Basic Information

Symbol
CNOT4
RNA class
mRNA
Alias
CCR4-NOT Transcription Complex Subunit 4 CLONE243 NOT4H NOT4 Potential Transcriptional Repressor NOT4Hp RING-Type E3 Ubiquitin Transferase CNOT4 E3 Ubiquitin-Protein Ligase CNOT4 CCR4-Associated Factor 4 NOT4 (Negative Regulator Of Transcription 4, Yeast) Homolog CCR4-NOT Transcription Complex, Subunit 4 EC 2.3.2.27
Location (GRCh38)
7:135361795-135510145
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001190850.2
Sequence length
3538.0 nt
GC content
0.4435

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-885.24 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -957.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1144.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001008225.3 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3749 nt 0.3937
NM_001190847.2 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3325 nt 0.4379
NM_001190848.2 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3758 nt 0.3938
NM_001190849.2 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3529 nt 0.4435
NM_001190850.2 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3538 nt 0.4435
NM_001393370.1 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3625 nt 0.4433
NM_001393371.1 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3463 nt 0.4430
NM_001393372.1 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3427 nt 0.4427
NM_001393373.1 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3340 nt 0.4458
NM_001393374.1 NCBI
GGAGGAGUCUUACCCUAAUGUAAGAUGGUGGCCCGUCUGGCUGUGGAAC… 3403 nt 0.4378
Showing 1 to 10 of 12 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a subunit of the CCR4-NOT complex, a global transcriptional regulator. The encoded protein interacts with CNOT1 and has E3 ubiquitin ligase activity. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Jul 2010]

Forensic Context

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