Basic Information

Symbol
EIF6
RNA class
mRNA
Alias
Eukaryotic Translation Initiation Factor 6 B(2)Gcn ITGB4BP P27BBP EIF3A B4 Integrin Interactor P27(BBP) EIF-6 CAB Eukaryotic Translation Initiation Factor 3A P27 Beta-4 Integrin-Binding Protein Integrin Beta 4 Binding Protein B(2)GCN Homolog
Location (GRCh38)
20:35278906-35284985
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002212.4
Sequence length
1069.0 nt
GC content
0.5734

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-417.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -436.51 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 324.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001267810.1 NCBI
GUGUGAGGGGAACCUGGGAGGGCCUCAUGGCGGUCCGAGCUUCGUUCGA… 1065 nt 0.5681
NM_002212.4 NCBI
AGUCCAAGGUACAGUCGCCGCGUGCGGAGCUUGUUACUGGUUACUUGGC… 1069 nt 0.5734
NM_181466.3 NCBI
AGUCCAAGGUACAGUCGCCGCGUGCGGAGCUUGUUACUGGUUACUUGGC… 1012 nt 0.5899
NM_181468.2 NCBI
GUGUGAGGGGAACCUGGGAGGGUCAGCUCCGGUCCUGGGUCGGGAGGGG… 1269 nt 0.5973
Summary

Hemidesmosomes are structures which link the basal lamina to the intermediate filament cytoskeleton. An important functional component of hemidesmosomes is the integrin beta-4 subunit (ITGB4), a protein containing two fibronectin type III domains. The protein encoded by this gene binds to the fibronectin type III domains of ITGB4 and may help link ITGB4 to the intermediate filament cytoskeleton. The encoded protein, which is insoluble and found both in the nucleus and in the cytoplasm, can function as a translation initiation factor and prevent the association of the 40S and 60S ribosomal subunits. Multiple non-protein coding transcript variants and variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2012]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.