Basic Information

Symbol
ATG4A
RNA class
mRNA
Alias
Autophagy Related 4A Cysteine Peptidase APG4A AUTL2 Autophagy-Related Cysteine Endopeptidase 2 Autophagy-Related Protein 4 Homolog A Cysteine Protease ATG4A HsAPG4A HAPG4A AUT-Like 2, Cysteine Endopeptidase (S. Cerevisiae) ATG4 Autophagy Related 4 Homolog A (S. Cerevisiae) APG4 Autophagy 4 Homolog A (S. Cerevisiae) Autophagy Related 4A, Cysteine Peptidase ATG4 Autophagy Related 4 Homolog A AUT-Like 2, Cysteine Endopeptidase AUT-Like 2 Cysteine Endopeptidase APG4 Autophagy 4 Homolog A Autophagin 2 Autophagin-2 EC 3.4.22.- EC 3.4.22
Location (GRCh38)
X:108091668-108154671
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_052936.5
Sequence length
2205.0 nt
GC content
0.4195

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-598.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -641.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 610.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001321287.2 NCBI
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGA… 2927 nt 0.4493
NM_001321288.2 NCBI
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGA… 2248 nt 0.4235
NM_001321289.2 NCBI
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGA… 2321 nt 0.4231
NM_001321290.2 NCBI
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGA… 2511 nt 0.4253
NM_052936.5 NCBI
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGA… 2205 nt 0.4195
NM_178270.4 NCBI
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGA… 2019 nt 0.4160
NM_178271.3 NCBI
GUCCGUAGUCAAGUUGCCGGUGGAAUUGGCCCAGGAUGACAGCUGGAGA… 2507 nt 0.4256
Summary

Autophagy is the process by which endogenous proteins and damaged organelles are destroyed intracellularly. Autophagy is postulated to be essential for cell homeostasis and cell remodeling during differentiation, metamorphosis, non-apoptotic cell death, and aging. Reduced levels of autophagy have been described in some malignant tumors, and a role for autophagy in controlling the unregulated cell growth linked to cancer has been proposed. This gene encodes a member of the autophagin protein family. The encoded protein is also designated as a member of the C-54 family of cysteine proteases. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ATG4A gene, associated with proteolysis, showed increased expression in juvenile whole blood compared to adult following controlled cortical impact injury [Hazy et al. DOI:10.1038/s41598-019-45089-z].