Basic Information

Symbol
CSF1
RNA class
mRNA
Alias
Colony Stimulating Factor 1 MCSF M-CSF Proteoglycan Macrophage Colony-Stimulating Factor Colony Stimulating Factor 1 (Macrophage) Macrophage Colony Stimulating Factor 1 Macrophage Colony-Stimulating Factor 1 Lanimostim MGC31930 PG-M-CSF CSF-1 CSF1-HERV-LTR71B Fusion Protein
Location (GRCh38)
1:109910242-109930993
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000757.6
Sequence length
3994.0 nt
GC content
0.5919

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1614.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1682.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1245.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000757.6 NCBI
GAGGCUCGGCCCGGGGAAAGUGAAAGUUUGCCUGGGUCCUCUCGGCGCC… 3994 nt 0.5919
NM_172210.3 NCBI
GAGGCUCGGCCCGGGGAAAGUGAAAGUUUGCCUGGGUCCUCUCGGCGCC… 1505 nt 0.5960
NM_172211.4 NCBI
GAGGCUCGGCCCGGGGAAAGUGAAAGUUUGCCUGGGUCCUCUCGGCGCC… 3100 nt 0.5797
NM_172212.3 NCBI
GAGGCUCGGCCCGGGGAAAGUGAAAGUUUGCCUGGGUCCUCUCGGCGCC… 2535 nt 0.5712
Summary

The protein encoded by this gene is a cytokine that controls the production, differentiation, and function of macrophages. The active form of the protein is found extracellularly as a disulfide-linked homodimer, and is thought to be produced by proteolytic cleavage of membrane-bound precursors. The encoded protein may be involved in development of the placenta. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2011] CIViC Summary for CSF1 Gene

Forensic Context

A study in rats demonstrated that methamphetamine administration significantly upregulated the CSF1 mRNA in striatal microglia/macrophages at both 2 hours and 3 days post-treatment, which was associated with promoting a pro-inflammatory phenotype [Kays et al. DOI:10.3390/brainsci9120340].