Basic Information

Symbol
ATF2
RNA class
mRNA
Alias
Activating Transcription Factor 2 HB16 CRE-BP1 TREB7 CREB2 Cyclic AMP-Dependent Transcription Factor ATF-2 Cyclic AMP-Responsive Element-Binding Protein 2 CAMP Response Element-Binding Protein CRE-BP1 CAMP-Dependent Transcription Factor ATF-2 CREB-2 CAMP Responsive Element Binding Protein 2, Formerly CAMP Responsive Element Binding Protein 2 CAMP-Responsive Element-Binding Protein 2 Histone Acetyltransferase ATF2 CREBP1
Location (GRCh38)
2:175072250-175168382
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001880.4
Sequence length
4164.0 nt
GC content
0.3689

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1018.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1105.53 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1084.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((..((((....)))))))).))..(((.(((..((((((((((((...((((((((...((((((......))))))...........)))))...))).))))).)))))))..)))..))).(((((..(((((..(((....)))..))))).....(((((((((((((((((.............((((.(((((....(((((.((((((((((...((((((((......(((....)))......)))))))).....((((.(.(((((((....))))))).).))))...(((((((((((((((((..((......((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..(((..((((.(((......)))))))..)))...((((((((..((((.(((.(((...(((....)))..))).........(((((((.(((.(((((((((...))))))))))))))))))).....)))))))...))))))))...........))))).)))))))))......(((((..(((.((((((((...(((((...(.((((......(((.(.((((.....))))).)))............(((((............)))))((((..((((.(((((((...(((((....))))).....((((...))))....(((.....)))..........((((((((..(((.....((.((((.......((...))........)))).))....)))..).)))))))))))))))))).)))))))).).)))))...))))))))..)))..)))))..(((((((...............))))))).))))).)(((((((((....((((((((...((((((.((((.((((............)))).))))..........)))))).....))))))))......(((((......(((.((.(....).)).)))......)))))....(((.((...)).)))....))))))))).)))))))).......)))))))))......))...........((((((((.................((((((.(((((..(((..(((..(((........))).)))..)))....))))).))))))..(((((.((((((((((((.(((....))))))..(((.((((((((((..(((((((((.(((.(((((.((.(..(((((((...(((......((((((.(((((.........).)))))).))))(((((((((.((((((((....(((.((((((((((..((((((((((((.(((((((((((..((((..((((.((.........))...))))(((((((((((((((.........)))))))).)))))))......(((((.(((((((.(((....))).))))((((...(((((((((((((((......((((...(((((((.....((((((.(((((.......)))))......((((((((((((.((........))))))))).))))).(((......((((.(.(((((............))))).).))))......))).))).))).....)))))))...........))))...)))))).)))))))))...)))).......))).))))).......))))))))))).(((((((((((..(((.((.((((((((((((((....((((((..............)))).))......(((.......))).....)))))).....))))......)))).)))))............))))..)))))))..(((((.........)))))..........)))).))))))).((((......))))........((((((((((....)))))))))).(((((((((.(.......))))))))))((((.((((((((((............((((((..(((((((((((.(((.(((........((((......))))............((((((..((.(((((((((((.....(((...)))....))))))))))).))..)).)))).....(((.(((....))).)))....))).))).))))))))....)))..)))))).((((((((((((((.....(((((((.(((((((((((((((((((...(((((((.((((.....)))).))))))))))))(((.(((((((.....))))))).))).............(((((......))))).((....))(((.......)))..)))))))))))).)).))))))).......))))))))......................(((((((((((.(((((((...(((((.(((..........))).)))))...)))))))...)))))))))))(((.((((((...(((........)))...))))))))).(((((((...))))))))))))).........)))))))))).)))))))))..))))).))))).)))))))))))))))))))).....((((((........))).)))(((((((((((....((((......((((........))))......)))).((((((...)))))).........(((((((((....(((.((((((....))))))...((((..((((((((.(((((...(((......)))...))))).))))).))).))))..........((.((((....))))))...)))...)))))).)))...)))))))))))))).))))).))..).)).)))))))).))))).)).))..)))(((((..((((..(((((....(((((...))))))))))..)))).)))))......)))))))))).((.(((((((((((((((.............)))).(((((((((((..........))))......)))))))...((((((((.((.(((....))).)).))))))))..))))))))))).)).(((..((((((((.((((((.(((..(((((((((........(((((((......(((((...(((((((...))))))).)))))..))))))).....)))))))))..))))))))).))))))))..))).........))))))))).))))).....))))))))......)))))))).))).)))))).....(((((.....))))).......(((((((.((.........)).)))))))))))))))..(((((((..............)))))))((((((((.((((((...(((((((.(((((((....)))))))....((((....................))))............................(((((((.(((..((((((...((((((....((((..(((((((..(((((((((..........((((.(((((.....))))).))))...........))))))).))..))))))).))))))))))(((.(((((......))))).))).....(((....)))....(((.((........)).)))....(((((.(((((((.(.((.......)).).))))))))))))....))))))..))))))))))((((((((................((((..(((.(((((..(.(.(((((((((((((.((((((((.((((.............)))).)))))))).)).)))....((((....))))))))))))..).)..))))).))).)))).......))))))))((.(((((......))))).))(((......))).)))))))...)))))).))))))))...)).)))))))))))))).....))))))))...))).))).)))...((((((((((.............)))))))))))))))............((((....))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{.((((..((((....)))))))).}}..(((.(((..((((((((((((...({{(((((.,{(((({,......})))}}}..........)))))...}}}.))))).)))))))..)))..))).{{{{,..{((((,.(((....))).}))))},{{{.,{{{({.{,((((((((......,......(((,,(((((....(((((.{{((((((({...((((((((......(((....)))......)))))))).....((((.{.(((((((....))))))).}.))))...(((((((((((((((((..((......((((((((({((({{{{,.((({{((((((((((((((..(((..((({{(((......)))))))..)))...((((((((..((((.(((,,{{...{{{....}))..}})}}}.|{...(((((({{(((.(((((((((...))))))))))))))))))).....,,,))))...))))))))...........))))).)))))))))....,,(((((.{({{.((((((((...((({{,,,{.,,{{.,,,..{((.(.((((.....))))}.}}}.,,.........|||||............{{{|.((((..((((.(((((((...(((((....))))).....,((,,,.||||,,..{((.....)})....},....(((((((|..(((...,,|{.((((.......{{...||........)))}.})}...)))..}.)))))))))))))))))).)))),))),..}))))...))))))))...,,..))))).,(((((({.,,..........,.))))))).}}}}}..(((((((((....((((((((...((((((.((((.((({............}))).))))..........)))))).....))))))))......(((((.,....(((.((.{....).)).)))....,.)))))....,{{.{,...}}.}}}....))))))))).)))))})),...,}})))))))))......,,...........((((((((.................((((((.(((((..(((..(((..(((........))).)))..)))....))))).))))))..(((((.((((((((((((.(((....)))))).,,((,(({{((,{((..{,(((((((.(((.(((((.((.(,.(((((((((.,{(((((,.{{(((((.......(((((((((({((((.(({,(((((((({.{{{{((((,({(((..(((((((((({,.{,{{{{(((((,{{{{,(((({{,,{({{..,{,{,{{,....,,,.||,,,|||(((({(((((((((((.........))))))))},}||||||,....{{{{{,{{{((((.(((....))).)))){(((...(((((((((((((((......,{{{{{,((((({{.....(,{{{{.||{{{...,,..})})),,},..((((((((((((.((........)))))))))}})))).(({....,.((((.(.(((({.........,..})))}.,.)))).,....))).}}}.,,|...{{|||,,,,.....,|}}}},)),.,.)))))).)))))))))...)))),}},}|,|||,|||},{{{,,..{{|||}|||||.,{,{|||,{|{..,||}||,{({{(|,,{({|,{.,|,.|,|}},}|,||{{{{{,,,,{((,..,,,..|||||||,|{..,|,,...}|||}|{{,..||||,,..,|||||.|||||,|||||.....,)})),})}}}))),,,,,,,|||,,||||}},.,,,))),,,},}}})})}))))))}|||,|}}||}})|||}}}}}}|(((((((({....)))))))))}.{{{{{{{{|,{.,,....})))))))}|,{{{,,,,,.,{{||,,,..,,.....{{{{{{..{{{((((((((.(((,(((,{,,.,..((((......))))..,.,,,,....(((({(..{{.(((((((((((.....(({...,))....))))))))))).,}..)).)))).....(((.(({....))).))),}},}}),}},.})))))))....}))..)))))).,,||{,((((((((....{(((((((.(((((((((((((({(((({,,{{(((((,(((,.....)))).)))))))))))}(({.(((((((.....))))))).})}.............(((((......))))).{{....,},{,,,,....,,),,)))))))))))).)).))))))),}.....))))))))..........}))))))))))).,|||{||||||{{({{{{,,..{||||||||||{{,{{{{{||,|||{(((((((((.(((..(((((((({....,{,,.........,}},)))))))))..))).))))))))}|..,||||.||||{|||||,|||||,|,}}...,,,}},)))))}},},))))}}|||||,|||{|||||}}}}}}}}}}}},,,{{{{{,(({{,...,,|||,{,,}}||{(((........}}}}|{{{...,))))}},,,)))),.))))}.......,}},,,}}|||||,,}},,,,....,,,))))),}.)).)))).),.})))))))).{(({,,,({{{(((.(((((...,,{......,,}...))))}.))))}|,},.))))........,,{,.((((....))))}}..,,.....,,..))))))..}))))..,},.)).))))}))).,}.).)).)))))))).))))).)).,}}})))})).},.........,,,.(((((({,((..{(({{(((.((........)).)))))}},))))))))),.,{{|(((((((|{,.....,,,,....,|.||.(((((((((((..........}}}}...,,.))))))}...((((((((.((.(((....))).)}.))))))))..))))))))}))})},{((..((((((((.(((((||(((..(((((((((........(((((({......(((((...(((((({...})))))).))))),.))))))).....)))))))))..))))))))).))))))))..))}.........))))))))).))))).....))))))))......))))))))},)).)))))).,...((({{.....})))}..,....(((((((.((.........)).)))))))})))))))..(((((((..,...........)))))))((((((((.((((((...(((((((.(((((((....)))))))....,,,,.........,{{,....,,,)))}.................,,||,......(((((({{(((..((((((...{((((({{{,{{{{,,,(((((({..,{{(((({..,.,,,.,.{{((.(((((.....}}}},.}}}}.....,,...,}}|||||,||,.|}||}}},,||,,,,|,,|{|.{{||{.,,,,.}}}}}.}}}..,,,|||,..,)}},}})}}}.,}}}}}.}}}))}).}..,,{((((,({{{{{{.{}||,,,,...}||||}}}}}}})))))}...))))))..))))))))))((((((((..........,,{{.,{(((..{((.((({{..|{{.(((((((((((({.((((((((.((((.............)))).)))))))).}).)))....((({....})))))))))))..,|)..})))}.}}),))}},,.}}..)))))))){{.(((({......})))).}||{|......,,..)))))))...)))))).))))))))...)).)))))))))))))),,...))))))))...}}}.}}}.}},...((((((((((,{........,}.)))))))))))}))},,...,,,,,,{(({.....,}}).,}},,......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256090.2 NCBI
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGC… 4199 nt 0.3694
NM_001256091.2 NCBI
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGC… 4124 nt 0.3705
NM_001256092.2 NCBI
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGC… 4067 nt 0.3676
NM_001256093.2 NCBI
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGC… 4099 nt 0.3669
NM_001256094.2 NCBI
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGC… 1369 nt 0.3944
NM_001880.4 NCBI
GUCAGUCCGAUCUCGCGAGAGAGGACGGAAGCCUGUGGGAGCCCGUGGC… 4164 nt 0.3689
Summary

This gene encodes a transcription factor that is a member of the leucine zipper family of DNA binding proteins. The encoded protein has been identified as a moonlighting protein based on its ability to perform mechanistically distinct functions This protein binds to the cAMP-responsive element (CRE), an octameric palindrome. It forms a homodimer or a heterodimer with c-Jun and stimulates CRE-dependent transcription. This protein is also a histone acetyltransferase (HAT) that specifically acetylates histones H2B and H4 in vitro; thus it may represent a class of sequence-specific factors that activate transcription by direct effects on chromatin components. The encoded protein may also be involved in cell's DNA damage response independent of its role in transcriptional regulation. Several alternatively spliced transcript variants have been found for this gene [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in porcine skin exposed to bromine vapor demonstrated that the ATF2 transcript was significantly decreased at all post-exposure time points (6h, 48h, 7 days) for both 7- and 17-minute exposures, with fold changes ranging from -2.442 to -3.871, and it was identified as part of commonly altered signaling pathways including IL-10, IL-17, Hepatic Fibrosis/Stellate Cell Activation, and Glucocorticoid Receptor Signaling [Price et al. DOI:10.3109/15569527.2010.546003]. In contrast, research on human keratinocytes exposed to X-ray irradiation found no significant induction of the ATF2 transcript [Koike et al. DOI:10.1269/jrr.46.173].