Basic Information

Symbol
APOL1
RNA class
mRNA
Alias
Apolipoprotein L1 APOL Apolipoprotein L Apolipoprotein L1-B3 Apolipoprotein L 1 Apolipoprotein L-I APOL-I ApoL-I APO-L FSGS4 Apo-L ApoL
Location (GRCh38)
22:36253071-36267530
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003661.4
Sequence length
2795.0 nt
GC content
0.5156

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1224.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1267.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 548.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001136540.2 NCBI
AUUAUACAGACGCAUAACUGGAGGUGGGAUCCACACAGCUCAGAACAGC… 2834 nt 0.5159
NM_001136541.2 NCBI
AUUAUACAGACGCAUAACUGGAGGUGGGAUCCACACAGCUCAGAACAGC… 2741 nt 0.5144
NM_001362927.2 NCBI
AUUAUACAGACGCAUAACUGGAGGUGGGAUCCACACAGCUCAGAACAGC… 2780 nt 0.5147
NM_003661.4 NCBI
AUUAUACAGACGCAUAACUGGAGGUGGGAUCCACACAGCUCAGAACAGC… 2795 nt 0.5156
NM_145343.3 NCBI
AUUAUACAGACGCAUAACUGGAGGUGGGAUCCACACAGCUCAGAACAGC… 2949 nt 0.5154
Summary

This gene encodes a secreted high density lipoprotein which binds to apolipoprotein A-I. Apolipoprotein A-I is a relatively abundant plasma protein and is the major apoprotein of HDL. It is involved in the formation of most cholesteryl esters in plasma and also promotes efflux of cholesterol from cells. This apolipoprotein L family member may play a role in lipid exchange and transport throughout the body, as well as in reverse cholesterol transport from peripheral cells to the liver. Several different transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.