Basic Information
Symbol
APBB1
RNA class
mRNA
Alias
Amyloid Beta Precursor Protein Binding Family B Member 1
Fe65
RIR
Amyloid Beta (A4) Precursor Protein-Binding, Family B, Member 1 (Fe65)
Amyloid-Beta A4 Precursor Protein-Binding Family B Member 1
Adaptor Protein FE65a2
Stat-Like Protein
Protein Fe65
MGC:9072
FE65
Location (GRCh38)
11:6395111-6419453
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
MANE select
Transcript ID
NM_001164.5
Sequence length
2666.0 nt
GC content
0.6080
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1132.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1178.35 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
671.20
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GGCCCGCGCGCUCCUGGGCGGGGGAUGUUGUGAUGGAGAAGCCGCGGCG… | 2666 nt | 0.6080 | |
| AGACGCUCUGCCCUGGUGAGAAGGGGGCGGGAUGAGCUUUUCUCUGCAG… | 2010 nt | 0.5935 | |
| UCAUUUGGAAGCUGAGGAUGGUGAAGCACCCUGCCUGAAUAACUCUCGU… | 2114 nt | 0.5875 | |
| GAGACGCUGCAGCCUAGCUGGGCCCUGGCAGGUGAGGGGUGGGGGGUGG… | 2162 nt | 0.5870 | |
| AGACGCUCUGCCCUGGUGAGAAGGGGGCGGGAUGAGCUUUUCUCUGCAG… | 2004 nt | 0.5938 | |
| AAGAGUUAGAGGACGCAUGAGCGGGUUACAGGGUUGGAGUGGUGUGGCU… | 1906 nt | 0.5871 | |
| GAGACGCUGCAGCCUAGCUGGGCCCUGGCAGGUGAGGGGUGGGGGGUGG… | 2122 nt | 0.5877 | |
| CUUCCCCGCGCGGCCGCGGCGCCGCACAGCCGCCGCCAUUCGGGCUCCA… | 2658 nt | 0.6114 |
Summary
The protein encoded by this gene is a member of the Fe65 protein family. It is an adaptor protein localized in the nucleus. It interacts with the Alzheimer's disease amyloid precursor protein (APP), transcription factor CP2/LSF/LBP1 and the low-density lipoprotein receptor-related protein. APP functions as a cytosolic anchoring site that can prevent the gene product's nuclear translocation. This encoded protein could play an important role in the pathogenesis of Alzheimer's disease. It is thought to regulate transcription. Also it is observed to block cell cycle progression by downregulating thymidylate synthase expression. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2012]
Forensic Context
A study in rats demonstrated that the APBB1 mRNA, quantified via real-time PCR after traumatic brain injury, serves as a molecular marker for diagnosing diffuse axonal injury [Bauer DOI:10.1016/j.fsigen.2006.11.002]. This beta-amyloid precursor protein-binding protein is suggested as a marker for traumatic brain injury, with its quantitation applicable in forensic molecular pathology to investigate the pathophysiology of fatal processes [Maeda et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2010.07.024].