Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198148.3
Sequence Length
3544 nt
GC Content
0.5491
ACACGCGCAGCCAGCCGGCCGCCUCCCGCGCCCAAGCGCGCCGCUCUGCUGUGCCCUGCGCCCUUGCCCCGCGCCAGCUUCUGCGCCCGCAGCCCGCCCGGCGCCCCCGGUGACCGUGACCCUGCCCUGGGCGCGGGGCGGAGCAGGCAUGUCCCGCCCGGGGACCGCUACCCCAGCGCUGGCCCUGGUGCUCCUGGCAGUGACCCUGGCCGGGGUCGGAGCCCAGGGCGCAGCCCUCGAGGACCCUGAUUAUUACGGGCAGGAGAUCUGGAGCCGGGAGCCCUACUACGCGCGCCCGGAGCCCGAGCUCGAGACCUUCUCUCCGCCGCUGCCUGCGGGGCCCGGGGAGGAGUGGGAGCGGCGCCCGCAGGAGCCCAGGCCGCCCAAGAGGGCCACCAAGCCCAAGAAAGCUCCCAAGAGGGAGAAGUCGGCUCCGGAGCCGCCUCCACCAGGUAAACACAGCAACAAAAAAGUUAUGAGAACCAAGAGCUCUGAGAAGGCUGCCAACGAUGAUCACAGUGUCCGUGUGGCCCGUGAAGAUGUCAGAGAGAGUUGCCCACCUCUUGGUCUGGAAACCUUAAAAAUCACAGACUUCCAGCUCCAUGCCUCCACGGUGAAGCGCUAUGGCCUGGGGGCACAUCGAGGGAGACUCAACAUCCAGGCGGGCAUUAAUGAAAAUGAUUUUUAUGACGGAGCGUGGUGCGCGGGAAGAAAUGACCUCCAGCAGUGGAUUGAAGUGGAUGCUCGGCGCCUGACCAGAUUCACUGGUGUCAUCACUCAAGGGAGGAACUCCCUCUGGCUGAGUGACUGGGUGACAUCCUAUAAGGUCAUGGUGAGCAAUGACAGCCACACGUGGGUCACUGUUAAGAAUGGAUCUGGAGACAUGAUAUUUGAGGGAAACAGUGAGAAGGAGAUCCCUGUUCUCAAUGAGCUACCCGUCCCCAUGGUGGCCCGCUACAUCCGCAUAAACCCUCAGUCCUGGUUUGAUAAUGGGAGCAUCUGCAUGAGAAUGGAGAUCCUGGGCUGCCCACUGCCAGAUCCUAAUAAUUAUUAUCACCGCCGGAACGAGAUGACCACCACUGAUGACCUGGAUUUUAAGCACCACAAUUAUAAGGAAAUGCGCCAGUUGAUGAAAGUUGUGAAUGAAAUGUGUCCCAAUAUCACCAGAAUUUACAACAUUGGAAAAAGCCACCAGGGCCUGAAGCUGUAUGCUGUGGAGAUCUCAGAUCACCCUGGGGAGCAUGAAGUCGGUGAGCCCGAGUUCCACUACAUCGCGGGGGCCCACGGCAAUGAGGUGCUGGGCCGGGAGCUGCUGCUGCUGCUGGUGCAGUUCGUGUGUCAGGAGUACUUGGCCCGGAAUGCGCGCAUCGUCCACCUGGUGGAGGAGACGCGGAUUCACGUCCUCCCCUCCCUCAACCCCGAUGGCUACGAGAAGGCCUACGAAGGGGGCUCGGAGCUGGGAGGCUGGUCCCUGGGACGCUGGACCCACGAUGGAAUUGACAUCAACAACAACUUUCCUGAUUUAAACACGCUGCUCUGGGAGGCAGAGGAUCGACAGAAUGUCCCCAGGAAAGUUCCCAAUCACUAUAUUGCAAUCCCUGAGUGGUUUCUGUCGGAAAAUGCCACGGUGGCUGCCGAGACCAGAGCAGUCAUAGCCUGGAUGGAAAAAAUCCCUUUUGUGCUGGGCGGCAACCUGCAGGGCGGCGAGCUGGUGGUGGCGUACCCCUACGACCUGGUGCGGUCCCCCUGGAAGACGCAGGAACACACCCCCACCCCCGACGACCACGUGUUCCGCUGGCUGGCCUACUCCUAUGCCUCCACACACCGCCUCAUGACAGACGCCCGGAGGAGGGUGUGCCACACGGAGGACUUCCAGAAGGAGGAGGGCACUGUCAAUGGGGCCUCCUGGCACACCGUCGCUGGAAGUCUGAACGAUUUCAGCUACCUUCAUACAAACUGCUUCGAACUGUCCAUCUACGUGGGCUGUGAUAAAUACCCACAUGAGAGCCAGCUGCCCGAGGAGUGGGAGAAUAACCGGGAAUCUCUGAUCGUGUUCAUGGAGCAGGUUCAUCGUGGCAUUAAAGGCUUGGUGAGAGAUUCACAUGGAAAAGGAAUCCCAAACGCCAUUAUCUCCGUAGAAGGCAUUAACCAUGACAUCCGAACAGCCAACGAUGGGGAUUACUGGCGCCUCCUGAACCCUGGAGAGUAUGUGGUCACAGCAAAGGCCGAAGGUUUCACUGCAUCCACCAAGAACUGUAUGGUUGGCUAUGACAUGGGGGCCACAAGGUGUGACUUCACACUUAGCAAAACCAACAUGGCCAGGAUCCGAGAGAUCAUGGAGAAGUUUGGGAAGCAGCCCGUCAGCCUGCCAGCCAGGCGGCUGAAGCUGCGGGGGCAGAAGAGACGACAGCGUGGGUGACCCUCCUGGGCCCUUGAGACUCGUCUGGGACCCAUGCAAAUUAAACCAACCUGGUAGUAGCUCCAUAGUGGACUCACUCACUGUUGUUUCCUCUGUAAUUCAAGAAGUGCCUGGAAGAGAGGGUGCAUUGUGAGGCAGGUCCCAAAAGGGAAGGCUGGAGGCUGAGGCUGUUUUCUUUUCUUUGUUCCCAUUUAUCCAAAUAACUUGGACAGAGCAGCAGAGAAAAGCUGAUGGGAGUGAGAGAACUCAGCAAGCCAACCUGGGAAUCAGAGAGAGAAGGAGAAGGAGGGGAGCCUGUCCGUUCAGAGCCUCUGGCUGCAUAGAAAAGGAUUCUGGUGCUUCCCCUGUUUGCGUGGCAGCAAGGGUUCCACGUGCAUUUGCAAUUUGCACAGCUAAAAUUGCAGCAUUUCCCCAGCUGGGCUGUCCCAAAUGUUACCAUUUGAGAUGCUCCCAGGCGUCCUAAGAGAAUCCACCCUCUCUGGCCCUGGGACAUUGCAAGCUGCUACAAAUAAAUUCUGUGUUCUUUUGACAAUAGCGUCAUUGCCAAGUGCACAUCAGUGAGCCUCUUGAAUCUGUUUAGUCUCCUUUUUCAACAAAGGAGUGUGUUCAGAAAAGGAGAGAGAGGCUGAGAUCAUUCAGGAGUUUGUUGGGCAGCAAGCAUGGAGCUUCUUGCACAAAUUCUGGGUCCAUAAACAACCCCCAAAGUCCCUGCUGAUCCAGUAGCCCUGGAGGUUCCCCAGGUAGGGAGAGCCAGAGGUGCCAGCCUUCCUGAAGGGCCAGAAAAUUUAGCCUGGAUCUCCUCUUUUACCUGCUAGGACUGGAAAGAGCCAGAAGUGGGGUGGCCUGAAGCCCUCUCUCUGCUUGAGGUAUUGCCCCUGUGUGGAAUUGAGUGCUCAUGGGUUGGCCUCAUAUCAGCCUGGGAGUUAUUUUUGAUAUGUAGAAUGCCAGAUCUUCCAGAUUAGGCUAAAUGUAAUGAAAACCUCUUAGGAUUAUCUGUGGAGCAUCAGUUUGGGAAGAAUUAUUGAAUUAUCUUGCAAGAAAAAAGUAUGUCUCACUUUUUGUUAAUGUUGCUGCCUCAUUGACCUGGGAAAAAUGAAAAAAAAAAAUAAAGCAAAUGGUAAGACC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1321.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1382.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 1191.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((...((((((.((....(((((....)))))..))...)))).)).)))))).((((((..(((((.((((((((.((.((.((((((((.((((((..((((..........))))..)))))).)))))).))..))..(((((.....))))).(((.....)))(((((((((((.(((((.......((((((....)))))))))))))))))).))))(((((.((.(((((.......((((((((((.((.((..(((((.((.(......).)).)))))..)).)).)))((((.....)))).....))))))))))))))))))).)).))))))))))))).....((((((..((..((((....))))..))........((...(((((....)))))...))))))))((((....)))).((((((.....(((((((((((((((...((((.(((.(((((((.(..(((((((((.((((((.((((.......))))(((((((((.((((((((((...((((((((.((((((.((((....((((.(((((.((((((((((((.....(((((((.(((.(.......).))))))))))(((..((((((.......(((((((((..((....(((((((...)))))))......))(((((((..((..(....)..))(((((((((((......(((((((..((((((((((((..((.....((((((((((((((((((((...)))))).....))))))).....)))))))..))..))))).))))..........(((((.((((((((((((((........(((((....)).)))..........))))))))..(((.....)))((((.....))))........))))))))))))))...))))))).......(((.((.(((((.(((((((((.((.((((.(((....))).)))).)).(((........)))............)))))))))..))))).))))).......)))))).....)))))......))))))).........(((.(((((((((........(((((((((.....(((.........)))....)))))))))..(((......)))....((((((..(((...((((((((.((((...)))).((((.(.((....(((.((((.....)))).))).......)).).)))).))))))))....)))..))))))((.(((....))).))))))))))).)))((((((((((((...(((...((((((.((((..((.(((((...))))).))..)))).)))).)).((((((((((.....((((...((((.......))))......))))....))))..))))))..(((((..((....)))))))...((((.......)))).....)))..))))))))....))))((((((((((..((((.....(((((((((...(((((((...(((..((((......)))).))).)))).).)).)))))))))....)))).((((....))))...))))))))))....))))))))).......)))))).))).(((((((.....(((((((((((.....((((((.((((((..((........))((((.(((....)))...))))(((((((.....................)))))))(((....))).......)))))).)))).))))))))..)).))).)))))))..((.(((((((((...(((((.((.(((...(.((.......)).)...))))))))))))))))))).))))))))))))))...))))).(((................))).......((((((....))))))((((.........))))))))..))))....)))))).)))))........)))...))))))).))).))))))).))....))))))))))......)))))..).)))).)))...)))........((((((((((((..((((((((....(((.....................)))....))))))))...))))((((((........)))).))...(((((........)))))..((((((.(.(.((((((((.........))))((((((((...(((..((....(((((((....))))))).))....))).))))))))))))).).))))))((((....(((((((..(((((((.((((((.(((.....)))))))))(((((.(((((((((.(((((((((((((((((..(((....)))(((..((......)).))))))))))).......((((...))))(((((.((((...)))))).)))...))))))))).)))))...(((.((.((((((........)))))).)).)))((((((((((....)))).(((((((((((....((.(((((((((((((((((((((((.(((((.....))))).))).((((........)))).(((...((((....)))).....)))...)))))))...)))))))))))))))(((.(((.....))).)))..)))))))))))((((((((.....)))).))))....)))))).((((((.(((....)))))))))((...((((((((.........))))))))))...)))))))))))))))))))))))....))))....((((((((((((.((((((((((...........((((((((((((((...((..((((((...(((((((((((((.((((.((((......))))..........(((....)))((((((((............((((((((((.((((........))))..)))))))))))))))))))))).)))...)))))))))).))))))..))(((((.((...............)).)))))..............)))))......(((((.....)))))((((((((.....))).))))).(((((....))))).....)))))))))..(((((((((((((((....((((((((.(((((.(((....((((.(((((.(((((........))))))).)))))))(((((...((((.((.(((........))).)).))))..)))))....)))))))).)).............))))))....))))))........)))))))))...........))))))))))..)))).)))))))).))))))))...............(((....)))..........))))))))))).....))))))))........)))))).............................))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((,((({{,,{({.||....{((((....)))})|||{{{{||||{||{{((.(({((,(({((({((((({{{({{{(((.((,{{((((((.((((((..((({..........,)))..)))))).)))))).)),||}..{{{{{{{{,((({||((((.,,,,|||{{{{{|{||||.||{{{..,,,,.{{{{||,,,,)))))}))}))})))))),))))(((((.((.(((((.......{{(({{((((,(({,({{(((((.,({.......,.,,.,,,))..))}).}))),||}...}}))}}||||,|}}||||)))}}}}))))},||,|||||||||||||{,,|,(({({(..{({{{(((....||||..,,..}}},..((...(((((....)))))...))||||||||{|}}}|||||,((((((.....(((({{{{{{{{(({,.{({{,.,{{.,{{{|{{....|||||(((,{((((((.({((..,.,,,}}}}((((((({{.((((((((((,.{({{{({({,|{{{{{,,{((....{{,..,,{((.({((((((((((,,,.,(((((((.(((.,.......},|||}}|}|||},,..((((((.......(((((((((,,(({{{.{{{{{{|...}}}}}}|,,,..,,|((((((({({(({,{......,,|||{||.(((({.,(.(((((,{((((({,({{({(((.{(({{{{{((((((((((((((((((((...)))))).,...))))))).|,||||},}}},....,|||||{||||}|||.,....(((((.(((((({{{{(({{..,...{,(((((,.,.}}.}}}..,|,,,,,.,}||}|||,,(((.....))){{||,},..)}||..,,....)))))))))))})}}}.}}}}})).......{((.{(,({(((.{(((((((((({.((((.(((....))).)))).||,{{{,.,,....})))),))),.......})))))}..})})).,)))).,,..||}}},...,},,})))},.....)))))}).........,,,,|}}|}}|||,},,,...(((((((((.....(((.........)))....)))))))))..{{{.....,|}.||{{(({(,..,{(,...,|||||||.((((...)))).||}}}}}||},..|||}|||}},},,))))})))}}}}.)})).|||}||||}}}|||}.,,.,|},|||{{{((({.(({.{{||,{||||,,,.)))}),,{,,.|,|||,}}}.)))))))}|{{{{.{{{{,,||,|{{{|,,,))))),)},.}|}|.}}}).}},|{{{{{{{{{.....((((...((((.......))))......)))),...)))),,))))))},))||}}})}}.,})))}}}),,,((((.......))))........}})))))),,.....}}}{(((((((((..((((.....{((((((((...(((((((...{{{..((({......}))).,}}.)))).).)).))))))))}....,|||,,.,|}}}})))....)))))))))),...))))))})).,.....)))))),}}}}|||||||||..,|||||||||||||.|||{({|(|((|({{,,,,,,,.,,,.}}||}|}|||,,.,)},...,||.(((((((.....................)))))))))}|}},|})},.,.|||.||||{||||,|||||||{{.,|.|||,|},||||..((.(((((((((...(((((.(,{(((...,,({..,....)).),..))))))))))))))))))).))}))))}})))))...}}}}|{(((,..,{{{.......,,|||{{{,{{,,(((((....|{||(|((({,......,|||||||},.,||||..}.}}}|||,|||||,......||||,,,|||||}|.|}},||}}}}).))..,.}}}})}))))......,})})}}),))))|))).,.}))........|||||{{(((((..((((((((.,..(((.....................)))..,.)))))))).,.))))|,||||,.....,,))}}.,),,}|||||,}}},...||||,..||||{{.,,{.{{{{{{({.........}))}((((((((...(((..{{....(((((((....))))))).)}....))).)))))))))}}}|,}.}))))){|||,.,.||||{{{|,||||(((,{(((((.{((,,,,.}}})))))}{||||,|||,(((((.((((((((({.((((((({.,,...{((((((..((......)).))).)))).|,.......((({...}))),,,.{.{{{{...}))).))))))})))))))))).)))))...{{,.{|.{{{{||,,,...,.)))))).}),)))|||{{{((((....)))).|{{||{{|||{.,||||.{(((((((((((((((((((,{{.(((((.....))))).}}}.((((........)))).(((...((((....)))).....))}...)))))).})})))))))))))}|{{{({(({{,,||,|||.|||..||||}}})))){{{{{|||..,,,)}}}}))))..,,)))})}}|||||{.{((..,,))}})}}}|{{...(((((((({,...,,..)))))))))},,.|}}}}}})}}}))))})))}}}|.,,.}))),,,.((((((((((((.((((((((((...........((((((((((((({..(((..((((((.{,(((((((((((((,{(((.((((......)))).,,..,,,.}|||....}|,((((((((...,,,,.....{((((((({{.,{{|,,,,,,..))},,,))}}})))))))))))))})}}.}}}...))))))))))}))))))..))}{({.{({,,,,||.......,{(((,.........|||}|||..}}}}|{{{{,.,{|||,,,..})))}|||{{{||.,,,,))),)}})),{((((....)))))}}}..)))))))))..((((((((((({(((.{{{((({,(({.,,|||.{{{|,,,}||{{(|,...(((((,((((.((((.........)))).)))}...))))),,,,||}....,{,,{|{|,.||||{||}}}},..}))))))|||)),.,,,,,,,.|,,},}},},}.,)}}})}...}},}))))))))))...........))))))))))..)))).)))))))).)))})))},,,.,,....,,,,.}}}}.}.,,...,,,|,...}}}}))))))),,,..||}}}}}}...,,}},))}))).......................}},..,}}}......
Back