Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198436.3
Sequence Length
2143 nt
GC Content
0.4512
GAAUUCUAACGGCUGAGCUCUUGGAAGACUUGGGUCCUUGGGUCGCAGGGUCUCACUCCAUUGCCCAGGCCAGAGUGCGGGGAUAUUUGAUAAGAAACUUCAGUGAAGGCCGGGCGCGGUGGCUCAUGCCCGUAAUCCCAGCAUUUUCGGAGGCCGAGGCAUCAUGGACCGAUCUAAAGAAAACUGCAUUUCAGGACCUGUUAAGGCUACAGCUCCAGUUGGAGGUCCAAAACGUGUUCUCGUGACUCAGCAAUUUCCUUGUCAGAAUCCAUUACCUGUAAAUAGUGGCCAGGCUCAGCGGGUCUUGUGUCCUUCAAAUUCUUCCCAGCGCAUUCCUUUGCAAGCACAAAAGCUUGUCUCCAGUCACAAGCCGGUUCAGAAUCAGAAGCAGAAGCAAUUGCAGGCAACCAGUGUACCUCAUCCUGUCUCCAGGCCACUGAAUAACACCCAAAAGAGCAAGCAGCCCCUGCCAUCGGCACCUGAAAAUAAUCCUGAGGAGGAACUGGCAUCAAAACAGAAAAAUGAAGAAUCAAAAAAGAGGCAGUGGGCUUUGGAAGACUUUGAAAUUGGUCGCCCUCUGGGUAAAGGAAAGUUUGGUAAUGUUUAUUUGGCAAGAGAAAAGCAAAGCAAGUUUAUUCUGGCUCUUAAAGUGUUAUUUAAAGCUCAGCUGGAGAAAGCCGGAGUGGAGCAUCAGCUCAGAAGAGAAGUAGAAAUACAGUCCCACCUUCGGCAUCCUAAUAUUCUUAGACUGUAUGGUUAUUUCCAUGAUGCUACCAGAGUCUACCUAAUUCUGGAAUAUGCACCACUUGGAACAGUUUAUAGAGAACUUCAGAAACUUUCAAAGUUUGAUGAGCAGAGAACUGCUACUUAUAUAACAGAAUUGGCAAAUGCCCUGUCUUACUGUCAUUCGAAGAGAGUUAUUCAUAGAGACAUUAAGCCAGAGAACUUACUUCUUGGAUCAGCUGGAGAGCUUAAAAUUGCAGAUUUUGGGUGGUCAGUACAUGCUCCAUCUUCCAGGAGGACCACUCUCUGUGGCACCCUGGACUACCUGCCCCCUGAAAUGAUUGAAGGUCGGAUGCAUGAUGAGAAGGUGGAUCUCUGGAGCCUUGGAGUUCUUUGCUAUGAAUUUUUAGUUGGGAAGCCUCCUUUUGAGGCAAACACAUACCAAGAGACCUACAAAAGAAUAUCACGGGUUGAAUUCACAUUCCCUGACUUUGUAACAGAGGGAGCCAGGGACCUCAUUUCAAGACUGUUGAAGCAUAAUCCCAGCCAGAGGCCAAUGCUCAGAGAAGUACUUGAACACCCCUGGAUCACAGCAAAUUCAUCAAAACCAUCAAAUUGCCAAAACAAAGAAUCAGCUAGCAAACAGUCUUAGGAAUCGUGCAGGGGGAGAAAUCCUUGAGCCAGGGCUGCCAUAUAACCUGACAGGAACAUGCUACUGAAGUUUAUUUUACCAUUGACUGCUGCCCUCAAUCUAGAACGCUACACAAGAAAUAUUUGUUUUACUCAGCAGGUGUGCCUUAACCUCCCUAUUCAGAAAGCUCCACAUCAAUAAACAUGACACUCUGAAGUGAAAGUAGCCACGAGAAUUGUGCUACUUAUACUGGUUCAUAAUCUGGAGGCAAGGUUCGACUGCAGCCGCCCCGUCAGCCUGUGCUAGGCAUGGUGUCUUCACAGGAGGCAAAUCCAGAGCCUGGCUGUGGGGAAAGUGACCACUCUGCCCUGACCCCGAUCAGUUAAGGAGCUGUGCAAUAACCUUCCUAGUACCUGAGUGAGUGUGUAACUUAUUGGGUUGGCGAAGCCUGGUAAAGCUGUUGGAAUGAGUAUGUGAUUCUUUUUAAGUAUGAAAAUAAAGAUAUAUGUACAGACUUGUAUUUUUUCUCUGGUGGCAUUCCUUUAGGAAUGCUGUGUGUCUGUCCGGCACCCCGGUAGGCCUGAUUGGGUUUCUAGUCCUCCUUAACCACUUAUCUCCCAUAUGAGAGUGUGAAAAAUAGGAACACGUGCUCUACCUCCAUUUAGGGAUUUGCUUGGGAUACAGAAGAGGCCAUGUGUCUCAGAGCUGUUAAGGGCUUAUUUUUUUAAAACAUUGGAGUCAUAGCAUGUGUGUAAACUUUAAAUAUGCAAAUAAAUAAGUAUCUAUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-620.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -659.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 739.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.((.((((((((.....((((((((((.((...(((((((((((((..((((((((((((((((.(((((.............((((...))))..((((((.((....)).))))))..))))).))))))).))..(((....(((((((.((((((((...........(((((((((.(((....)))......(((((((((...((((((.(((......)))......((..(((((((((((((...(((((((...((((.....((..((((((.((((.....(.((((((((.((((((.(((.(((((((((((((((......))))))............((((((((....((((..((((..((..((((.........((((...(((.((((....))))....)))...))))........))))...))..))))..((((...))))........))))....))))))))...............(((....)))....))))).)))).)))..)))))).))))))...)).))))).))))))...))...)))))))))))....))))))))).)))).)).(((.((((((..(((((((.......((((((.(((......(((......)))(.((((((.((((.((((((...(.(((((((..((((((((((......))................))))))))..)))))))).))).))).(((((((.......)))))))...)))).)))))).)...(((((.....))))).((.((((((...))))))..))(((((....)))))..))).)))))).....(((....))).((((((..((..((((.....))))....))..))))))...))))))))))))).))).))))))))))))))).((........)).......((((((.((.....))..))))))((((((..(.((((.....)))))..))))))..........))))))))).....))))))).).)))))))....))).....))))).))..))))))((((.((((........)))).)))).(((((.....))))).............)))))))...........(((.(((.((......))..))))))(((((...))))).)).))))))))))..))))))))))....(((((.((((((.....((((.....(((((((((((((((((((.......((((((((....((((((.....(((.((..((((((..........((((.(((((..(((((((.((.......((((((......))))))..)))))))))........(((...)))....)))))))))((((............))))(((((..(((((((............(((..(((((((((......)))))))))..)))..(((((....(((((..........................)))))((((.(((((((.((((...))))))))))).))))............)))))..))))).))..))))).((..(((((((((((((((((.(.(((.(((((((((.((((.........))))..)))))))))...((..((((((...((((......))))....)))).))..))...))).)))))))))...(((((((.....))))))))))))))))..)).))))))...)).))).)))))).))))))))..))))))))).......((((((((.((....)).)))))))))))))))).((((((((....))))))))(((((((((.((((....)))))))))..((((((....)))))).((((....(((...((((......))))..)))......))))))))..))....))))......)))))))))))((((((((..........))))))))..))))))))(((((((((((.(((......(((((((((((.....))))...)))))))......))).)))))))).))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,{{((((((((.{({((((((((,....((((((({((,({,(,((((((({(((((,,((({{(((((((((((.(((((..,,......,..((((...)))),.((((((,{{..,,.}.})))))..))))).))))))).,}.}|||..}}||{{|||,{{{{{{{{...,....,|,(({{{{{((,{(({{,,|{{{.,,,,(((((((((,.,((((({.,.({(((({||{{{{{{.((..{((((((((((((...(((((((...,,{,..(..((..((((((.((((.....{.{{((((((.((((((.(((.(((((((((((((((......))))))............((((((((....((((..((((..{{..,{{(.{(,...,.(((,...{{{.((((....))))...,))|...||||......,.||....,}}.,}|||,.{{{|...)))}........))))....)))))))).......,.}.....{{{....}},....})))).)))).)))..)))))).))))))...)).))))).))))))...))..},}}})))))))..,.))))))))).)))).))..,,,,,||||.{(((((((|{{..{|{{{|,,,,,.,}}...}}},}}),..|||||||((({(({{,,,{{{....},|{{((({..{|||{{{{||,..,,,)),..........,,,,.}}}|||}}..}}}}}|||,}}}|||}.{{{||||}.,,...||||||}.,{{{|},,|||||}|||.{((({..,|||,,}}|||,||||||,,.})))}},,,|(((((....)))))...}},}}..}||}},,(((....))),(({((({.({{{,{{,...,,,))}....},..)})))).,,})|}})))))),..}}}.))))))))))))))),||,,......}}{|,|,..((((((,|{{{.,,||,|||}}},((((((.{{.((((.....))))}.|))))))....||,|,.||}}}}}}}.,,..))))})).},))))}}},...)}}||.,|})))).}}..)))))|((((.((((........)))).)))),(((((.....))))).............)))))))||,.,,|....{{{.{((.{{......}}.|||||}}|||||,....,}),)).||||||}}},..,|||||||||.{{,,((((,,,,(((.....{,||...}}|||||||,,}||,||||||...},}}||,{{,{{,,..,{{{,,......,,.,...|||||........,..|{{|,|,|||..{,|{||{.||},},}},||||||}},...}})})}}}))}}))}))},......|||},,}))}...))})))))}{{{{..,......,,.}}}}|||||,,||},|,|,|,..}},....,,,..{{{{{||||......,||||}}|}{{|||..(((((....(((((..,.,,...............},,..)))))((((.(((((({{((({...})))))))))).)))){{{,....,}}.))))).})))),}},}})),},.,({{((,(((((,{,({{((({,{(((((((((...))))))}...}}}..)))}}})}}})}}}..||,|,..,}}}}}},}|||})),}.}}}}},.,))})))}|,,....}}|||}}|}},||{{.(((((((.....))))))))))))))}).,)}.,))),,})}))})))}))|||{{||||,|||{,|||},,}}},,....{((((((((.((....)).)))))))))}}}}},,,((((((((....)))))))),.{.(((((.((((....))))))))),.((((((....)))))).{{{{....(((...((((......))))..)))......))))})))}}))}}..}|||,.....)))}},}|||(((((((((..........))))))))},)))}}}},,||((((((({.{{{......{(((((({{{{,,...}))}...))))))}......}}}.)))))))).,},.....
Back