Basic Information

Symbol
BCAT2
RNA class
mRNA
Alias
Branched Chain Amino Acid Transaminase 2 BCATm BCAM BCT2 Branched-Chain-Amino-Acid Aminotransferase, Mitochondrial Branched Chain Aminotransferase 2, Mitochondrial Placental Protein 18 EC 2.6.1.42 PP18 Branched Chain Amino-Acid Transaminase 2, Mitochondrial BCAT(M) BCATM ECA40 HVLI
Location (GRCh38)
19:48795061-48811056
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001190.4
Sequence length
1563.0 nt
GC content
0.6040

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-627.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -658.78 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 379.02
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001164773.2 NCBI
ACAGUUACGCGCCGCACGGAUCAUGGCCGCAGCCGCUCUGGGGCAGCUG… 1287 nt 0.6092
NM_001190.4 NCBI
ACAGUUACGCGCCGCACGGAUCAUGGCCGCAGCCGCUCUGGGGCAGAUC… 1563 nt 0.6040
NM_001284325.2 NCBI
ACAGUUACGCGCCGCACGGAUCAUGGCCGCAGCCGCUCUGGGGCAGAAG… 2044 nt 0.6057
Summary

This gene encodes a branched chain aminotransferase found in mitochondria. The encoded protein forms a dimer that catalyzes the first step in the production of the branched chain amino acids leucine, isoleucine, and valine. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2009]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the BCAT2 gene, involved in amino acid metabolism, was downregulated in the hippocampus and kidney as part of the inhibited metabolism of amino acids and derivatives pathway in sepsis [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].