Basic Information

Symbol
BANP
RNA class
mRNA
Alias
BTG3 Associated Nuclear Protein SMAR1 BEND1 SMARBP1 Scaffold/Matrix-Associated Region-1-Binding Protein BEN Domain-Containing Protein 1 DKFZp761H172 Protein BANP FLJ20538 FLJ10177 Btg3-Associated Nuclear Protein BEN Domain Containing 1
Location (GRCh38)
16:87949127-88077321
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001386991.1
Sequence length
2398.0 nt
GC content
0.5876

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-886.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -931.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 560.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001173539.2 NCBI
AGAGCGGCGGCUUCUCUCGCGAGGACGGACGCCAUUAUCGCAUCUCCCC… 2323 nt 0.5859
NM_001173540.2 NCBI
AGAGCGGCGGCUUCUCUCGCGAGGACGGACGCCAUUAUCGCAUCUCCCC… 2299 nt 0.5916
NM_001173541.2 NCBI
AGAGCGGCGGCUUCUCUCGCGAGGACGGACGCCAUUAUCGCAUCUCCCC… 2206 nt 0.5902
NM_001173542.1 NCBI
AGUAUUCUUGGGGAGAAAGAUAACAGGGAAGUGAGGAGGGUUCAGCUGU… 2393 nt 0.5771
NM_001173543.1 NCBI
CUUUCUCAGCCUCCUUAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGUGCCACCAUAC… 2456 nt 0.5786
NM_001384916.1 NCBI
AGACACGGACUUGGGAAUGUUUUGAAACAACAGGAACGACAUCACCCUA… 2657 nt 0.5706
NM_001384918.1 NCBI
AGACACGGACUUGGGAAUGUUUUGAAACAACAGGAACGACAUCACCCUA… 2765 nt 0.5678
NM_001384919.1 NCBI
AGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCUCA… 2708 nt 0.5853
NM_001384920.1 NCBI
AGAGCGGCGGCUUCUCUCGCGAGGACGGACGCCAUUAUCGCAUCUCCCC… 2557 nt 0.5776
NM_001384921.1 NCBI
AGACACGGACUUGGGAAUGUUUUGAAACAACAGGAACGACAUCACCCUA… 2648 nt 0.5706
Showing 1 to 10 of 33 entries
Summary

This gene encodes a protein that binds to matrix attachment regions. The protein forms a complex with p53 and negatively regulates p53 transcription, and functions as a tumor suppressor and cell cycle regulator. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Mar 2010]

Forensic Context

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