Basic Information

Symbol
EGR2
RNA class
mRNA
Alias
Early Growth Response 2 KROX20 E3 SUMO-Protein Transferase ERG2 Early Growth Response Protein 2 E3 SUMO-Protein Ligase EGR2 Zinc Finger Protein Krox-20 AT591 KROX-20, Drosophila, Homolog (Early Growth Response-2) Early Growth Response 2 (Krox-20 Homolog, Drosophila) Krox-20 Homolog, Drosophila EC 2.3.2.- CMT1D CMT4E EGR-2
Location (GRCh38)
10:62811996-62819167
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000399.5
Sequence length
2979.0 nt
GC content
0.5096

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-992.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1040.95 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 905.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000399.5 NCBI
AACUGAGCGAGGAGCAAUUGAUUAAUAGCUCGGCGAGGGGACUCACUGA… 2979 nt 0.5096
NM_001136177.3 NCBI
AACUGAGCGAGGAGCAAUUGAUUAAUAGCUCGGCGAGGGGACUCACUGA… 2796 nt 0.5168
NM_001136178.2 NCBI
GAUGCAGCGUAGCUCUUAGGGGGAGGUGUGAGUCCUUGGAAAGCUCACA… 2851 nt 0.5258
NM_001136179.3 NCBI
AACUGAGCGAGGAGCAAUUGAUUAAUAGCUCGGCGAGGGGACUCACUGA… 2879 nt 0.5085
NM_001321037.2 NCBI
AACUGAGCGAGGAGCAAUUGAUUAAUAGCUCGGCGAGGGGACUCACUGA… 2696 nt 0.5159
NM_001410931.1 NCBI
AGUCGCCUCGCCCGCGCUUGCUGCCGGUGGGUGCCUCACCUAAGGGGCC… 2817 nt 0.5318
Summary

The protein encoded by this gene is a transcription factor with three tandem C2H2-type zinc fingers. Defects in this gene are associated with Charcot-Marie-Tooth disease type 1D (CMT1D), Charcot-Marie-Tooth disease type 4E (CMT4E), and with Dejerine-Sottas syndrome (DSS). Multiple transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the EGR2 was downregulated in the dorsolateral prefrontal cortex of subjects with opioid use disorder, where multi-omics analyses revealed dysregulation of angiogenic gene networks and cytokine signaling pathways [Mendez et al. DOI:10.1038/s41380-021-01259-y].