Basic Information

Symbol
ATG13
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 13 KIAA0652 Autophagy-Related Protein 13 ATG13 Autophagy Related 13 Homolog (S. Cerevisiae) ATG13 Autophagy Related 13 Homolog PARATARG8
Location (GRCh38)
11:46617251-46674818
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001346311.2
Sequence length
4246.0 nt
GC content
0.5278

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1557.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1633.15 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 919.23
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001346351.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4171 nt 0.5210
NM_001346352.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4151 nt 0.5271
NM_001346353.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4094 nt 0.5249
NM_001346354.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 3978 nt 0.5269
NM_001346355.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 3992 nt 0.5271
NM_001346356.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 3987 nt 0.5255
NM_001346357.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4344 nt 0.5193
NM_001346358.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4228 nt 0.5211
NM_001346359.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4284 nt 0.5212
NM_001346360.2 NCBI
GGCCAUUACCGAAGCGGAUGAAAACAAACACUAACGAUGGCGGCGCCGG… 4173 nt 0.5205
Showing 41 to 50 of 51 entries
Summary

The protein encoded by this gene is an autophagy factor and a target of the TOR kinase signaling pathway. The encoded protein is essential for autophagosome formation and mitophagy. [provided by RefSeq, Oct 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulated the ATG13 in microglia, indicating its involvement in autophagy pathway disruption associated with methamphetamine-induced neurotoxicity [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].