Basic Information

Symbol
ATP5F1A
RNA class
mRNA
Alias
ATP Synthase F1 Subunit Alpha ATP5A ATP5AL2 ATP5A1 HATP1 ATPM OMR ORM ATP Synthase, H+ Transporting, Mitochondrial F1 Complex, Alpha Subunit 1, Cardiac Muscle ATP Synthase F(1) Complex Subunit Alpha, Mitochondrial ATP Synthase, H+ Transporting, Mitochondrial F1 Complex, Alpha Subunit, Isoform 2, Non-Cardiac Muscle-Like 2 ATP Synthase, H+ Transporting, Mitochondrial F1 Complex, Alpha Subunit, Isoform 1, Cardiac Muscle Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Li 123m Mitochondrial ATP Synthetase, Oligomycin-Resistant ATP Synthase Alpha Chain, Mitochondrial ATP Sythase (F1-ATPase) Alpha Subunit EC 3.6.3.14 HEL-S-123m EC 3.6.3 COXPD22 MC5DN4A MC5DN4B MC5DN4 MOM2
Location (GRCh38)
18:46080248-46104334
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004046.6
Sequence length
5761.0 nt
GC content
0.4551

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1894.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1999.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1302.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001001935.3 NCBI
CAUUUUGUCCCAGUCAGUCCGGAGGCUGCGGCUGCAGAAGUACCGCCUG… 5834 nt 0.4535
NM_001001937.2 NCBI
AUUGCAAGCCUCGCUUCGUUGCCACUUCCCAGCUCUUCCCGCCUUCCGC… 5835 nt 0.4566
NM_001257334.2 NCBI
CAUUUUGUCCCAGUCAGUCCGGAGGCUGCGGCUGCAGAAGUACCGCCUG… 5695 nt 0.4548
NM_001257335.2 NCBI
CAUUUUGUCCCAGUCAGUCCGGAGGCUGCGGCUGCAGAAGUACCGCCUG… 6097 nt 0.4656
NM_004046.6 NCBI
CAUUUUGUCCCAGUCAGUCCGGAGGCUGCGGCUGCAGAAGUACCGCCUG… 5761 nt 0.4551
Summary

This gene encodes a subunit of mitochondrial ATP synthase. Mitochondrial ATP synthase catalyzes ATP synthesis, using an electrochemical gradient of protons across the inner membrane during oxidative phosphorylation. ATP synthase is composed of two linked multi-subunit complexes: the soluble catalytic core, F1, and the membrane-spanning component, Fo, comprising the proton channel. The catalytic portion of mitochondrial ATP synthase consists of 5 different subunits (alpha, beta, gamma, delta, and epsilon) assembled with a stoichiometry of 3 alpha, 3 beta, and a single representative of the other 3. The proton channel consists of three main subunits (a, b, c). This gene encodes the alpha subunit of the catalytic core. Alternatively spliced transcript variants encoding the different isoforms have been identified. Pseudogenes of this gene are located on chromosomes 9, 2, and 16. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the ATP5F1A was identified as a potential RNA marker for methamphetamine reward and addiction, showing down-down regulation in whisker follicles after self-administration and withdrawal with a betweenness centrality score of 0.0206 [Song et al. DOI:10.1038/s41598-018-29772-1]. In humans, research on abdominal subcutaneous adipose tissue found the ATP5F1A was up-regulated in response to a short-term overfeeding intervention [Shea et al. DOI:10.3945/ajcn.2008.25970].