Basic Information

Symbol
CDH12
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 12 Br-Cadherin CDHB Neural Type Cadherin 2 N-Cadherin 2 Cadherin-12 Cadherin 12, Type 2 (N-Cadherin 2) Cadherin, Neural Type, 2 Neuronal Cadherin 2 Brain-Cadherin Brain Cadherin BR-Cadherin
Location (GRCh38)
5:21750673-22853344
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004061.5
Sequence length
4258.0 nt
GC content
0.4223

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1159.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1241.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1074.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317227.2 NCBI
AAGAGUGUUAGGGAGCCUCCAAACGGAGCACGCUCACGGAGAAUCUCCC… 3907 nt 0.4175
NM_001317228.1 NCBI
AAUGAGAAUUUUCUCACCCUCAAGACAUGCAAAUUACUUUUUUCAUCUG… 3709 nt 0.4174
NM_001364104.2 NCBI
AUUAUUGAUCUGAAGGGUAAAUGUGGAGGGAGCCACAGAGAGGGGUCCA… 4163 nt 0.4237
NM_001364105.2 NCBI
AUUAUUGAUCUGAAGGGUAAAUGUGGAGGGAGCCACAGAGAGGGGUCCA… 4351 nt 0.4229
NM_001364106.2 NCBI
AUUAUUGAUCUGAAGGGUAAAUGUGGAGGGAGCCACAGAGAGGGGUCCA… 4256 nt 0.4243
NM_001364107.2 NCBI
AUAUCACUCAGGAUCAUUGUGAGAGGACAGUCGUCAGCUUUCUCUCUGG… 4076 nt 0.4154
NM_001364108.2 NCBI
AUAUCACUCAGGAUCAUUGUGAGAGGACAGUCGUCAGCUUUCUCUCUGG… 4072 nt 0.4153
NM_001364109.2 NCBI
AAAGAGGGUUUUAGGCAAAGGCAGCUGUUCUUCAUCAUCUAUAUUGAGA… 3186 nt 0.4030
NM_004061.5 NCBI
AUUAUUGAUCUGAAGGGUAAAUGUGGAGGGAGCCACAGAGAGGGGUCCA… 4258 nt 0.4223
Summary

This gene encodes a type II classical cadherin of the cadherin superfamily. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. At least one of these variants encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature cadherin protein. These integral membrane proteins mediate calcium-dependent cell-cell adhesion and are composed of a large N-terminal extracellular domain, a single membrane-spanning domain, and a small, highly conserved C-terminal cytoplasmic domain. Type II (atypical) cadherins are defined based on their lack of a histidine-alanine-valine (HAV) cell adhesion recognition sequence specific to type I cadherins. This particular cadherin appears to be expressed specifically in the brain and its temporal pattern of expression would be consistent with a role during a critical period of neuronal development, perhaps specifically during synaptogenesis. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selective breeding for ethanol preference significantly altered gene expression networks in the nucleus accumbens shell, with selection markedly affecting a large number of cell adhesion molecules, including cadherins such as the CDH12 [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367].