Basic Information

Symbol
DDR1
RNA class
mRNA
Alias
Discoidin Domain Receptor Tyrosine Kinase 1 RTK6 CD167 EDDR1 NTRK4 PTK3A CAK NEP Epithelial Discoidin Domain-Containing Receptor 1 CD167 Antigen-Like Family Member A Protein-Tyrosine Kinase RTK-6 Mammary Carcinoma Kinase 10 Tyrosine-Protein Kinase CAK Cell Adhesion Kinase Tyrosine Kinase DDR EC 2.7.10.1 HGK2 TRKE Neurotrophic Tyrosine Kinase, Receptor, Type 4 Discoidin Domain Receptor Family, Member 1 Epithelial Discoidin Domain Receptor 1 Discoidin Receptor Tyrosine Kinase PTK3A Protein Tyrosine Kinase 3A Neuroepithelial Tyrosine Kinase Protein-Tyrosine Kinase 3A CD167a Antigen EC 2.7.10 MCK-10 MCK10 TRK E PTK3 DDR
Location (GRCh38)
6:30876421-30900978
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001297654.2
Sequence length
3836.0 nt
GC content
0.6144

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1692.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1752.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 816.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001387906.1 NCBI
GCUCCUCUCCCCGGAACAGGCCCCCGACAGCUGCUCUCGGGAGCCGCCU… 3743 nt 0.6113
NM_001387907.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 3613 nt 0.6039
NM_001387908.1 NCBI
ACAUUGAAGCCAGCCGCAGCUGGCCCGGGCAGCUGCUCCUCCUGGGCCC… 3689 nt 0.6056
NM_001387909.1 NCBI
ACAUUGAAGCCAGCCGCAGCUGGCCCGGGCAGCUGCUCCUCCUGGGCCC… 3745 nt 0.6043
NM_001387910.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3639 nt 0.6013
NM_001387911.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3821 nt 0.6012
NM_001387912.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3765 nt 0.6024
NM_001387913.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 3595 nt 0.6045
NM_001387914.1 NCBI
GUCUUCCCCUCGUGGGCCCUGAGCGGGACUGCAGCCAGCCCCCUGGGGC… 3768 nt 0.6133
NM_001387915.1 NCBI
AGUCCAGCGUCUCCUGGGCCUAGAUUCCCCAGCUGCUGUUCUCUGGAGG… 3812 nt 0.6102
Showing 21 to 30 of 37 entries
Summary

Receptor tyrosine kinases play a key role in the communication of cells with their microenvironment. These kinases are involved in the regulation of cell growth, differentiation and metabolism. The protein encoded by this gene belongs to a subfamily of tyrosine kinase receptors with homology to Dictyostelium discoideum protein discoidin I in their extracellular domain, and that are activated by various types of collagen. Expression of this protein is restricted to epithelial cells, particularly in the kidney, lung, gastrointestinal tract, and brain. In addition, it has been shown to be significantly overexpressed in several human tumors. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

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