Basic Information

Symbol
ATXN2L
RNA class
mRNA
Alias
Ataxin 2 Like A2D A2lp Ataxin-2 Domain Protein Ataxin-2-Like Protein A2LG A2RP Ataxin 2 Related Protein Ataxin-2-Related Protein Ataxin 2-Like A2LP
Location (GRCh38)
16:28822999-28837237
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_007245.4
Sequence length
4456.0 nt
GC content
0.6073

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1756.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1830.72 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1173.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001387175.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 3988 nt 0.6061
NM_001387176.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 4011 nt 0.6056
NM_001387177.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 3658 nt 0.6058
NM_001387178.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 4459 nt 0.6073
NM_001387179.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 3970 nt 0.6076
NM_001387180.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 4450 nt 0.6074
NM_001387181.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 3903 nt 0.6047
NM_001387182.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 3900 nt 0.6046
NM_001387183.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 3908 nt 0.6044
NM_001387184.1 NCBI
GGCGACGCGCACGCGCGCCAGCCCGGCUCGCGCCCUCUCGCUUUCCUCC… 3885 nt 0.6049
Showing 11 to 20 of 45 entries
Summary

This gene encodes an ataxin type 2 related protein of unknown function. This protein is a member of the spinocerebellar ataxia (SCAs) family, which is associated with a complex group of neurodegenerative disorders. Several alternatively spliced transcripts encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the ATXN2L mRNA was down-regulated by 31% in patient T4 and 41% in patient T6 in pericontusional brain tissue following traumatic brain injury, as identified through cDNA microarray analysis [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].