Basic Information

Symbol
CASP9
RNA class
mRNA
Alias
Caspase 9 ICE-LAP6 APAF-3 MCH6 PPP1R56 Caspase 9, Apoptosis-Related Cysteine Peptidase Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 56 ICE-Like Apoptotic Protease 6 Caspase-9 Caspase 9, Apoptosis-Related Cysteine Protease Apoptotic Protease Activating Factor 3 Apoptotic Protease-Activating Factor 3 Apoptotic Protease MCH-6 Apoptotic Protease Mch-6 EC 3.4.22.62 CASP-9 APAF3
Location (GRCh38)
1:15490832-15526534
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001229.5
Sequence length
2808.0 nt
GC content
0.5228

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1004.29 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1051.10 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 939.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001229.5 NCBI
AGUUGGCUACUCGCCAUGGACGAAGCGGAUCGGCGGCUCCUGCGGCGGU… 2808 nt 0.5228
NM_001278054.2 NCBI
AGUUGGCUACUCGCCAUGGACGAAGCGGAUCGGCGGCUCCUGCGGCGGU… 2358 nt 0.5115
NM_032996.3 NCBI
AGAUGCGUCCCGGGGAGUGGGCGGUGACGCGGUGGCAGGUUCUGGGGAC… 2869 nt 0.5295
Summary

This gene encodes a member of the cysteine-aspartic acid protease (caspase) family. Sequential activation of caspases plays a central role in the execution-phase of cell apoptosis. Caspases exist as inactive proenzymes which undergo proteolytic processing at conserved aspartic residues to produce two subunits, large and small, that dimerize to form the active enzyme. This protein can undergo autoproteolytic processing and activation by the apoptosome, a protein complex of cytochrome c and the apoptotic peptidase activating factor 1; this step is thought to be one of the earliest in the caspase activation cascade. This protein is thought to play a central role in apoptosis and to be a tumor suppressor. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2013]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the CASP9 mRNA level increased 1.9-fold on day 3 and 2.5-fold on day 5 post-wounding, with corresponding protein positivity in 10-30% and 30-50% of cells on those days, respectively, supporting its use for wound age estimation [Akar et al. DOI:10.1515/tjb-2017-0131]. A review of post-mortem interval (PMI) estimation notes that in human tissues, the CASP9 immunoreactivity increases from 4-8 hours post-mortem, remains stable until 24 hours, and then declines [Lopez et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2025.112412].