Forensic RNA Knowledge Base

MANE select

Transcript ID

NM_005602.6

Sequence length

2758.0 nt

GC content

0.4645

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.

Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.

Minimum free energy

-894.10 kcal/mol

Thermodynamic ensemble

Free energy: -941.30 kcal/mol

Frequency: 0.0000

Diversity: 477.20

MFE Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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ID	Sequence	Length	GC content
NM_001185056.2 NCBI	AGUCCUCUGUCCCUAUCUUUUGGUGUCCGGACAUGGCCUUGGCACUGUA…	2445 nt	0.4262
NM_005602.6 NCBI	AGCGCUGCUGUCCCCGCCGUGCGCCCUUCGCCGCUGAGCUCGCAGCCUC…	2758 nt	0.4645

Summary

This gene encodes a member of the claudin family. Claudins are integral membrane proteins and components of tight junction strands. Tight junction strands serve as a physical barrier to prevent solutes and water from passing freely through the paracellular space between epithelial or endothelial cell sheets, and also play critical roles in maintaining cell polarity and signal transductions. The protein encoded by this gene is a major component of central nervous system (CNS) myelin and plays an important role in regulating proliferation and migration of oligodendrocytes. Mouse studies showed that the gene deficiency results in deafness and loss of the Sertoli cell epithelial phenotype in the testis. This protein is a tight junction protein at the human blood-testis barrier (BTB), and the BTB disruption is related to a dysfunction of this gene. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified.[provided by RefSeq, Aug 2010]

Forensic Context

A study in newborn rats demonstrated that the CLDN11 was upregulated in astrocytes during the subacute phase of hypoxic-ischemic encephalopathy [Chen et al. DOI:10.1096/fj.202402891RR]. In a separate study in mice, the CLDN11 was identified as a top marker gene for oligodendrocytes in the hippocampus of adult animals perinatally exposed to lead [Bakulski et al. DOI:10.1093/toxsci/kfaa069].

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