Basic Information

Symbol
EXO1
RNA class
mRNA
Alias
Exonuclease 1 HExoI HEX1 Rad2 Nuclease Family Member, Homolog Of S. Cerevisiae Exonuclease 1 Exonuclease I EC 3.1.-.- HExo1 EXOI
Location (GRCh38)
1:241847967-241895148
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_130398.4
Sequence length
3449.0 nt
GC content
0.4236

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-949.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1012.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1040.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001319224.2 NCBI
AGCCUUUCGCGCGCUGUGUAGGCAAGUUACCCGUGUUCUGCGUUGCCGG… 3341 nt 0.4223
NM_003686.4 NCBI
GCCUAAGGAAACGUGUCGUCUGGAAUGGGCUUGGGGGCCACGCCUGCAC… 3208 nt 0.4105
NM_006027.4 NCBI
GCCUAAGGAAACGUGUCGUCUGGAAUGGGCUUGGGGGCCACGCCUGCAC… 3210 nt 0.4106
NM_130398.4 NCBI
AGCCUUUCGCGCGCUGUGUAGGCAAGUUACCCGUGUUCUGCGUUGCCGG… 3449 nt 0.4236
Summary

This gene encodes a protein with 5' to 3' exonuclease activity as well as an RNase H activity. It is similar to the Saccharomyces cerevisiae protein Exo1 which interacts with Msh2 and which is involved in mismatch repair and recombination. Alternative splicing of this gene results in three transcript variants encoding two different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.