Basic Information

Symbol
CACNG6
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Auxiliary Subunit Gamma 6 Neuronal Voltage-Gated Calcium Channel Gamma-6 Subunit Calcium Channel, Voltage-Dependent, Gamma Subunit 6 Voltage-Dependent Calcium Channel Gamma-6 Subunit
Location (GRCh38)
19:53991637-54012666
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_145814.2
Sequence length
2501.0 nt
GC content
0.6305

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1177.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1214.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 666.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_031897.3 NCBI
AGGCCGGUGGCGGUGGCGGGCACAGCCGGACGCUUCGGAGGCAGCGCGG… 2288 nt 0.6403
NM_145814.2 NCBI
AGGCCGGUGGCGGUGGCGGGCACAGCCGGACGCUUCGGAGGCAGCGCGG… 2501 nt 0.6305
NM_145815.2 NCBI
AGGCCGGUGGCGGUGGCGGGCACAGCCGGACGCUUCGGAGGCAGCGCGG… 2363 nt 0.6335
Summary

Voltage-dependent calcium channels are composed of five subunits. The protein encoded by this gene represents one of these subunits, gamma, and is one of two known gamma subunit proteins. This particular gamma subunit is an integral membrane protein that is thought to stabilize the calcium channel in an inactive (closed) state. This gene is part of a functionally diverse eight-member protein subfamily of the PMP-22/EMP/MP20 family and is located in a cluster with two family members that function as transmembrane AMPA receptor regulatory proteins (TARPs). Alternative splicing results in multiple transcript variants. Variants in this gene have been associated with aspirin-intolerant asthma. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

A study in human trauma patients demonstrated that the CACNG6 mRNA was significantly downregulated in circulating CD3+ T cells during the injury stage compared to the recovery stage [Rau et al. DOI:10.2147/JIR.S375881].