Basic Information
Symbol
ALOX5
RNA class
mRNA
Alias
Arachidonate 5-Lipoxygenase
5-LOX
Polyunsaturated Fatty Acid 5-Lipoxygenase
EC 1.13.11.34
5-LO
LOG5
Arachidonic Acid 5-Lipoxygenase
Leukotriene A4 Synthase
5-Lipoxygenase
EC 1.13.11.-
EC 1.13.11
LOX-5
5LPG
Location (GRCh38)
10:45374150-45446121
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
MANE select
Transcript ID
NM_000698.5
Sequence length
2519.0 nt
GC content
0.5558
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-915.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-959.31 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
781.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAUGCGGACACCUGGACCGCCGCGCCGAGGCUCCCGGCGCUCGCUGCU… | 2519 nt | 0.5558 | |
| AGAUGCGGACACCUGGACCGCCGCGCCGAGGCUCCCGGCGCUCGCUGCU… | 2423 nt | 0.5522 | |
| AGAUGCGGACACCUGGACCGCCGCGCCGAGGCUCCCGGCGCUCGCUGCU… | 2348 nt | 0.5481 | |
| AGAUGCGGACACCUGGACCGCCGCGCCGAGGCUCCCGGCGCUCGCUGCU… | 2432 nt | 0.5522 | |
| AGAUGCGGACACCUGGACCGCCGCGCCGAGGCUCCCGGCGCUCGCUGCU… | 2557 nt | 0.5596 |
Summary
This gene encodes a member of the lipoxygenase gene family and plays a dual role in the synthesis of leukotrienes from arachidonic acid. The encoded protein, which is expressed specifically in bone marrow-derived cells, catalyzes the conversion of arachidonic acid to 5(S)-hydroperoxy-6-trans-8,11,14-cis-eicosatetraenoic acid, and further to the allylic epoxide 5(S)-trans-7,9-trans-11,14-cis-eicosatetrenoic acid (leukotriene A4). Leukotrienes are important mediators of a number of inflammatory and allergic conditions. Mutations in the promoter region of this gene lead to a diminished response to antileukotriene drugs used in the treatment of asthma and may also be associated with atherosclerosis and several cancers. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2012]
Forensic Context
A study in humans demonstrated that the ALOX5 mRNA was significantly upregulated in salivary extracellular vesicles from emergency department patients with acute traumatic brain injury compared to healthy controls and was also among the top ten up-regulated genes in circulating leukocytes following major blunt trauma [Cheng et al. DOI:10.4103/1673-5374.266924][Brandfellner et al. DOI:10.1097/SHK.0b013e31829de02f].