Basic Information

Symbol
DDR1
RNA class
mRNA
Alias
Discoidin Domain Receptor Tyrosine Kinase 1 RTK6 CD167 EDDR1 NTRK4 PTK3A CAK NEP Epithelial Discoidin Domain-Containing Receptor 1 CD167 Antigen-Like Family Member A Protein-Tyrosine Kinase RTK-6 Mammary Carcinoma Kinase 10 Tyrosine-Protein Kinase CAK Cell Adhesion Kinase Tyrosine Kinase DDR EC 2.7.10.1 HGK2 TRKE Neurotrophic Tyrosine Kinase, Receptor, Type 4 Discoidin Domain Receptor Family, Member 1 Epithelial Discoidin Domain Receptor 1 Discoidin Receptor Tyrosine Kinase PTK3A Protein Tyrosine Kinase 3A Neuroepithelial Tyrosine Kinase Protein-Tyrosine Kinase 3A CD167a Antigen EC 2.7.10 MCK-10 MCK10 TRK E PTK3 DDR
Location (GRCh38)
6:30876421-30900978
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001297654.2
Sequence length
3836.0 nt
GC content
0.6144

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1692.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1752.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 816.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001202521.1 NCBI
AGAUGCUGCCCCCACCCCCUUAGGCCCGAGGGAUCAGGAGCUAUGGGAC… 3304 nt 0.5965
NM_001202522.1 NCBI
AGAUGCUGCCCCCACCCCCUUAGGCCCGAGGGAUCAGGAGCUAUGGGAC… 3222 nt 0.5968
NM_001202523.3 NCBI
AGUGCGGAGGAACUGAGCCCCGGGAGGAGGUGCUCCUGUGCAGCCCCAC… 3782 nt 0.6021
NM_001297652.2 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3583 nt 0.6026
NM_001297653.2 NCBI
GCUCCUCUCCCCGGAACAGGCCCCCGACAGCUGCUCUCGGGAGCCGCCU… 3725 nt 0.6118
NM_001297654.2 NCBI
GCUCCUCUCCCCGGAACAGGCCCCCGACAGCUGCUCUCGGGAGCCGCCU… 3836 nt 0.6144
NM_001387892.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3712 nt 0.6051
NM_001387893.1 NCBI
ACAUUGAAGCCAGCCGCAGCUGGCCCGGGCAGCUGCUCCUCCUGGGCCC… 3800 nt 0.6084
NM_001387894.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3867 nt 0.6142
NM_001387895.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 3935 nt 0.6145
Showing 1 to 10 of 37 entries
Summary

Receptor tyrosine kinases play a key role in the communication of cells with their microenvironment. These kinases are involved in the regulation of cell growth, differentiation and metabolism. The protein encoded by this gene belongs to a subfamily of tyrosine kinase receptors with homology to Dictyostelium discoideum protein discoidin I in their extracellular domain, and that are activated by various types of collagen. Expression of this protein is restricted to epithelial cells, particularly in the kidney, lung, gastrointestinal tract, and brain. In addition, it has been shown to be significantly overexpressed in several human tumors. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

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