Basic Information

Symbol
BAG6
RNA class
mRNA
Alias
BAG Cochaperone 6 G3 D6S52E Scythe BAT3 BAG Family Molecular Chaperone Regulator 6 Large Proline-Rich Protein BAG6 HLA-B-Associated Transcript 3 BCL2 Associated Athanogene 6 Protein Scythe Protein G3 BAG-6 Large Proline-Rich Protein BAT3 HLA-B Associated Transcript 3 BCL2-Associated Athanogene 6
Location (GRCh38)
6:31638544-31652747
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001387994.1
Sequence length
3843.0 nt
GC content
0.6008

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1559.52 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1623.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1242.29
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((......))..((((((((((((.((((((.....((.(.(((....((((((...(((((............))))))))))))))).))))))))....((((.....))))(((((.(((.((......))))))))))....((((...))))))))))).((((((((.(((......((((((....(((((..........)))))....))))))(((...)))(((((....)))))(((((((((((((((.(((.....(((((((((((.((..((((......))))(((((((((((.(.((((((((((((((........(((.((((((.(((....))))))))).)))..)))))))))(((((....((((((((..((.(((.((...(((((........(((.(((..(((((((.....(((((.(((...........))))))))..........(((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((......((((....)))).....))))))).))))))))......)))).)).)))))).)))).))))).(((.((((((((((((((((((...((((((....((((((((.((((..((((((....((((.........))))..)))))).....))))))).))))).......))))))..)))))))).......((((.((((((((..((((((((.((((((.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))....((((((....((..(((..(((((......(((((((...))))))).....((((((((.....))).)))))...............)))))..)))..)).(((((..((....))..)))))........((((.((((((.((....(((((((((((((((....)))).(((((.((....)))))))....((((((...((((....(((........)))..))))...)))).))..((.(.((((((.(((((.....((.((((((((......))))))))))))))).)))))).).))).)))))))))))))))).)).))))...................).)))))(((((..(((((.((((.......((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((....))))))..((((((....(((.((((........)))))))...)).))))...(((((.(((...)))))))).......(((((......)))))..)))))))((((...((((((((........))))))))...))))..((......))...(((((...((......))...))))).....(((((..((.(((........))).)))))))...))))))))..))))))))))).)).((((((((......))))))))..))))..)))))..)))))..))))..))))))))))))).))))))).((((....(((((((..((((....(((.((((.(((((........)).))).)))).)))..))))..)))))))...))))((((....))))))))))).))))))))))))).))))))..(((((((((((((......(((.((((((....((((((.(((((.....(((((((.((((((....(((.....))).((((.(((.((((.....)))).))).))))((((..(((.(((.((((((((((..(((.(((((.((((((((((((...((((((((((((((...((((((((((((((((......))))))))(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((..((((((...))))))))))))).)...)).)))))))))(((.((.......)).)))..((((((((((...((((((.((((((((.(((.((((.((((((((((((.((((....(((.(((.(((.....))).)))((((.....))))((((((.(....).))))))....(((((........................)))))..((.((((((((.(((...)))))))).)))..)))))..)))))).)))))))))).))...(((((.((.....)))))))....)).))).)))))))).))))))))).........((((((.(((.((.((((((((...............................................)))))....))).)))))..)))))).((((((((.......)))))))).))))))))))))))))).)))))......))))))))....)))))....((((.....))))(((((...(((((((.....))))))).))))).)))).))))).((((((((((....))))))))))......(((.(((((((.(((((((((..((((....(((.....)))))))..))...))))))).))))))).))).......(((((...)))))........(((((((.((((((((((((......)))))).......))))))...((.((((((....)))).)).))....))))))).)))))))))))).....)))))((((..((((.....(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((((...))))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....))))...........(.(((((...........))))).).(((((......)))))....)))).....(((((.((((((.........))))))..)))))))).))).))))))))))....)))..))))((((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.((..(((((...((((..(.(((((..(.....)..))))).)..))))((((((((.((((.((.....((((...(..((((...((((((..((((((((((..(.((..((.(((..((....))..))).)).)))..))))))).....)))....)))))).))))..)..)))))))))))))))))).(((((.....)))))..)))))..))))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((.......)))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((.((........)).)))..)))).))))))))))..(((((.......)))))(((((.(((((((((...((....(((...)))...))...)))))))))(((((.((....))))))).)))))........(((......))).)))))).))).....).)))....))))).((((...))))))))))....)))))).)))(((((........)))))((((...((....))))))...)))).)).)))).)))))))).))))))))))))))))))))))))).............(((((.((...........)).)))))))))))))))))......)))))))).....)))))...))).))))......)))))))))))..(((((....)))))))).))))))))............)))))..(((((....(((((((....)))))))..))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,...{,{((,{..,,(((((((((,{{{,,{{{{{{{{{||((((((.,(,((((((((((((((.((({....(((((....)))))......,{((({((...,..{{{.,,((((((.(({(((......)))}}))))))....})}...,}))))))...}))))))))))),.}))}})|}{((|...(((((..........)))))..,,)},||(((((.((({{......,))}).)))))}}))})))....,...,,..,,,|}}}|||||((((({(({,,{.{({{{(((((({((((,{{{{}||{{{,,|{{{|,{((((((.((({....,{{,(((((((((((.((((...((((.....(.((({...}))).)))))....))))..)))))).........))))).,..|,.}))}})))))|,||..||,.....,,.,})))))||,.......,,,(((((,.,(({,.{({,{(((((((...((((,((((({({({.,,,,{.{((.,{{||||,.,,,||||||,{(((((({|{{{{,{{({{,{.||||(((((||||}||||{({,..,||||||{{,{{|||||,||{{{{{{,..,(((((((,{((((..(((((({{,,(((,...,,,,}},,}}..)))))).....))))))).))))).......)))))),))))))))).,,,,}}|,||}|||||||,..||{{||||,{{{{{{.((((.(.(((.((((((............)))))).))).).)))).))||}||||||...},||,{{.,.,{,|||,,,...(((((((...)))))))...,{((((({{({.{{{|,|,||||((.....,,.{,,,,.,|||}..,||..|}.{{{{{.,,(({(((({(((,{({((..(..((((.((,((({((...,(,(((((,,{.((((....)))).{((((,((....||||||,,..,.{(((({..({,......,{,.,,{,,,{{{,{||||,,.||||||{{{,,.,.{|||||,|{(({{....{(.((((((((......))))))))))}))}|,||||||.|,.,,.)))}}}})))))})),,}|.||,|||,...............}}.))))}|}},|}}||||{.,,||}}}.,,....,}||||||,,|,|}}}|||.|,}}}||||{{{,....}))}||,.{({{,,....|||.||||.,}}}}.,)))))))}}}))},,)..}}|}.{(((((..(((....))}..}}}}||,,,...,}})))})}})).},})}|||}..((((((((........))))))))...|||{..,,.,.})))}...{((((.,.((......)}...))))}.,{{.{,{|,,{{{|{.,,,|||||||||{|{{||||.,,,|,|||||.||}},,.,},,..},,|{{|||{{.||||.|||||||,..{{.,..)),,,}})))))..||||..}|||||}},||||.|||||}}.{(({,,,,{{(((((.,((((....({(.((((.((({{........)),})).)))).)))..)))}..))))))).|.)))){(((,.,.}}}|||}||.||||}.||.|}}|||,.}|)},.......((((((((((((((((((((((((,.{{,{(((,.,(((((,,.{(...((,.,.||....,,}}..}}}}}...|||{,,||.||||}}}}{||||,|||,||},(((({.,,{.(((,((((((({{{..(((((((((,{(((((((((((...((((((((((((((...((((((((((((((((......))))))))((((({{{|||||{{.(((({(((((({{(((((((..((((((...))))))))))))}{|{{.|,|{|}||||({(((.((......,|}(((((.......))))}..{(((((.((((((((.(((.({((.((((((((((((.((((....(((.{{{.{(||....,,,.,,|{(({.....}))}((((((.(....).)))))).||,(((((........................))|)}..,,.{{((((,({(((...))))))))},}),,,})))..)))))),,))))))))).})|..(((((.((.....}))))))....}).))).)))))))).)))))|(((((.....)))))}.,.(((.{.....}))))),.,,,}}...))).)},}}},|,,,...,,,,,...,..,,,....,||||,},...)))),,,.||.|||..((((((((.......)))))))).)))))}.))}})))))),,))))......))))))))....)))))....((((.....))))(((((...(((((((.....))))))).))))).)))).))))).((((((((((....))))))))))......(((.(((((({.(((((((((..((((....(((.....)))))))..))...))))))).})))))).))).......(((((...))))}........(((((((.({(({((((({,,.....||||}}....,{{|}}}}}...||,|{{{||,,.,)}}),)),)),...))))))).))))))))))))}}...||,||((,{,.(((,{{...(((((((((....((((((...........((((.(((.....(((((((((({...})))))..)))))..)))))))..))))))...))))))))).....,|(({.....}))}.|.(((((...........))))).,.(((((......))))),.}}.)))...}})||||}((((((.........))))))..))}))))).))).)))))))))}...})))).)})){(((((((((.((((.((((((((..(.(((((....((((((...(((((.((.(((.(({.(((((,..((((,,,.(((((.,{.....}.,))))}.),.))))((((((({{((((.((....,((((.,.{..((((...((((((..((((((((((....{{..{{,((({{((.{...,..)))}))},}}.,)))))},....,)))....)))))).))))..,..)))))))))))))))))).(((((.....)))))},}))))})),))))).)).)))..))))))((((((.((..(.((((((......})))))))..)))))))).))))).)..))))))))(((,({........)),)))..)))).)))))))))}..{(({{..,....,}}},{{{||.(((((((((...((,{..{{{...,)),,.))...))))))))),{(({,{{,...,,))))},)})))...},}..}}}....)))).)))))).))))))..{{{|{{{,{{|,{(|.,,||}.})),,})))))}}.,|||.}}{||.{|{||,,....,,))))),})).},))))).})))})))).)),))..))}).))}))}})}))))},}}))}}))}})})))),}}}............|{|||.||}..,,,,}}..},.,,))),}}}}||}}}}}.....{|{{.,.)))}...,||||,......})))}.....))).,..)))))}))}.,,)),)))))))}),,},}})},,.,,,,,,..,,,.....((({{....(((((((....)))))))..))))).....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001388014.1 NCBI
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUC… 3442 nt 0.5915
NM_001388015.1 NCBI
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUC… 3589 nt 0.5952
NM_001388016.1 NCBI
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUC… 3761 nt 0.5916
NM_001388017.1 NCBI
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUC… 3767 nt 0.5944
NM_001388018.1 NCBI
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUC… 3803 nt 0.5927
NM_001388019.1 NCBI
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUC… 3908 nt 0.5949
NM_001388020.1 NCBI
AAACCACUUUCUCCGCAGAGUGUGGGGCGACCACCGCUUUCGCGUUGUC… 3911 nt 0.5950
NM_080702.3 NCBI
GCACGCAGGCGUAGUACGGUCCCCCGGGCGACAGCGGUGGCGGCUCCUC… 3735 nt 0.5987
NM_080703.3 NCBI
GCACGCAGGCGUAGUACGGUCCCCCGGGCGACAGCGGUGGCGGCUCCUC… 3759 nt 0.5988
Showing 51 to 59 of 59 entries
Summary

This gene was first characterized as part of a cluster of genes located within the human major histocompatibility complex class III region. This gene encodes a nuclear protein that is cleaved by caspase 3 and is implicated in the control of apoptosis. In addition, the protein forms a complex with E1A binding protein p300 and is required for the acetylation of p53 in response to DNA damage. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.