Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_198437.3
Sequence Length
2033 nt
GC Content
0.4442
GAAUUCUAACGGCUGAGCUCUUGGAAGACUUGGGUCCUUGGGUCGCAGGCAUCAUGGACCGAUCUAAAGAAAACUGCAUUUCAGGACCUGUUAAGGCUACAGCUCCAGUUGGAGGUCCAAAACGUGUUCUCGUGACUCAGCAAUUUCCUUGUCAGAAUCCAUUACCUGUAAAUAGUGGCCAGGCUCAGCGGGUCUUGUGUCCUUCAAAUUCUUCCCAGCGCAUUCCUUUGCAAGCACAAAAGCUUGUCUCCAGUCACAAGCCGGUUCAGAAUCAGAAGCAGAAGCAAUUGCAGGCAACCAGUGUACCUCAUCCUGUCUCCAGGCCACUGAAUAACACCCAAAAGAGCAAGCAGCCCCUGCCAUCGGCACCUGAAAAUAAUCCUGAGGAGGAACUGGCAUCAAAACAGAAAAAUGAAGAAUCAAAAAAGAGGCAGUGGGCUUUGGAAGACUUUGAAAUUGGUCGCCCUCUGGGUAAAGGAAAGUUUGGUAAUGUUUAUUUGGCAAGAGAAAAGCAAAGCAAGUUUAUUCUGGCUCUUAAAGUGUUAUUUAAAGCUCAGCUGGAGAAAGCCGGAGUGGAGCAUCAGCUCAGAAGAGAAGUAGAAAUACAGUCCCACCUUCGGCAUCCUAAUAUUCUUAGACUGUAUGGUUAUUUCCAUGAUGCUACCAGAGUCUACCUAAUUCUGGAAUAUGCACCACUUGGAACAGUUUAUAGAGAACUUCAGAAACUUUCAAAGUUUGAUGAGCAGAGAACUGCUACUUAUAUAACAGAAUUGGCAAAUGCCCUGUCUUACUGUCAUUCGAAGAGAGUUAUUCAUAGAGACAUUAAGCCAGAGAACUUACUUCUUGGAUCAGCUGGAGAGCUUAAAAUUGCAGAUUUUGGGUGGUCAGUACAUGCUCCAUCUUCCAGGAGGACCACUCUCUGUGGCACCCUGGACUACCUGCCCCCUGAAAUGAUUGAAGGUCGGAUGCAUGAUGAGAAGGUGGAUCUCUGGAGCCUUGGAGUUCUUUGCUAUGAAUUUUUAGUUGGGAAGCCUCCUUUUGAGGCAAACACAUACCAAGAGACCUACAAAAGAAUAUCACGGGUUGAAUUCACAUUCCCUGACUUUGUAACAGAGGGAGCCAGGGACCUCAUUUCAAGACUGUUGAAGCAUAAUCCCAGCCAGAGGCCAAUGCUCAGAGAAGUACUUGAACACCCCUGGAUCACAGCAAAUUCAUCAAAACCAUCAAAUUGCCAAAACAAAGAAUCAGCUAGCAAACAGUCUUAGGAAUCGUGCAGGGGGAGAAAUCCUUGAGCCAGGGCUGCCAUAUAACCUGACAGGAACAUGCUACUGAAGUUUAUUUUACCAUUGACUGCUGCCCUCAAUCUAGAACGCUACACAAGAAAUAUUUGUUUUACUCAGCAGGUGUGCCUUAACCUCCCUAUUCAGAAAGCUCCACAUCAAUAAACAUGACACUCUGAAGUGAAAGUAGCCACGAGAAUUGUGCUACUUAUACUGGUUCAUAAUCUGGAGGCAAGGUUCGACUGCAGCCGCCCCGUCAGCCUGUGCUAGGCAUGGUGUCUUCACAGGAGGCAAAUCCAGAGCCUGGCUGUGGGGAAAGUGACCACUCUGCCCUGACCCCGAUCAGUUAAGGAGCUGUGCAAUAACCUUCCUAGUACCUGAGUGAGUGUGUAACUUAUUGGGUUGGCGAAGCCUGGUAAAGCUGUUGGAAUGAGUAUGUGAUUCUUUUUAAGUAUGAAAAUAAAGAUAUAUGUACAGACUUGUAUUUUUUCUCUGGUGGCAUUCCUUUAGGAAUGCUGUGUGUCUGUCCGGCACCCCGGUAGGCCUGAUUGGGUUUCUAGUCCUCCUUAACCACUUAUCUCCCAUAUGAGAGUGUGAAAAAUAGGAACACGUGCUCUACCUCCAUUUAGGGAUUUGCUUGGGAUACAGAAGAGGCCAUGUGUCUCAGAGCUGUUAAGGGCUUAUUUUUUUAAAACAUUGGAGUCAUAGCAUGUGUGUAAACUUUAAAUAUGCAAAUAAAUAAGUAUCUAUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-575.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -613.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 710.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((..(((((.(((((....(((((((.((((.((((...((.((((....))))..))...)))))))).)))))))((((..((.((((((((.(((((.((((....(((......)))(((..............))).....((((((........)))))).((((((..(((((((((((((..((((((.((((((.(((.(((((((((((((((......))))))............((((((((....((((..((((..((..((((.........((((...(((.((((....))))....)))...))))........))))...))..))))..((((...))))........))))....))))))))...............(((....)))....))))).)))).)))..)))))).)))))).......((..(((((((..(((..(((((((((((((((...((((((.((((((((.......)))).))))(((((((...(((((........(((((((((((.....(.((((((.((((.((((((...(.(((((((..((((((((((......))................))))))))..)))))))).))).))).(((((((.......)))))))...)))).)))))).)....((((((((((((((((((((((((...))))))....(((((....))))).................(((....))).((((((..((..((((.....))))....))..)))))).....(((((((.((..((((((.(((((.((((((.((........))...)))))).)))))....((((((((....((((((..(.((((.....)))))..))))))..((((.....(......).....)))).))).)))))..))))))..)).)))))))....))))))))))...)))))))))))))))))))..(((((.....))))).))))).....))))).))............(((.(((.((......))..))))))(((((...))))).((.((((((.......(((((((((.((..(((((...((........))...)))))..))..))).))))))...)))))).))..........................))))))))))).....((((.(((((..(((((((.((.......((((((......))))))..)))))))))........(((...)))....)))))))))........))))))..)))).....)))..)))))))..)).)))))))).................((((..(.(((((..(((((....(((((..........................)))))((((.(((((((.((((...))))))))))).))))............))))).))))).)..))))......))))).)))))).(((((((.((((((((((...)))))))...)))..)))))))...(((.(.(((....))).).))).))))))))).......))))))))))..))))))))).)).((((.(((((((.....))))))))))).(((...))).)))..))))))))))))..((((((.....((((((....)))))).(((((((((.((....)).)))))))))........((((((((....))))))))....(((((.((((....)))))))))..((((((....)))))).((((....(((...((((......))))..)))......))))(((((((((....(((((((((((((......(((((((((..........)))))))))(((((......)))))...))))))))....)))))....)))))))))...........)))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(((((((((((..((({{.(((({....(((((((,((((.((((...((.((((....}))}..}}...))))}})),))))))}(({{..((.{{{{((((.{{{((,((({,,....(((((((.|{({,,{{((,..(((((((((((,...{{{{,,,.,.,.,,.{({{((.{((((((.((((.....,.,,,,||{,{(((((({,(({((((((((((({(((......||||||........,,,}||,(((((....,{,{..(({{..{{..,|||.(({,..,.(((....{{{.((((,{{{||||,...||{{{{{{{{....{{{{((....{||{{|||{{.(({{...)))}......{{||,,..}})),|||,,.......}}).....{{{....}}}.....}}))})),)})))..}},,||{|,,,,,...))})||||.,,))))..,||,,|{|{{|,|}}||,,{.|||},},}}})),}})),.,.},}}}}}.}}}},))))}}...))}))}))}}..)},..,))))))}..((((((((((.((....,{((....}}}..(((....))).|},})),,))))))......,,{{{({{,|||((({,{{{|..|{|{{||.,(({.(((((((,,,,,..}}|||}}..{|{|||{|||{|}|||.{((((,,,{{|||||||{,{|{{{|,,.})))}}{{{{(((((...,|||||.,,.......{{{,,,.(((....))),|||((({.((({,{{,.,...,}}}..,,}...)})))).,,,}(({{(((,{{..{|||||}},,|{{((||,,,|||,,,,,||}}.}}))))))})||,)}}}.{,||||||}}}.((((((.,{.((((.....))))}.,))))))..,,{{....,|,,....}.....)))).)),,))))).}})))))}})),})))))),}},,})})}||||{.{||{,,,,,,..}}}},}}}},(((((.....))))).........,,,,},)}})}}},.,}}}}},|,|,|||.||,...,,},,{||{|}.,,|,.......))))),((((((.......(((((((((.(({,(((((...(({.....,.))...)))))}}},..))).))))))...)))))).,,.,,|,..,,,,...............})}}}........}},}}.))).}}}}.,,,,,..}))))).})}),,|||}}}}}}}))))))))),,)))))}.......,}}}}})))}}..||||..,|,{{{{.........,,.||}}|}||...}}}....}))}}))...,,{{{..{{,{|||||......,||||,||,{{{{{..(((((...,(((((..,..................},,..))))){(((.(((((({{((({...})))))))))).)))){{{,....,,,.))))).}}|||.}|,}}}}....|({{((,(((((,{.(((((({.{(((((((((...)))))))...))}..)))})))}}}|||}..{{,,...,,,.,,,,||||}}}}},}}}},...))))))))))..}})))}))),}}.|{{{.(((((((.....))))))))))),|||,..))).)))..)))))))))))){{{(((({{.{{{{{{{{,.,,,,||,...{((((((((.((....)).))))))))),,,.,..,((((((((....)))))))),.{.(((((.((((....)))))))))}.((((((....)))))).||||....(((...((((......))))..)))......))))|)))}}}}}}..,{{{{,...,|)||...{{{(((((((((..........)))))))))}|))|,,..,||||{{{{{{.|{|......{{||||{,{,|||,,,}))}...})}})}}...,..,}}.}))))))).,},.....
Back