Basic Information

Symbol
ELOC
RNA class
mRNA
Alias
Elongin C TCEB1 SIII Transcription Elongation Factor B (SIII), Polypeptide 1 (15kDa, Elongin C) RNA Polymerase II Transcription Factor SIII Subunit C Transcription Elongation Factor B Polypeptide 1 Transcription Elongation Factor B Subunit 1 Elongin 15 KDa Subunit Elongin-C SIII P15 Transcription Elongation Factor B (SIII), Polypeptide 1 (15kD, Elongin C) EloC
Location (GRCh38)
8:73939169-73972307
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005648.4
Sequence length
2015.0 nt
GC content
0.3821

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-525.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -567.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 536.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001204857.2 NCBI
CAGACGGAAGUGAGCGACACACUCUGCGUCCUCGCCUCACCAGGAAACU… 1943 nt 0.3664
NM_001204858.2 NCBI
CUUUCGACUGCCCCGGAACCCACCGGAGCAGGCAGCUGGGGGUGGGGGG… 2158 nt 0.3939
NM_001204859.2 NCBI
CUUUCGACUGCCCCGGAACCCACCGGAGCAGGCAGCUGGGGGUGGGGGG… 2154 nt 0.3937
NM_001204860.2 NCBI
CAGACGGAAGUGAGCGACACACUCUGCGUCCUCGCCUCACCAGAGUCUU… 2082 nt 0.3794
NM_001204861.2 NCBI
GGGAGAAGAGGGCGGCGGGACCUUUCCUGGCGCCGCUCGCAGUUUACAU… 2134 nt 0.3814
NM_001204862.2 NCBI
GGGAGAAGAGGGCGGCGGGACCUUUCCUGGCGCCGCUCGCAGUUUACAU… 1995 nt 0.3689
NM_001204863.2 NCBI
CUUUCGACUGCCCCGGAACCCACCGGAGCAGGCAGCUGGGGGUGGGGGG… 1961 nt 0.3830
NM_001204864.2 NCBI
CAGACGGAAGUGAGCGACACACUCUGCGUCCUCGCCUCACCAGAUGGAG… 1889 nt 0.3669
NM_005648.4 NCBI
CUUUCGACUGCCCCGGAACCCACCGGAGCAGGCAGCUGGGGGUGGGGGG… 2015 nt 0.3821
Summary

This gene encodes the protein elongin C, which is a subunit of the transcription factor B (SIII) complex. The SIII complex is composed of elongins A/A2, B and C. It activates elongation by RNA polymerase II by suppressing transient pausing of the polymerase at many sites within transcription units. Elongin A functions as the transcriptionally active component of the SIII complex, whereas elongins B and C are regulatory subunits. Elongin A2 is specifically expressed in the testis, and capable of forming a stable complex with elongins B and C. The von Hippel-Lindau tumor suppressor protein binds to elongins B and C, and thereby inhibits transcription elongation. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding two distinct isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Mar 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.