Basic Information

Symbol
BMAL1
RNA class
mRNA
Alias
Basic Helix-Loop-Helix ARNT Like 1 BHLHe5 PASD3 MOP3 Brain And Muscle ARNT-Like 1 ARNTL1 ARNTL JAP3 Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator-Like Protein 1 Aryl Hydrocarbon Receptor Nuclear Translocator Like Basic Helix-Loop-Helix ARNT-Like Protein 1 Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 5 Basic Helix-Loop-Helix Family Member E5 Basic-Helix-Loop-Helix-PAS Protein MOP3 PAS Domain-Containing Protein 3 Member Of PAS Superfamily 3 PAS Domain Containing 3 Member Of PAS Protein 3 BHLH-PAS Protein JAP3 Mutant Basic Helix-Loop-Helix ARNT-Like Protein 1 Testis Tissue Sperm-Binding Protein Li 50e Basic-Helix-Loop-Helix-PAS Orphan MOP3 ARNT-Like Protein 1, Brain And Muscle BMAL1c BHLHE5 TIC
Location (GRCh38)
11:13276647-13388048
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001297719.2
Sequence length
2787.0 nt
GC content
0.4568

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-853.44 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -905.99 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 720.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.(((......(((((((.((..(((((((((.((((.((((((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))))))).))))))).))))))))..((((((..(((.(((.((....))))).))).))))))..(((((.(((.(((((((((....(((((...)))))...))))).....)))).))))))))(((((((((((.(....).))).))))))))....((((.((.(((..(((((...........(((((.(((.((..((((.....))))...))..))).))))).))))).))).))))))....))))))))......((((((((((............))))))))))...(..(((....)))..)...((((((....(((........)))....))))))..((......)))))))))))(((((((.((((((((.((((((.((....(((..(((....)))....))))).))))))..)))))))).))).))))............(((((.((...)).)))))...............((((((((((((((.((((((((.....(.((((((..........((.(((((.((..((((((.((((((.(((.(((((((((.(((((((((((.((((......((((.((((((.((((.((............(((((((((.(((((((((..((((................)))).............(((((((((((((............(((((((.((.(((((..((...))..))))).))..(((((((((......))))).((((.((((((((....(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..((((((((.....))))))))...))))))))..)))).))))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((.((.........((((..((((..((((((.........))))))..))))..)))).((((((......))))))...(((......)))....(((((..........))))).(((((..(((((.(((..........))).))))).)))))..)).))))).((((......)))).((((..............)))).((.(((((.......)))))..))(((((((((..(((...((((((((....))))))))...)))...))).))))))....)))))....))))))))....)))))).)))...)))...))))))))))))))))))))...((....)).))))))))))))))))))...........)).)))).)).)))).))))(((((.((((((...(((((((........))))))).)))))))))))(((((................................)))))..............(((((....))))).(((((.(....).)).)))((((((......)))))).)))))))))))))))..)))...))))))....))).)))))))))))).)).)))))))((((((..((...))..))))))....((((.((((.((((((..(((((((.....)))))))..((((((((..(((((.((.....))..)))))......))))))))......))))))......))))))))..........((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((.............(((.....)))...((..((((((((....))))))))...))........((((((((..........)))))))).((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((..(((((((((....))).)))))).......((.((((((....(((((((..((((..(((.(((..((((((.((((.((((((((((((....)))))).))))...((....))...))..))))))))))..))).)))))))....((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((....((((((.(((((((((...))))))))))))))).......((((...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..)))))))...)))))).))...)))))....)))))....)))))).))))..))))))))).))...)))))).)))).)))))))....))))))))....((((((((.((((.((((((((((..((.......((((.(((((......))).)).)))).....))..))))))))))..)))).))))))))(((((....)))))...(((((((..((.....))..)))))))((((.....))))..........))))))))))))))....(((((..............)))))..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((.{,({{{...(((((({{({{((((((((((.(((,(((,(((((((((...(((((((((((.((.((((.((....)).)))))})))).))))))).)))))}))||||||{({((({{{({(((((,(||.(((((|,||,|.|,,((({(((((.(((((((((....(((({...}))))...))))).....)))).)))))))){|||{{{{|||,,,,,.}.}}),)})))))),)))))||||||||||||||||,,|,,|}||..|||{{..,,,{...,,.....,,{{{|,|||{{||||{|||||{..|{(({({{{,{{{{{....||(,.,......}||{,{|||||.}.....}}}.,))))))),}),}}|,.{((..,.})},,|,.,||||.|}}},}}|,}},.,}))))}})))))))))}|{..}},.,,))))))))))|{{(((.((((((((.((((((.({,,.{(((..(((....)))....))))),))))))..)))))))).))).}}},..,,..,.....(((((.{{...}|.}}}|}...,,.,,......,(((((((((((((,.((((((((....,{{((((((,....,....{{.(((((.,({.((((((.((((((.(({.(((((({((.(((((((((((.((((......((((.((((((,((({.,{............((((((({(((((((((({..{({{.|,.............}}}},.||..,,,.,.,{{{((((((((((.......,....(((((((.{,.(({((..,(,..,,..))))),}}..(((((((((......))))),|||{.(((((((({...(((((((((((..(((((...)))))..))))))).....)))).........((((....))))..||((((((.....)))))))}..,))))))))..)))}.})))...(((((((((........))))).))))..(((...(((((((((..((((((((.....((((((....))))))..............((((((((((.{{.,.......,(((..((((..((((((..,....,.))))))..))))..)))},((((({.....,})))))...{((....,.)))....(((((..........))))).{((({..(((((.(((..........))).))))).))))}..}}.))))).((((......)))),((((.,............)))).{,.(((((.......)))))..,,(((((((((..,(({..{(((((((....)))))))),,,,,,...))),,)))))....))))),}..))))))))....))))))})))...))),,.)))))}}))))))))))))),,.{{.|,,}}|}}))))))))))))))))...........},.)))).)).)))).)))){((({,((((((...(((((((........))))))).))))))))))}{{{{{{{{.....,.,,,,,,.............,..})}}}..............{{{{{.,,,))))}.{{{,{.{....,.)).}},((((((......)))))).}))))))))))))))..}}}...))))))....))).)))))))))))).)).)))))}}((((((..((...))..)))))),.,,((((.{{({.(((((({.(((((((.....))))))).,((((((((..(((((.((.....))..))))),,.,,.})))))))..,,|.))))),..,.}})}))))),.}}.......((((.((((((((.(((((((((..((((...((((((....(((((((....)))))))..))))))((((((((...,{,...,|,.(((.....}}}...,{..((((((({....})))))))...,,........((((((((..........)))))))}.((((((......))))))))))..))))....((((((.(((((..(((((.,(({{{((((,.,,|||{|,},,,...,,,.||}|{||||,...(((((((..((((..{((.(((..{((({({((({,({(((({(((((....)))))),)))).,{({,,..|}..,},,.})))))))))..))).)))))))..,.((((...((((((.(((.((((((.....)))).)).))).))))))..))))..(((((((.(.((.,{,((((({{(((((((({...})))))))))))))).,,,...((({...(((((((((.........)))))))))..))))...))).)))))))..))))))).,,|}}}}},)),,,)))))....)))))....}))))).))))..))))))))).},..})))))).)))).)))))))....)))))))}...}|||{{|||}||{|,|||||||||||,{{....,,.((((.(((((......))).}}.)))).}|,}}}..|)))}}}})),.,,}},,}}}}}}|(((((....)))))}..(((((((,{{{.....)),,}}))))){(((.....))))......,,..})))))))))))))....{{{{{..............))))}..(((((...))))).....((((((....))))))...)))))))))))),))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001351808.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2858 nt 0.4570
NM_001351809.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2856 nt 0.4559
NM_001351810.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2378 nt 0.4550
NM_001351811.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2724 nt 0.4548
NM_001351812.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2911 nt 0.4579
NM_001351813.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2815 nt 0.4540
NM_001351814.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2802 nt 0.4561
NM_001351815.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2603 nt 0.4541
NM_001351816.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2803 nt 0.4549
NM_001351817.2 NCBI
AGUGGUGCGACAUUUAGGGAAGGCAGAAAGUAGGUCAGGGACGGAGGUG… 2252 nt 0.4547
Showing 11 to 20 of 27 entries
Summary

The protein encoded by this gene is a basic helix-loop-helix protein that forms a heterodimer with CLOCK. This heterodimer binds E-box enhancer elements upstream of Period (PER1, PER2, PER3) and Cryptochrome (CRY1, CRY2) genes and activates transcription of these genes. PER and CRY proteins heterodimerize and repress their own transcription by interacting in a feedback loop with CLOCK/ ARNTL complexes. Defects in this gene have been linked to infertility, problems with gluconeogenesis and lipogenesis, and altered sleep patterns. The protein regulates interferon-stimulated gene expression and is an important factor in viral infection, including COVID-19. [provided by RefSeq, Oct 2021]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the BMAL1 mRNA exhibits statistically significant rhythmic expression in blood, with peak expression in the afternoon (15:30-17:00 h), and was identified as a candidate biomarker for estimating blood deposition time [Lech et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2015.12.008]. In forensic autopsy cases, the BMAL1 mRNA showed clear circadian oscillation in human kidney, liver, and heart tissues, where its expression ratio with hPer2 or hRev-Erbα provided a method for estimating the time of death, with specific ratio thresholds correlating to distinct time-of-day categories [Kimura et al. DOI:10.1007/s00414-010-0527-4].