Basic Information

Symbol
CPT1C
RNA class
mRNA
Alias
Carnitine Palmitoyltransferase 1C CATL1 CPTIC CPT1P Palmitoyl Thioesterase CPT1C FLJ23809 CPT I-C CPTI-B Carnitine O-Palmitoyltransferase 1, Brain Isoform Carnitine Palmitoyltransferase I Related C Carnitine Palmitoyltransferase I EC 3.1.2.22 EC 2.3.1.21 CPT1-B SPG73
Location (GRCh38)
19:49690898-49713731
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001199753.2
Sequence length
2846.0 nt
GC content
0.5998

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1133.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1184.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 694.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((.(((((((((((.((.(.((.((((......(((((((((.(.(((.(((((.......)))))..))))))))).))))((((((.((((((((((.((((..(((..(((.(((..((((((....((((((.((((((......(((((((.(((.((((((..((((((.((....(((((.((((..(.((((((.((......)).).))))))..))))..)))))....)).))))))..((((((........))))))...((.(((....)))))(((((((((..((((.((((((((((.(((..((((.(((((..((((((((....))).)))))......)))))))))..)))...((((.((.(((((......))))).))..))))(((.(((((.(..........).))))))))..............))))))))))..)))).....(((..(((((((((((...(((((.((((((((((.....((.....)))))))))).........))))))).))))))).)))).)))..((((((((..((((((((((((((..((((((((((((((.((..((.(((((.(((((..(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).)))....((((.......).)))...)))))))))).)).)).)))).))))))).))).....(((((((.(((.(((((((..((((.(.(((((.....(((...)))...))))).).))))...)))))((.....))..(((((....((((....((((((.(....).)))))).))))..(((.((((((((((...(((((......)))))....).)))))))).).))))))))((((....)))).(((((((((..((((((...))))))..))))))))))).))).))))))).(((((.(((((((((((.....((((((.................)))))).....)))))(((((........))))).)))))))))))....))).)))).))))).))......))))))))))))))))).......)))))).))).))))))).....(((((((((......(((((............((((((((...(((((..(((((.....((((((...))).))).................((((((....(.((((......)))).))))))).........((((((((.....)))))))).......)))))..)))))(((((((.(((.(((((.(((..........((((((...)))))).((((.(.(((((((((((((....(((((((.(((.((...((......))...))))).)))))))...)))))).)))))))))))))))...))))))))..)))))))....((((......))))))))))))..))))))))))))))...((((((((((((((((....(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.((((...(((((((.(((((((..(((.((((.......((((((..(((........))).((((...(.((((((....)))))))))))..)))))).(((....))).((((((..((((((....(((....((..(((((((....((((....))))..)))))))..))((((..((....)).)))).)))...))))))..))).))).......)))).))))))))))..)).)))))......(((((.(((((.....((((.((((.........))))))))....))))).)))))..((((.((((......))))...))))...((.....))..)).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))....((((.((..((((((.(((((((((.((((((((.....(((.((((....)))))))..)))))).))...)))))))))....(((((((....(((((((((.(....).)))))).))).))))))).)))))))))))))))))))).)).))).)))..))))))..))))))))))))...))))))..)))...))))((((.((((....))))...))))..)))))))))).)))))).)))).)).).)).).).))))))))).......(((....((((.((((((((((.....(.(((....))).).(((((....).))))(((((((....((((...((((...(((((.......((((..........)))).........(((((((((((((((((((((((((..((...((((((((.((((((((((......)))))))))).)))))))).........))..))))....................(((..(((.(((.(((((((..((((((.((.(.....).)).)))))))))((((((..((.((((...............))))))..))).)))...((((..(((((.((((.((....)).)))).))))))))).)))).))))))..))).))))))....)).))))))))...))))).(((((..((.((((.....))))))..)))))....)))))...)))).)))))))))))...)))))..))))).))))...)))......((((((............))))))..)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((.((({..,{((((,((((((((((((...,..((((((((((....,{((((.(((.((.((,...,)})),))).))))((((((,((((((((((.((((,.(((..(((.{((..((((((,,,.,(((((.(((({{,....,(((((((.(((.((((((..(((((({((,...(((((.((((..(.((((({,{{......,,.).))))))..))))..))))}....}}.,,}}}}..((((((........))))))...,{.{{{....}||||(((((((((..((((.((((((((((.(((..((((.(((({,,((((((((....))).}||}|,.,..|}}}})))))..)))...((((.((.(((((......))))).))..)))),{{,(((({,(,,,,.,,...,.,}}}}))},||,,.,,.}},..))))))))))..)))),....(((..(((((((((((...(((((.{{(((((((,....,((.....)))))))))),,,.....,))))))).))))))).)))).)))..((((((((..,(((((((((((({..{{{(((((((((((.((..((.(((((.(((((..(((.(((((.((((((((.......))))))))..))))).)))...,((({.,,....)}))}...)))))))))),)}.)).)))).))))))).})}.....(((((((.(((.(((((((,.{{((.,.(({{{.....(((...))}...}}})).}.})))...}))))|{..,..))..{(((({.{{(({{,,,.((((((.(....).)))))).}.,,..||,,,(((((((({...(((((......)))))....).))))))))})},,))))))|{||....))}}.(((((((((.,((((((...)))))),.))))))))))).))).))))))).((((,,(((((((((((.....((((((......,,......,,,)))))).....)))))(((((........))))).)))))))))))....})).)))).))))).}}.,...,)))))))))))))))))}...}},)))))).))).))})))}..,}}||,,{,((({......}})),|....,||||,,||||,,|.,|||..,|.|||||,.,|,,|||||,.,||..{{(,...}})),....{{{{(((((...{{({((((......)))..,.((((((.(((({..((((((((.....)))))))).......{(((((,,,...(((((((.(((.(((((.{({..........((((((...))))))(((((((((((.{,.((((((...,({(((((.(,((((...((......))...))))}.)))))))...)))))),.))))))))})))))...))))))))..)))))))..||((((......)))).,,.,,,))))))))))).)))))).|((((((((((((((((,,..(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....((((((((((.((((.(({,...(((((((.(((((((..(((.((((..,,,..,{{{((..{({........}}},{{,...,{.((((((....))))))||}||..,})))},(({....}}},((((((..((((((.,..{{(....{{.,(((((((....((((....))))..))))))),,))((({..{{....)}.)))).)})...))))))..))).))),......)))).))))))))))..))},))))......(((((.(((((.....((((.{(((.........))))))))....))))).)))))..{(((.((((......))))...)))}...{{.....))..}).))))))..)))))))))).)))))))...........)))))))...,((((.({..((((((.(((((((((.((((((((....,({(,((((....))))))},})))))).))...))))))))),,,.{{(({{(..,,(((((((((.(....).)))))).))}.))))))).))))))}},)))))))))))))).))).)))..,}}},,..}))))),)))))}}})}})))..))).,.))))((((,((((....)))).,.))))..)))))))))).}))))),,,,,....)))))).))))..}))))))))))))..{||{.,||{.|||((((((((((((((((((((..{((((((,,.((((.((.((((((.({,,,.,{,,..((,...}}...||{{{|{.{,,,.......(({((({{{(({{,....}))},}))).))))))..((((({,({...((({{({(,(((((({{{(,.....}))))))))).}}}))}))....,..,,))..)))}}.....,},,}},......,})}},.,,...))))))))))))..........,,)))))))))))).)))))..(((..((.((((...............))))))..))).)))))))))).||,|||,|{||}|(,{..}}}))},,))))))}}}(((((((((((((((...))))))),..,...,,....},,,||((.{(((({((.{(((.((((((,({(,,,,.,,}.....,||{}.....))).}))))).))).,...))).)))))),...))))))))....,((((((............)))))).})))))))

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001136052.3 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2813 nt 0.6001
NM_001199752.3 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2910 nt 0.5979
NM_001199753.2 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2846 nt 0.5998
NM_001378482.1 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2912 nt 0.6016
NM_001378483.1 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2887 nt 0.6020
NM_001378484.1 NCBI
CUUCCCCAUUCCCUCCAGCACGGGCGGGGGGAGGGGACGCUGAGCGGAU… 2675 nt 0.5989
NM_001378485.1 NCBI
ACCUGGGGUGGGCUGCGACCUCCCAGCUGAGCCUUGUUCCUCGAAGAGA… 2669 nt 0.5995
NM_001378486.1 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2775 nt 0.5989
NM_001378487.1 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2678 nt 0.6012
NM_001378488.1 NCBI
GAAUACCCGGCUAGGGACACGAGAGAGAGGAAUCGGGGUUUCUGGGUGA… 2711 nt 0.6009
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene encodes a member of the carnitine/choline acetyltransferase family. The encoded protein regulates the beta-oxidation and transport of long-chain fatty acids into mitochondria, and may play a role in the regulation of feeding behavior and whole-body energy homeostasis. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple protein isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CPT1C mRNA was significantly upregulated with increasing radiation dose in lung tissue 48 hours after whole-body irradiation, identifying it as an indicator of high-dose exposure and a marker of senescence and fibrosis [Aryankalayil et al. DOI:10.1080/09553002.2023.2214205].