Basic Information

Symbol
CTNNA2
RNA class
mRNA
Alias
Catenin Alpha 2 CAP-R CT114 Catenin (Cadherin-Associated Protein), Alpha 2 Cadherin-Associated Protein, Related Alpha-Catenin-Related Protein Cancer/Testis Antigen 114 Alpha-N-Catenin Catenin Alpha-2 CAPR Alpha N-Catenin CDCBM9 CTNR
Location (GRCh38)
2:79185231-80648861
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001282597.3
Sequence length
3932.0 nt
GC content
0.4812

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1284.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1354.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1231.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001164883.2 NCBI
AGAGCAGGCGGCACCGCACCUCGGCCAGAGGCGGCUGCAGCAGCUGCUG… 3653 nt 0.4807
NM_001282597.3 NCBI
AGAGCAGGCGGCACCGCACCUCGGCCAGAGGCGGCUGCAGCAGCUGCUG… 3932 nt 0.4812
NM_001282598.2 NCBI
AUUCAAUUUUUGGCUGUCUACAGAGAUAAAAUGUCUGGGUUGAUCUGCC… 3758 nt 0.4713
NM_001282599.2 NCBI
AGAAGCAGAGUUAGAUAAAAUGUGGUGCCUACCCUGUGUGUUCACAGUU… 2846 nt 0.4420
NM_001282600.2 NCBI
GCUUUAGAAAAGCAACUUGAGAGAAGACACAGGAAGGCAAUGAUUUGGG… 2781 nt 0.4473
NM_001320810.2 NCBI
GCUUUAGAAAAGCAACUUGAGAGAAGACACAGGAAGGCAAUGAUUUGGG… 2925 nt 0.4506
NM_001399737.1 NCBI
AGUCCAUCUCAAAUCUUCACCGGCUGUACCAAGAACAGAAAAAAAAAGG… 4204 nt 0.4741
NM_004389.4 NCBI
AGAGCAGGCGGCACCGCACCUCGGCCAGAGGCGGCUGCAGCAGCUGCUG… 3788 nt 0.4799
Summary

Enables actin filament binding activity. Involved in negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation; regulation of neuron migration; and regulation of neuron projection development. Located in cytoplasm. Implicated in complex cortical dysplasia with other brain malformations. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CTNNA2 was significantly downregulated in oligodendrocyte precursor cells (OPCs) as a function of increasing post-mortem interval, indicating its role in cell adhesion and its sensitivity to post-mortem transcriptomic alterations [Guo et al. DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147708].