Basic Information

Symbol
CASP7
RNA class
mRNA
Alias
Caspase 7 ICE-LAP3 CMH-1 MCH3 Caspase 7, Apoptosis-Related Cysteine Peptidase Caspase 7, Apoptosis-Related Cysteine Protease ICE-Like Apoptotic Protease 3 Caspase-7 CASP-7 Apoptotic Protease MCH-3 Apoptotic Protease Mch-3 EC 3.4.22.60 EC 3.4.22 LICE2
Location (GRCh38)
10:113679162-113731290
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001227.5
Sequence length
2344.0 nt
GC content
0.4279

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-667.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -714.90 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 735.77
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001227.5 NCBI
AGACCCUUGCUGCGGAGCGACGGAGAGAGACUGUGCCAGUCCCAGCCGC… 2344 nt 0.4279
NM_001267056.2 NCBI
AUCUCCACCAGCAAGCUGGGCUGCUGGGUGGGUACUUCCUUCAAAGCUG… 2433 nt 0.4353
NM_001267057.1 NCBI
CCCGCGCGCGGGCUCAACUUUGUAGAGCGAGGGGCCAACUUGGCAGAGC… 2638 nt 0.4507
NM_001267058.2 NCBI
ACUUCCUGUCGUCGCAGAGCACAGCCUAGUUCUGAUGCAGAGGGGACUG… 2236 nt 0.4191
NM_001320911.2 NCBI
AUCUCCACCAGCAAGCUGGGCUGCUGGGUGGGUACUUCCUUCAAAGCUG… 2464 nt 0.4355
NM_033338.6 NCBI
AGACCCUUGCUGCGGAGCGACGGAGAGAGACUGUGCCAGUCCCAGCCGC… 2451 nt 0.4317
NM_033339.5 NCBI
AGACCCUUGCUGCGGAGCGACGGAGAGAGACUGUGCCAGUCCCAGCCGC… 2418 nt 0.4305
NM_033340.4 NCBI
AUCUCCACCAGCAAGCUGGGCUGCUGGGUGGGUACUUCCUUCAAAGCUG… 2399 nt 0.4414
Summary

This gene encodes a member of the cysteine-aspartic acid protease (caspase) family. Sequential activation of caspases plays a central role in the execution-phase of cell apoptosis. Caspases exist as inactive proenzymes which undergo proteolytic processing at conserved aspartic residues to produce two subunits, large and small, that dimerize to form the active enzyme. The precursor of the encoded protein is cleaved by caspase 3 and 10, is activated upon cell death stimuli and induces apoptosis. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

A study in human cadavers demonstrated that mRNA remains stable in liver tissue up to 48 hours postmortem, enabling thanatotranscriptome analysis [Javan et al. DOI:10.1007/S12024-015-9704-6]. A study in rats demonstrated that the CASP7 is an effector caspase activated during apoptosis [Akar et al. DOI:10.1515/tjb-2017-0131].