Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198434.3
Sequence Length
2157 nt
GC Content
0.4534
GAAUUCUAACGGCUGAGCUCUUGGAAGACUUGGGUCCUUGGGUCGCAGGUGGGAGCCGACGGGGUCUCACUCCAUUGCCCAGGCCAGAGUGCGGGGAUAUUUGAUAAGAAACUUCAGUGAAGGCCGGGCGCGGUGGCUCAUGCCCGUAAUCCCAGCAUUUUCGGAGGCCGAGGCAUCAUGGACCGAUCUAAAGAAAACUGCAUUUCAGGACCUGUUAAGGCUACAGCUCCAGUUGGAGGUCCAAAACGUGUUCUCGUGACUCAGCAAUUUCCUUGUCAGAAUCCAUUACCUGUAAAUAGUGGCCAGGCUCAGCGGGUCUUGUGUCCUUCAAAUUCUUCCCAGCGCAUUCCUUUGCAAGCACAAAAGCUUGUCUCCAGUCACAAGCCGGUUCAGAAUCAGAAGCAGAAGCAAUUGCAGGCAACCAGUGUACCUCAUCCUGUCUCCAGGCCACUGAAUAACACCCAAAAGAGCAAGCAGCCCCUGCCAUCGGCACCUGAAAAUAAUCCUGAGGAGGAACUGGCAUCAAAACAGAAAAAUGAAGAAUCAAAAAAGAGGCAGUGGGCUUUGGAAGACUUUGAAAUUGGUCGCCCUCUGGGUAAAGGAAAGUUUGGUAAUGUUUAUUUGGCAAGAGAAAAGCAAAGCAAGUUUAUUCUGGCUCUUAAAGUGUUAUUUAAAGCUCAGCUGGAGAAAGCCGGAGUGGAGCAUCAGCUCAGAAGAGAAGUAGAAAUACAGUCCCACCUUCGGCAUCCUAAUAUUCUUAGACUGUAUGGUUAUUUCCAUGAUGCUACCAGAGUCUACCUAAUUCUGGAAUAUGCACCACUUGGAACAGUUUAUAGAGAACUUCAGAAACUUUCAAAGUUUGAUGAGCAGAGAACUGCUACUUAUAUAACAGAAUUGGCAAAUGCCCUGUCUUACUGUCAUUCGAAGAGAGUUAUUCAUAGAGACAUUAAGCCAGAGAACUUACUUCUUGGAUCAGCUGGAGAGCUUAAAAUUGCAGAUUUUGGGUGGUCAGUACAUGCUCCAUCUUCCAGGAGGACCACUCUCUGUGGCACCCUGGACUACCUGCCCCCUGAAAUGAUUGAAGGUCGGAUGCAUGAUGAGAAGGUGGAUCUCUGGAGCCUUGGAGUUCUUUGCUAUGAAUUUUUAGUUGGGAAGCCUCCUUUUGAGGCAAACACAUACCAAGAGACCUACAAAAGAAUAUCACGGGUUGAAUUCACAUUCCCUGACUUUGUAACAGAGGGAGCCAGGGACCUCAUUUCAAGACUGUUGAAGCAUAAUCCCAGCCAGAGGCCAAUGCUCAGAGAAGUACUUGAACACCCCUGGAUCACAGCAAAUUCAUCAAAACCAUCAAAUUGCCAAAACAAAGAAUCAGCUAGCAAACAGUCUUAGGAAUCGUGCAGGGGGAGAAAUCCUUGAGCCAGGGCUGCCAUAUAACCUGACAGGAACAUGCUACUGAAGUUUAUUUUACCAUUGACUGCUGCCCUCAAUCUAGAACGCUACACAAGAAAUAUUUGUUUUACUCAGCAGGUGUGCCUUAACCUCCCUAUUCAGAAAGCUCCACAUCAAUAAACAUGACACUCUGAAGUGAAAGUAGCCACGAGAAUUGUGCUACUUAUACUGGUUCAUAAUCUGGAGGCAAGGUUCGACUGCAGCCGCCCCGUCAGCCUGUGCUAGGCAUGGUGUCUUCACAGGAGGCAAAUCCAGAGCCUGGCUGUGGGGAAAGUGACCACUCUGCCCUGACCCCGAUCAGUUAAGGAGCUGUGCAAUAACCUUCCUAGUACCUGAGUGAGUGUGUAACUUAUUGGGUUGGCGAAGCCUGGUAAAGCUGUUGGAAUGAGUAUGUGAUUCUUUUUAAGUAUGAAAAUAAAGAUAUAUGUACAGACUUGUAUUUUUUCUCUGGUGGCAUUCCUUUAGGAAUGCUGUGUGUCUGUCCGGCACCCCGGUAGGCCUGAUUGGGUUUCUAGUCCUCCUUAACCACUUAUCUCCCAUAUGAGAGUGUGAAAAAUAGGAACACGUGCUCUACCUCCAUUUAGGGAUUUGCUUGGGAUACAGAAGAGGCCAUGUGUCUCAGAGCUGUUAAGGGCUUAUUUUUUUAAAACAUUGGAGUCAUAGCAUGUGUGUAAACUUUAAAUAUGCAAAUAAAUAAGUAUCUAUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-630.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -670.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 619.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((..(((((.(((((....(((((((.((((.((((((((((.((....)).))))))(((((((((..(((((((((((.(((((.............((((...))))..((((((.((....)).))))))..))))).)))))))....))))..))))..)))))...............)))))))).)))))))((((..((.((((((((.(((((.((((....(((......)))(((..............))).....((((((........)))))).((((((..(((((((((((((..((((((.((((((.(((.(((((((((((((((......))))))............((((((((....((((..((((..((..((((.........((((...(((.((((....))))....)))...))))........))))...))..))))..((((...))))........))))....))))))))...............(((....)))....))))).)))).)))..)))))).)))))).......((..(((((((..(((..(((((((((((((((...((((((.((((((((.......)))).))))(((((((...(((((........(((((((((((.....(.((((((.((((.((((((...(.(((((((..((((((((((......))................))))))))..)))))))).))).))).(((((((.......)))))))...)))).)))))).)....((((((((((((((((((((((((...))))))....(((((....))))).................(((....))).((((((..((..((((.....))))....))..)))))).....(((((((.((..((((((.(((((.((((((.((........))...)))))).)))))....((((((((....((((((..(.((((.....)))))..))))))..((((.....(......).....)))).))).)))))..))))))..)).)))))))....))))))))))...)))))))))))))))))))..(((((.....))))).))))).....))))).))............(((.(((.((......))..))))))(((((...))))).((.((((((.......(((((((((.((..(((((...((........))...)))))..))..))).))))))...)))))).))..........................))))))))))).....((((.(((((..(((((((.((.......((((((......))))))..)))))))))........(((...)))....)))))))))........))))))..)))).....)))..)))))))..)).)))))))).................((((..(.(((((..(((((....(((((..........................)))))((((.(((((((.((((...))))))))))).))))............))))).))))).)..))))......))))).)))))).(((((((.((((((((((...)))))))...)))..)))))))...(((.(.(((....))).).))).))))))))).......))))))))))..))))))))).)).((((.(((((((.....))))))))))).(((...))).)))..))))))))))))..((((((.....((((((....)))))).(((((((((.((....)).)))))))))........((((((((....))))))))....(((((.((((....)))))))))..((((((....)))))).((((....(((...((((......))))..)))......))))(((((((((....(((((((((((((......(((((((((..........)))))))))(((((......)))))...))))))))....)))))....)))))))))...........)))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((((..((({{.(((((....(((((((.((((.((((((((((.((....)).))))))(((((((((..(((((((((((.(((((..,,.........((((...))))..((((((.{{...,,}.))))))..))))).)))))))....))))..))))..)))))..........,....))))}))),)))))))((((..((.((((((((.{{(((,((({......(((((((.,(((..(((({..(((({{(((((....,,,,....,,,.,{.((((((.(((((((.((((.....,.....|,,.{(((((((.((((((((((((((,(((......|||||{........}}}}||.(((((.....,.,..(({,..{{..,}}}.(({{,.,.(((....{{{.(((({{{{{{{|,...{(((((((((....{(((((....((((((((((.((((...)))}......((((....)))).(((.........))).....{{,....}}}.....,,))))).)))))..,,..((((........)))){(((...))))..,{{{,{{{({{,{,,{{{{{.{||,.,.,,})),}}))}...}}}}}}}.}})).))))))...)))))))))}..)}...,))))))}..((((((((((.((....,(((....}}}..(((....))).}}.})),,))))))......{{{{(({{.,,,((({,(({{..{{({{,|.,(({.(((((((,,,,,,.}}|||}}..{|{|||{|||{|}|||.{((((,,{{{{||||||{,{{{{{|,,.})))}}{{{{(((({...,|||||,,,.......{{{,,,.(((....))),|||((({.((({,{{,,,,..,}}}..,,}...)})))).,,,,(((((((,{{..{|||||}|,,,{{(({{,,,|||,,,,,||}}.}}))))))})}}})}}}.{{||||{{,,,.((((((.,{.((((.....))))}.,))))))..,{{{.....{,.....,.....)))).)),,))))).,})))))}})),})))))),}},,))))}||||{.{|||,,,,,,,.}}}},}}}},(((((.....))))).........,..,,.)}})}}}}.}))}}}}},|}})}.}|}...},}.,{((((,.,,,,.......))))),((((((.......(((((((((.(({.{((((...((,.....,.))...)))))}}),..))).))))))...))))))......|,...,,,...............})))}........}}}},.))).)))}........}))))).))))..)))))))}}))))))))))..)))))).,,.....)))))))))}..}}|}...|.{{{{.........,,.}}})}}}}...)))....)))))))....,{{{..{{,{||||{......,||||}||,{{|||..{{(((...,(((((..,..,...............},,..))))){(((.(((((({{((({...})))))))))).)))}{{{,....,,,.))))},}}|||,}|,|}||....,|{{{|,|{{({,,.({{((((.((((((((((...)))))))...))}..)))))))}}})))}..,||,..,}},,,,},||}})))})}),,,....))))))))))..))))))))).}}.((((.(((((((.....))))))))))).(((...))).)))..))))))))))))(((((((((.({(({{{{.....,||,,..{((((((((.((....)).))))))))}.......,((((((((....))))))))..{.(((((.((((....))))))))),.((((((....)))))).,,,,....(((...((((......))))..)))......))))})))))))))..,{({{....,})||...((((((((((((..........)))))))))}})),....,{|{(((((({.{{{......{((((({{{{{|{,..}))}...))))))}...,..}}}.}))))))).,},.....
Back