Basic Information

Symbol
CASP6
RNA class
mRNA
Alias
Caspase 6 Caspase-6 CSP-6 MCH2 Caspase 6, Apoptosis-Related Cysteine Peptidase Caspase 6, Apoptosis-Related Cysteine Protease Mammalian Ced-3 Homologue 2 EC 3.4.22.59 Apoptotic Protease MCH-2 Apoptotic Protease Mch-2 EC 3.4.22 CASP-6
Location (GRCh38)
4:109688622-109703583
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Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001226.4
Sequence length
1634.0 nt
GC content
0.4278

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-482.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -515.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 408.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001226.4 NCBI
GUGGCUUCAGGAAGAGGAGGGCAAGGUGUCUGGCUGCGCGUUUGGCUGC… 1634 nt 0.4278
NM_032992.3 NCBI
GUGGCUUCAGGAAGAGGAGGGCAAGGUGUCUGGCUGCGCGUUUGGCUGC… 1367 nt 0.4301
Summary

This gene encodes a member of the cysteine-aspartic acid protease (caspase) family of enzymes. Sequential activation of caspases plays a central role in the execution-phase of cell apoptosis. Caspases exist as inactive proenzymes which undergo proteolytic processing at conserved aspartic acid residues to produce two subunits, large and small, that dimerize to form the active enzyme. This protein is processed by caspases 7, 8 and 10, and is thought to function as a downstream enzyme in the caspase activation cascade. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants that encode different isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the CASP6 is an effector caspase activated during apoptosis [Akar et al. DOI:10.1515/tjb-2017-0131].