Basic Information

Symbol
DDB2
RNA class
mRNA
Alias
Damage Specific DNA Binding Protein 2 UV-Damaged DNA-Binding Protein 2 DDB P48 Subunit UV-DDB2 DDBB XPE Xeroderma Pigmentosum Group E Protein DNA Damage-Binding Protein 2 FLJ34321 Damage-Specific DNA Binding Protein 2 (48kD) Damage-Specific DNA Binding Protein 2, 48kDa Damage-Specific DNA-Binding Protein 2 UV-DDB 2 DDBb
Location (GRCh38)
11:47214457-47239240
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000107.3
Sequence length
1815.0 nt
GC content
0.5399

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-657.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -689.77 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 352.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((....((((((((.......((((((.(((((...))))).(((((((((((....)))))....)))))))))))).........))))).)))...)))).)).....................((((((((....(((((....)))))..((....))..((((((...(((((..(((..(((((...(((.((.((.(((...((((((((...(((((((((.((((.(((((...((((((....(((((((.((((((((((((..(((((....))))).)).((.(((((.(((((((.....)))))))(.((((((.((((...........))))))).))).).))))).)).(((...))).(((((....))))))))))))))).))))).))..))))))))))))))).))..)))))))(((.((((((((.......)))))........((((..(((((((.....))).)))).....))))...))))))..........(((((((((.(.((((((((((((((((..((((........))))....))))))...........)))))))(((((((...(((((((((((((((((((((.......((((.........((((((.....((((....((((((.(((((.....)))))..(((.((((((((((((((......(((((.((((...))))..)))))....((((...........)))))))))))))))))).)))((((((.....((((..(.(((.((((((((....((((.....))))..))))).))).))).).)))).....(((((((....)))))..))...........(.((.((.(((((((..(((((.((......)).)))))..))))))))).)))))))))......))))))..))))((((((...))))))))))))..)))).))))))))))...(((((...(((((...)))))....)))))..)))))))))))))))))).(((((.(((((((..(((((.....(((.(((((...(((..((((((((....((((((((((((...)))).((((((((....(((....((((((((....(((...........)))...((((((.(((((.........((((((..((((((.(((.((....((((...((((.(((........))).))))...))))(.(((((.....))))).)........(((((((..((.((((......)))).))..))))))))).))).)))))).))))))......((((....))))....(((((.((((..(((((..........))))).)))))))))))))).))))))....)))))))))))............((((((((....(((....)))..)))))))).))))))))))))))))))))))))..)))))))))))....)).........)))..))))))))))))))).).))))))))).))))))))...))).)))).)))..)))))..)))..))(((((((......))))))).....(((((.(((((..(((.((..((((...))))..)).)))..)))))))))).....)))..))))))...((((((((((((.(((.(((.((........)).))))))..))).)))))))))..))))))))....(((.(((((.........))))).)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((((....((((((((.......((((((.{{{{{,,.,}))).(((((((((((....)))))....)))))))))))).........))))).)))...)))).))........,,...........((((((({...{((((,...((((((.{....(((.{,....,.....,,..}....}}}...}.))))))....{((.,,,({{(({,.,....(((((((.(((((((..(((({((((((((((..(((((.((((((((((((..{((((....))))).)},{{.({(((.{((((((.....))))))){,((({{{.{||{.,.....,,,,|}}}}}|,||}.}.))))},)),|||...}}}.(((((....))))))))))))))).)))))..((((...))))))))))))|(((.((((((((.....(((((.......))))).....))))))))))|((((((((..,{|.({(((((.{(...}|.))))}.})|.....((((((((......)))).))))..))))))))|,....}}..))))}))..(((((((.{{...((((((((((((({((((...(((((((((((((((((((((.....,.((((.........((((((.....,,,,,,{,((((((.{{{{{,,.,,|||||..(((.((((((((((((((......(((((.((((...))))..)))))....((((...........)))))))))))))))))).))){{|,(((....((((..{.(((.{(((((((....((((.....))))..))))).))}.))).}.))))....}}}(((({....}))))..,|,{.........}}},,||.(((((((..(((((.((......)).)))))..)))))))}),))})),)).......))))))..))))((((((...))))))))))))..)))),))))))))))...(((((.,.(((((...)))))....)))))..)))))))))))))))|||,..,|||||,{....,|||,},}..|||}..}.,,}}.},,..(((((((({{{{(,(((,,,,{||,}})))}{((,,(((({{{{,((....((((((((....,,,.....{......))..,((((((.(((((.{{(((((......))))}||{,.,...,,,.,|,,......||...,{,{({.{((({{(((..{((((..(.(((((.....))))).)...)))),(((((((..((.((((......)))).))..)))))))((....{(((({.....}))))}....}})))))))))}},.(((({{((({..(((((..........))))).}))))))))))))).)))))).,..)))))))),,)........,,.)|||||||,}}}.,.{{{.{|||{.,||||,,,.}))),)))))})))},)))))))))))).).))))))...}})))))))...((({,(((((((..((.((.((((((.(((((((((((((((..{{{.......,,||,.....,,,,...,(((((((......)))))))..))))))))(((((......)))))))))),,).)))))))).)}))))))))))).(((((,...,)))))........)))))))))))))),..})))}),}}))})))))((((({......})))))}))))))).,..{{(.(((((.........))))).))}..,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000107.3 NCBI
GGUUUGAACAAGCCCUGGGCAUGUUUGGCGGGAAGUUGGCUUAGCUCGG… 1815 nt 0.5399
NM_001300734.2 NCBI
GGUUUGAACAAGCCCUGGGCAUGUUUGGCGGGAAGUUGGCUUAGCUCGG… 1248 nt 0.5417
NM_001399874.1 NCBI
CUCCUCCCCGGACCCGCAGAGGCCUGGCAGCGCCGCGUUUGAGGAGGGU… 1939 nt 0.5410
NM_001399875.1 NCBI
CUCCUCCCCGGACCCGCAGAGGCCUGGCAGCGCCGCGUUUGAGGAGGGU… 1937 nt 0.5410
NM_001399876.1 NCBI
CUCCUCCCCGGACCCGCAGAGGCCUGGCAGCGCCGCGUUUGAGGAGGGU… 1372 nt 0.5430
NM_001399878.1 NCBI
GGUUUGAACAAGCCCUGGGCAUGUUUGGCGGGAAGUUGGCUUAGCUCGG… 1623 nt 0.5404
Summary

This gene encodes a protein that is necessary for the repair of ultraviolet light-damaged DNA. This protein is the smaller subunit of a heterodimeric protein complex that participates in nucleotide excision repair, and this complex mediates the ubiquitylation of histones H3 and H4, which facilitates the cellular response to DNA damage. This subunit appears to be required for DNA binding. Mutations in this gene cause xeroderma pigmentosum complementation group E, a recessive disease that is characterized by an increased sensitivity to UV light and a high predisposition for skin cancer development, in some cases accompanied by neurological abnormalities. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A study in humans identified the DDB2 as a radiation-inducible mRNA biomarker found increased in whole blood extract after total body radiation of cancer patients [Chen et al. DOI:10.1016/j.ijrobp.2005.10.014].