Basic Information

Symbol
CXCR6
RNA class
mRNA
Alias
C-X-C Motif Chemokine Receptor 6 TYMSTR STRL33 BONZO CD186 Chemokine (C-X-C Motif) Receptor 6 G-Protein Coupled Receptor STRL33 G-Protein Coupled Receptor Bonzo C-X-C Chemokine Receptor Type 6 CDw186 G Protein-Coupled Receptor CD186 Antigen CXC-R6 CXCR-6
Location (GRCh38)
3:45940933-45948353
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006564.2
Sequence length
1968.0 nt
GC content
0.4721

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-672.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -708.36 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 429.33
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((...((((((..((.(((((((...))))))).)).)))))).......(((((....((((((((((((((((..........))))))..))))))).)))....(((((.....))))).....((.(((.....))).)).))))).(((.(((..(((((((..(((......))))))))))..))))))(((..((((....))))..))))))))))....((((((..((((((((((((((...........(((((((((((((..(((((((((.(((.....))).((((....))))......((.(((((((((((((((((((((((((....)))).....((((((((((....))))))))))(((..((((((......((((.(((((((..(((((.....(((.((((((.((..((((............)))).))))))))..)))....)))))(((((.(((((.....)))))..)))))....((((...((((((..((((((((((..((((((((((((....)))))).......))))))..))))))))))..)))))).))))..((((.........)))).)))))...))))))..))))))..)))....((((.((((.(.((((((((((((......))))).........(((..(((((((((((((((.........))))))).........((((...((((((((.((((((((((((....(((((....)))))..))))(((((.(((((.((((((((((((.(...((((..(((((......)))))..)))).))))).......))))))))...))))).)))))(((((((...((((...))))(((((((((....(((((..(((((.....)))))....))))).....)))))))))..((.(((((((.....))))))).))......))))))).(((((((((...((((......))))...)).)))))))((((...(((..(((....))).)))...))))..............)))))))).))))))))...))))..((((((..((((((((.((((..((((.(((((((((.(((((((((.((((.(((((.((......)).).)))))))).))......))))))).)))))...)))).)))).)).)).)))))))).))))))..((((((......))))))(((((.....)))))...((((.(((..(((.(((...(((((((...(((((((..........(((((...)))))....(((((((..................)))))))......)))))))......(((((.....)))))))))).))..))))))..))).)))))))))))).)))(((((....))))).))))))).).)))).))))((((((((.(((((((...)))))))))..)))))).)))))))))).)))).(((((.(.......).)))))....))))))))).((((......)))).)))))))))((((((...))))))..))))....))).))))))(((((.(((((.......)))))..)))))))))))))))))))......((((((...((((((((((.((...)).)))))).)))).))))))((((((((.(.........((..(((((......).))))..))........)))))))))....((((....(((((((((...(((((..((((......))))..)))))..))))).)))).(((((((....)))))))))))..(((((......)))))....((((.(((((.(((((...)))))))).)).))))............))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((.{(((,(((((({((((((,..,{|||,,|{|}.||,,{(((((...(((({....((((((((((((((((,.........))))))}.,)))))).)))....(((((.....))))),.})}},.))))}}..}}||}|.{{{((((((.{{,..,,{,|||}}|||.,,,,}))))))))},..))))))}}...{{||,,,,)))),...))))))))....((((({..((((((((((((((......,{{{{(((({((.(((((,,(((((((((.(({...,.}|}.((((....}}}}..,{{.{{.((((((({{((((((((((((((((....)))).....{{{(((((({....}))))))}}}|{{|||{{{.{.{.((((((((.(((((((((({,,((((((((..((....{.((.((((((,(((({{(({((,,,,,(((((....))))}||},}{((((.(((((.....)))))..))))}||,.((((...((((((..((((((((((..((((((,,{{{{....}}}})).......))))))..))))))))))..)))))).))))..((((.........)))),{.((((((((.((..(((((((...((((.(((((..((((((((((..((((.{.(((((.(((.(.......}.))).)).))).,.((((((,,,{.....)))},))}}}}}....((((...((((((((.(((((((((({(....(((((....)))))..}}}}(((((.(((((.((((((((((((.{...((((..(((((......)))))..)))).)))))}......})))))))...))))).)))))(((((((...,((,...,|}|(((((((((.,,.(((((..(((((.....)))))....)))))...,,))))))))),.|{.((((((({....))))))).))......))))))).(((((((((...((((......))))...)).)))))))((((...(((..(((....))).)))...)))),||.|,........)))))))).))))))))...))))....(((...))).))))..))))}}}))))..))))).))))..))))))).....((((((((..........(((((((........)))))))(((((((..((((((.,...,{(({{.,|||}||||||{(((...((((....{{{{{(((((....,...(((((.......))))).))))))))))))))}})},.|||{{,,,.........{((({...}))))}}}}}.)))))))))))))......)))))))))).))))))))}},||..{{((((((,{{{{{{{.....)))),,)))}))),})))},..)})))))))).)).,.....))..)))))))))))))(((((.....)))))...)))))).))))))))}}})}..}}))}),.}))))))))),)))},(((((.(.......).)))))}}..)))))))))}{(({......)))).)))))))))|(((({...}))))}..))))}.}),.}}))})))||,((,((,,,.,,}},.,,,,,..}}}}.)))))))))))))).,,,,.{{{{{{...((((((((((.((...)).))))))}}))),||||||((((((({,(.......,.((..(((((......).))))..))........)))))))))....||||,,,.{((((((((...(((((..((((......))))..)))))..))))).)))|,((((((,..{{|||,},,,,}}..|||||},.,}}))))}....,,{{.,((((.(((({...))))))))}.}.}}}}...,|.....}}))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001386435.1 NCBI
AGCAUCCUUCCUUGCUAGAGAGAAAGGGCACUUUGGUCCCUGGAAAGAC… 2025 nt 0.4746
NM_001386436.1 NCBI
CUUCUUCCGCUGGAGGUAGUCAACCCCUGUACGCGGUUUCCUUCUCCUG… 2323 nt 0.4804
NM_001386437.1 NCBI
CUUCUUCCGCUGGAGGUAGUCAACCCCUGUACGCGGUUUCCUUCUCCUG… 2274 nt 0.4802
NM_006564.2 NCBI
ACAUCACAGAAGUAGAGGCAGACCUUGCUUCAUGAGCAAGCUCAUCUCU… 1968 nt 0.4721
Summary

The protein encoded by this gene is a G protein-coupled receptor with seven transmembrane domains that belongs to the CXC chemokine receptor family. This family also includes CXCR1, CXCR2, CXCR3, CXCR4, CXCR5, and CXCR7. This gene, which maps to the chemokine receptor gene cluster, is expressed in several T lymphocyte subsets and bone marrow stromal cells. The encoded protein and its exclusive ligand, chemokine ligand 16 (CCL16), are part of a signalling pathway that regulates T lymphocyte migration to various peripheral tissues (the liver, spleen red pulp, intestine, lungs, and skin) and promotes cell-cell interaction with dendritic cells and fibroblastic reticular cells. CXCR6/CCL16 also controls the localization of resident memory T lymphocytes to different compartments of the lung and maintains airway resident memory T lymphocytes, which are an important first line of defense against respiratory pathogens. The encoded protein serves as an entry coreceptor used by HIV-1 and SIV to enter target cells, in conjunction with CD4. [provided by RefSeq, Aug 2020]

Forensic Context

A study in human skin tissue demonstrated that the CXCR6 gene, encoding a chemokine receptor, had significantly higher expression in mucosal-associated invariant T (MAIT) and γδ T cells from burn-injured tissue compared to non-burn tissue, indicating a pro-inflammatory and potentially circulating phenotype [Labuz et al. DOI:10.7554/eLife.82626]. In a rat model of radiation-induced lung injury, single-cell transcriptomic analysis identified the CXCR6 gene as one of many orthologous rat genes associated with inflammatory processes, highlighting its role in the broader inflammatory response to tissue damage [Shi et al. DOI:10.17305/bb.2024.10357].