Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_199186.3
Sequence Length
2032 nt
GC Content
0.4336
GAUGAGUCCUAGGAGGCGCUGGCUCUUUGGCGGCUCGGAGGAGCGGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGGUGGCCCCUUUGCAGAAAAGUUCUAAGAACAGUGCUGUUGGCUCAGUGAGAUGAGGUUAUCGGAAAACUUUCUGUUUACACAAGAGUUGCCUCCUUCAAAGAAGCAUGCAUGGUCCUUGCAGGUCACUGUGCCCAUCACUCUGCAUAGUCCAGCUGCACUCUGCUUCACACAGCUGCCUGCCCAUUGCAGGCAUUUGAGUUUGCAAUCCAUGCCUUAAACUUUAAAUCACACUGGCUACAGCGUUGUGUGUUUCUUGGUAAACACUGGGUAAAUCAGCUCCUGUGGAUGUUGACUGAAGUUUCUAUGUUUGCAAGCUAAUCCUCAGCAGUUUCUUUAUGUAUUGCUGUCCUUGAAUAUUAGCCCAUUUGAAAACGCCUGGGAAGUUCAGCCAUCAGUAUGUCCAAGUACAAACUUAUUAUGUUAAGACAUGGAGAGGGUGCUUGGAAUAAGGAGAACCGUUUUUGUAGCUGGGUGGAUCAGAAACUCAACAGCGAAGGAAUGGAGGAAGCUCGGAACUGUGGGAAGCAACUCAAAGCGUUAAACUUUGAGUUUGAUCUUGUAUUCACAUCUGUCCUUAAUCGGUCCAUUCACACAGCCUGGCUGAUCCUGGAAGAGCUAGGCCAGGAAUGGGUGCCUGUGGAAAGCUCCUGGCGUCUAAAUGAGCGUCACUAUGGGGCCUUGAUCGGUCUCAACAGGGAGCAGAUGGCUUUGAAUCAUGGUGAAGAACAAGUGAGGCUCUGGAGAAGAAGCUACAAUGUAACCCCGCCUCCCAUUGAGGAGUCUCAUCCUUACUACCAAGAAAUCUACAACGACCGGAGGUAUAAAGUAUGCGAUGUGCCCUUGGAUCAACUGCCACGGUCGGAAAGCUUAAAGGAUGUUCUGGAGAGACUCCUUCCCUAUUGGAAUGAAAGGAUUGCUCCCGAAGUAUUACGUGGCAAAACCAUUCUGAUAUCUGCUCAUGGAAAUAGCAGUAGGGCACUCCUAAAACACCUGGAAGGUAUCUCAGAUGAAGACAUCAUCAACAUUACUCUUCCUACUGGAGUCCCCAUUCUUCUGGAAUUGGAUGAAAACCUGCGUGCUGUUGGGCCUCAUCAGUUCCUGGGUGACCAAGAGGCGAUCCAAGCAGCCAUUAAGAAAGUAGAAGAUCAAGGAAAAGUGAAACAAGCUAAAAAAUAGUCUUUCUCAACUGUUGGCUAAGAAGAAAUGCAAAAGAAGUGGCAUAGGAGUGUGUUAUGGGUGCUGAACUCUCUCUCUUUUUCCCCGAUUUUCCAGAGCUAGGCUGUGGAGUAGAGUUUGUAUAGGUAACUAGGUAACUUAUUGUGGCCCAGAUAAGGCUUUAGGAUGCCUCAGUGCUUAUGUCAUAGCCUUAUGAGUUAGCUUUCUUGCUAGCCCCCUAGUCGGUCACCAAACUAGUAACUAGUGGGGCUUAAUGAAGGUCAUAAGUUUCUGAGAUGGGAGAGCAACAAGUAGAGAUGAAGUUAAAGGUAUUUAUCAUUCAAGAAAUCAUUAUUGAGUCACCAUUGACAGGCACUAUUCUAAUCAGUAGUUCACUUUAAUAUUUAAUAAGAUUUUCUGGGAUAACAGUAAGGGAUAUUAGAUAAUAUACCGUAUGUAUUUAUUACUAGUCUUUUCCUCUAGGAAAAGGGAUACUUUGAUAAUUAAGGCCAGAGGCCCAUUAGUUGAGAAAGUCACAGAUAUAUUUCUCCAAGAAAGCCAACAACCACCACCACAAUGACAGAAAUGACAACAAGGCCCUUUAACUUGUCUUCUAGUUUAGAGACAUCCUUCAUUUGACAUUUAGUAGAAUUCCUCUUUGGCCACAAGAAUAAGCAGCAAAUAAACAACUAUGGCUGUUGAGGUUCUCAUUUUGGUUUGUUUUAAUUUUUUGAACUUUGGGUACCUGUAAUUAGUUUAAAAAUAAAGUUCCUGAUAAUAAAGUGACUGAAAAUGGCAUCCCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-589.54 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -628.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 417.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((((((((((...((((((.(((.(((.(.((.((((((.((....)).)))))).)).).))).)))((...((((....((((...))))....)))).))((((......))))((...(((((....)))))...))..)))))))))))))........((((((((.(((...(((((.(.(((((((..........)))))))..).)))))...((((((.(((((.(((((((.....)))))))(((((((((.(..(((((.((((...............(((....)))(((((((.((((((.(((...((((.(((...((((((((...))).)))))(((((.(((((((((((.(((((((((..((((((((.............)))))...)))..))))))....))).)))))..)))))).)))))...........(((((((((...(((.((((((....)))))).))).)))))))))(((((((......))))))).))).)))).))))))))).).)))))))))).)))))).))))))))).))))).))))))((((((((.......))))))))((.(((.((.((((((((((((((((....(((((((((.....((((((((..((...))..))))))))...))))))..)))...(((....)))((((((........))))))...(((((((......)))))))..))))).))))))....))))))).))).))......(.(((((...((....................)).))))).)...((((((((((.(((..((..((.......((....((((((..((((((..(....)..))))))..(((........)))))))))...))......))..))...)))))))))))))...((((((((((...(..(((((..((........)).)))))..))))))))))).(((((.((....)))))))..(((.(((((..........((((((((.....(((((.....))))).....))).)))))....))))))))(((((..........)))))...)))))))))))..)))).)))))).(((..(((((..((....))..)))))))).((((((......(((((((.((((((((...(((((((((((((((((((((........))))))((((((((.(((..((((..(((((..((((((..((((.(((((((((((((((((..................(((((.(((...))).))))).)))))).....(((((.(((((...((((((........))))))..)))))..)))))))))))))))).))))..)))))).....))))).)))).(((((((((((.(((......)))....))))).)))))).((((((((......(((((((((.(((((((.((..............(((((((((...(((((..(((.((((((.(((((((((....(((((.(((.((((((......)))))).).)))))))))))))))))))))).)))))))).(((((.((((((.................)))))).)))))..((((((((....))))))))...(((((..(((((((((((...))))..)))))))..)))))..........(((((...)))))(((...................................))))))))))))))))))))).)))))))))..))))))))...............))).)).))))))...(((((.((((((..(((......))).))))))...)))))..))))))))))))))).)))))))).))))...)))(((....)))...........((((.((........)).))))...)))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((,(({((((((({..,((((((.(((.(({.(.((.((((((.((....)).)))))).)).).))).))){(...((((....((((...))))....)))).))((((......))))((...(((({....)))))...))..)))))))))))))}.......((((((((.(((...(((((.{.(((((((..........)))))))..}.))))}...((((((.(((((.(((((((.....)))))))(((((((((.(..(((({.((((...............(((....)))(((((((.((((({,(((...((((.(((...((((((((...))).))))}(((((.(((((((((({.(((((((((..((((((((..,.....,.,..))))}...)))..))))))....))).}))))..)))))).))))).,,,....,,.(((((((((...(((.((((((....)))))).))).))))))))){{{{{({......)))))}}.))).)))).))))))))).),}))))))))).}))))).))))))))).))))).))))))((((((((.......)))))))){(.(((.((.((((((((((((((({....(((((((((.,...((((((((..((...))..))))))))..,))))))..})).,,(((....)))(((((({.....},})))))...(((((((......)))))))..))))),))))))....)))}})}.}}}.}}...,,.{.(((((,,,{{...,,..{|......}}..,,,,))))).,...{(((((((((.(((..{{..((.......{{....((((((..((((,,..(.,,.|,,,|,,}}.,||{,,....}})).))))))...,,.,,...))..)}...))))))))))))}...((((((((((...(..(((({,.((........)).)))))..))))))))))).(((((.((....)))))))..(((.(((((..........((((((((.....(((((.....))))).....))).)))))....))))),))},{((.,,,,,,,..))},}}..)))))))))))..,))).)))))).{{{..(((((..((....))..))))),}}.((((({.,,..,,{..{,,{(({{((((...(((((((((((((((,(((((........)))))|((((((((.(((,,((({..(((((,.((((((..((((.{((((((((((((({((,,,,,.............,((((.(((...))).))))).))))},....,(({{,.||{(((,.((({,,,.,{{|..,,,,,)}}}.})),.}))))))))))))))).))))..)))))).....||}}|,}})).(((((((((((.(((......))}....))))).)))))).{(((((((......(((((((({.(((((({,,..,,,|,,,,,...{(((((((((..,{{{{{.,{({.((((((.(((((((((....(((((.{((.((((((......)))))).}.))))))))))))))))))))))|)}})}}}|,{{,,,{(,{((({....}}})}.)).,,}}}|,,,.,}}),..{(((((((....)))))))},..{((((..(((((({((((...))))..}))))))..))))}....,,....|||||...,}}},{{{.................,,.,,....}}.......))}))))))))))}))))))).}))))))))..)))))))),,.},,,........})).))))))))),..{((({.{(((((..(((......))).))))))...)))))..))))))))))))))).}|||||||{{|||{.....,,.,....))}}}}}},,...,,|}}}}}}}.....,,.,}))...}))))).........
Back