((((((........))))))))...))))))))).)....))))).)))......(((((.....)))))))))).))))))))))))))....)).).))))))))))))))).)))(..(((((.(....).)))))..)...)).)))))).)))))))))))..).).)))))))))).((((((........))))))..)))))))).))))..))..))))))))))))).))).)).)))((((((((.((((((((((((((((...)))))))))......)).)))))..))..))))))))))))))((((((((((((............)).))))).))))).((((((..((((((((..(((((((.......)))))))....((((((((((..(((((.((((.((....(((((....((((((..(((((((.(((((((((((((((((...((((((.((((..........))))....))))))....)).))).((((((.(......).)))))).(((((((...((((((((((.......((((....(((......)))....((((((.....(((((..(.(((((.(((((((..(((((((((((((.(((.((..((((....).)))..)).)))....)))))))....(((.....)))..(((((((((....))))))))))))))))))))))))))).)....)).)))....))))))))))(((((.(((........))).)))))...(((((((.....((((((((((.....)))).))))))....))))))))))))))))).(((......))))))))))...)))))))))))).....(((((.((((.(((((......(((((((........)))))))......))))))))))))))......))))))).))))))))))).)).))))..)))))....)))).((((...))))......))))))..............((((....))))..(((((((((((.......))))))))))))))))...)))..))))))((((((((((((((((.((((.((((......))))))))....)))))))))).)))))))))).))))))...))))).)).)))....(((.((((((...))))))))).))))))))))))......))))))..))))))).((((((.(((......)))))))))......(((.....)))..)))))))))).))))))))))).)))))))))).)))...((((..((....))))))))))))))..)))).((((((((((((.....(.(((((((((....(((((((..(((((((((...))).))).)))...)))))))....))))))))))(((.....).))........)))))(((((((...)))))))..)))))))))))..))))))))).(((...(((((((...))))))))))..((..((((((((............(((((((((.....)))))).))).....(((....................)))..((((...((........)).....))))...............(((((((...((((((((...(..((((((((((((.(((((((..((((..((((((((((..((((((........))))))(((((((((....((((.(((........)))..))))..........)))))))))))))))))))....(((((((.((((((((((........)))))...))))).))).))))........(((....))).....((((((((((.(((.......))).))))))))))......(((..(....)..)))...))))...))))))).)))))............(((((.(((.(((((((........(((((((((((.....((.(((((((.(((((((((........((..(((((((...(((....))))))))))..)).((((.(((((((((....))))).))))))))......))))))))).....))))))).)).......)))))......((.(((((..(((....)))...))))).))(((((((((((..(.....)..)))))))))))............))))))........)))))))))).........(((((((((...............)))))))))..)))))...(((.((..((((...((((((..((((((((((((................))))))))).)))..))))))..))))..)))))..(((((.(((....(((((..(((((.....((((((..((((................))))((((...))))....)))))).....))))).)))))))).)))))......................((((............))))...)))))))..)))))))))...)))))))))))))))..))...((((((((((.(((((((((...........)))))))))..(((.((((((((...............)))))))).)))))))))))))......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((,.....(((((((((((((................)))))))).))))),,.((((..((((((((...((((((((((((....((((.(((.(((((((..(((((((((((((((......)))))....))).))))))).....)))))))....((.((((....)))).)))))...)))).)))))))))))),(((.{(.((((((((.(((((.(((({((({{(((((..{{(((({(,((((.,.{{{((({,({,,,,{{||.|}||||....}}}}..,}}}....,))))).{(((....}})}((((({({{,{(((((,{({,...||}...(((((....)))))}})}}.})}....)))})))..}}}}},.,,..})})))))))).{((({{{{{|||,..(((((((.((((({....,,,.,,{{((((({..,,}))|||{{{|.,||{{|,..,}},.......(((..(((((((({.,{((..(((((.....(((({{({{|.{{{{.,,,,.)))}.|||..,{{{{{.,((((...,,.(((((((((((.,..(({{.,{((.(((..((((.....,,,...{||,........((({{((((....)))))}))),,}},.....))))..))))))))).,,.....}.)))))))))))}}}},))}}))|||||{{.{((({.,{|||.|{{|{{|||{..,.||.,.|||.}}...))),,}))))))}}}(((((((.(({............(((((.(((((..((((.(((({((,{.{(((....)))|((((((((((.{,((((.(((((((((.((...((,,..||,{{..{{{{||.,,,.))))}})))))))).((((.((((((.((,,,(((((((((((..{{{{{(,.({(.{(((.((((((({..{((({{((({.,,,|||,....,|,..|}}.,))))))(((((((..(((.{{.....,),)))..))))))),,,|{(((({.(((.((((((((((,({((((((..((((((((.(({,.{(((..((((((((((((((((.{((.....}}|{.(((.((((((..({(,.((((((.........{.(,{(((((.....((((..(((((........((,{(((...))))))..))))).))))))))))).)))))))..))},..))))))..)))}}))))))}..))))))))),,||||..}}}..((((((.((((((((.((((((((...))))).}}}...,}}.)))))}...})))))))....{{..,..(((.......)))...,..)}.,,||||,....,}})),,.,,}.)))))))).,)),))}},..,.(((,({{{{{,..(((((........))))}.,.{{|.{|||,{....|||.((((((........)))))),.},|,((({{..|||,..{{((((((........))))))))}}})))})))|{{{....|}},,.})},},||.(((((.....))))))))))..)))))))))))))..,.)))))))),}))))),)))}.)))...|||||,|..}})}),,,.}))}}.)).)))))).)))))))))))..,.,.)))))))))),((((((.,....,.))))))..)))))))).))))..))..)))))))).(((((((((((.{{(.(.((((..((((((((((((((((...)))))))))......)).))))))))).|||||..{{{||||,((((((((((((............)).))))).))))).((((((..((((((((..(((((((.......)))))))...{(((({(((((..(((((.((((,({....(((((....((((((..(((((((.(((((((((((((((((,..((((((.((((,{,.....,,))),.,..))))))....,}.}}}|{((({{.|,.,.,.),}})}}}.{{,{{||,,,|(((((((({.......((((....{{,.....,}}}....((((((.....((({{..,.(((((.(((((((..(((((((((((((.,({{((..((((....))),)..)}.)})....)))))))....(((.....)))..(((((((((....))))))))))))))))))))))))))).,....)).))}....)))))))))){((((.(((........))).)))))..,(((((((.....((((((((((.....)))),})))))....))))))))))))))))|{(((......)))))}}}}}...))))))))))},.....(((((.((((.(((((.{....(((((((........)))))))....}.))))))))))))))..,,}.))))))).))))))))))).)).))))..)))))....}})),|||}...}},.......}}}}}}.,............((((....))))..{((((((((((.......))))))))))))))))...)))..))))))((((((((((((((((.((((.((((......)))))))}....)))))))))).)))))),,(({...})))))))))))))))))))}))..))))))).,,,)))),,)).})))))))))))}}},,,))))))..))))))),|||||{.{||.,,,,,)}}))))))}...,,{((,,,..}}}..)))))))})).)}))))))))).))))))))}).)))...((((..((...,),))))))))))))..)))).||(((((((({{....{(.((((((((({{.(({(((((..(((((((((...))).))).)))...))))))).}).})))))))))|,......|.)}.,,.....}}}}}(((((((...)))))))..}))))})))))..))))))))),(({...(((((({...}))))))}||.,((..(({((((({....{(((((((((((((((.....)))))).)),....(((((((((............,{{{...,,{{{,,,,{..,{|{,.}||,...||||,....,|......,,|||||.||,{{{{{{|...}}}})))..,,,|((({.((((((({.((({..(((((((((({.{(((((........)))))},((((((((....((((.(((........)))..))))..........)))))))))))))))))))....(((((((.((((((((((........)))))}..})))).))).))))........{{|....,,,.....((((((((((.(((.......))).))))))))))......(((..{.......})),..}))).}.})))))).})))}.))))))))}..,,.,{,{({.(((((((........(((((((((((....{(({(((((((,(((((((((........,{..(((((((...(({....})))))))))..}}.((((.((((((((({....))))}))))))))......))))))))).....))))))).,,.......))))}.}}},.((.(((((..(((....)))...))))).))(((((((((((..{.....}..)))))))))))...........,))))))........)))))))})),..}.....(((((((((...............)))))))))..}))))))}{{{{{|||||||,|,||{|||..|{|(((({{{{{.,,,,........,..|||||}}}}.})},,)))))),,}))),....{((((.,{.((((({...})))))|}}|....,,{{,,,,..((((................)))),|,|,},))))..,,}}|||.{{{{{||||{{(({.,,({(((,{(({,{.........,}}}}}}}}}|}|,..........})}}}}}})))}}}..|||{|....,,}}},,...))))))})),,)},}}{(((((((((.(((((((((...........)))))))))..{{(.{(((((((...............)))))))}.}}}))))))))))...........,,..}}}},..
Back