Basic Information

Symbol
CCNL2
RNA class
mRNA
Alias
Cyclin L2 Ania-6b HLA-ISO SB138 PCEE CCNS Paneth Cell-Enhanced Expression Protein Cyclin-L2 Cyclin S Cyclin M CCNM HCLA-ISO
Location (GRCh38)
1:1385711-1399339
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_030937.6
Sequence length
3112.0 nt
GC content
0.5533

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1204.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1257.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 788.45
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001039577.5 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 1199 nt 0.5204
NM_001320153.3 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 3836 nt 0.5409
NM_001320155.3 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 3126 nt 0.5537
NM_001350497.2 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 3260 nt 0.5546
NM_001350498.2 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 3237 nt 0.5542
NM_001350499.2 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 3516 nt 0.5583
NM_001350500.2 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 3405 nt 0.5580
NM_030937.6 NCBI
AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGC… 3112 nt 0.5533
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the cyclin family. Through its interaction with several proteins, such as RNA polymerase II, splicing factors, and cyclin-dependent kinases, this protein functions as a regulator of the pre-mRNA splicing process, as well as in inducing apoptosis by modulating the expression of apoptotic and antiapoptotic proteins. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the mRNA of the CCNL2 was down-regulated (0.22-fold) in bone marrow cells 6 hours after a whole-body dose of 6.5 Gy ionizing radiation [Dai et al. DOI:10.1080/09553000600857389].