Basic Information
Symbol
BIN1
RNA class
mRNA
Alias
Bridging Integrator 1
Myc Box-Dependent-Interacting Protein 1
Amphiphysin II
SH3P9
AMPH2
AMPHL
Box-Dependent Myc-Interacting Protein 1
Amphiphysin-Like Protein
Amphiphysin 2
Box Dependant MYC Interacting Protein 1
CNM2
Location (GRCh38)
2:127048017-127107556
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
MANE select
Transcript ID
NM_139343.3
Sequence length
2487.0 nt
GC content
0.6180
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1037.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1076.55 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
663.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… | 2199 nt | 0.6085 | |
| CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… | 2262 nt | 0.6180 | |
| CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… | 2154 nt | 0.6123 | |
| CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… | 2133 nt | 0.6184 | |
| CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… | 2025 nt | 0.6123 | |
| CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… | 1935 nt | 0.6072 |
Showing 11 to 16 of 16 entries
Summary
This gene encodes several isoforms of a nucleocytoplasmic adaptor protein, one of which was initially identified as a MYC-interacting protein with features of a tumor suppressor. Isoforms that are expressed in the central nervous system may be involved in synaptic vesicle endocytosis and may interact with dynamin, synaptojanin, endophilin, and clathrin. Isoforms that are expressed in muscle and ubiquitously expressed isoforms localize to the cytoplasm and nucleus and activate a caspase-independent apoptotic process. Studies in mouse suggest that this gene plays an important role in cardiac muscle development. Alternate splicing of the gene results in several transcript variants encoding different isoforms. Aberrant splice variants expressed in tumor cell lines have also been described. [provided by RefSeq, Mar 2016]
Forensic Context
A study in human pediatric sepsis patients identified the BIN1 as exhibiting increased polyadenylation in viral compared to bacterial infection samples through Nanopore direct RNA sequencing [He et al. DOI:10.1186/s12879-025-11078-z].