Basic Information

Symbol
BIN1
RNA class
mRNA
Alias
Bridging Integrator 1 Myc Box-Dependent-Interacting Protein 1 Amphiphysin II SH3P9 AMPH2 AMPHL Box-Dependent Myc-Interacting Protein 1 Amphiphysin-Like Protein Amphiphysin 2 Box Dependant MYC Interacting Protein 1 CNM2
Location (GRCh38)
2:127048017-127107556
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_139343.3
Sequence length
2487.0 nt
GC content
0.6180

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1037.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1076.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 663.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((((((((.(((.(((.(((((.(((.((((.(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).).)).)).))))))))(((.((((((((...((((((.(.(......).).)))))).....)))))))))))..(((((...))))).(((.....))).))).))).))))....))))))).))))).....((.(((((..(((((.(..((...))..).)))))..(((((....)))))....))))).)).))))))(((((....(((((.((.((....)).)).)))))..........(((((((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).))))))))).......(((((.((((((...))))))....((.(((((((.((.(((((....(((((..((((.((((.((((...(((.........(((((((.........)).))))).........(((((((...))))))).(((((.((((((......)).)).)).))))))))...)))).(((.....))).(((........)))(((((((((((((((((.((.((.((((.((((((..............(((((..((..........))..))))).........((((((((((((((((..........(((((((.(((.((((((((..(((...((((((((((((((....(((((((..(((((((((....((.....))...)))))...............)))))))))))))))))).((((..(((.((((..((((((((((((((((((((...((((((((....))))))........(((((.((.......))))))))).....)))))).))).)))).)).))))).(((((.((.((...)).)).)))))...)))).)))..).)))((((((......)))).))((((.(((...)))...)))).....))))))).(((((........)))))...((((...(((((((....((((((((.(((((..............((.(((......)))))...((((...))))((((.......))))...(((((......(((((((((((((((............(((((..((((.....((......))...(((((((((...((...))...)))))))))((.((((((.(((.....))).)))))).))...........)))))))))....))))))))).))))))((((.((.(((((((..(((((((((......((((((((((((((..(((....((.(((......))).)).)))..))))......)))).....)))))).......)))))))))))))))).))))))...)))))((((.((...))...)))).(((((((((.((((((((.(.(((....))).).)))))))).........))))))))).))))).)))))))).((((..(((.((...)).)))..)))))))))))..))))(((((((((.(.((((.(((.....)))..))))))))))))))(.(((........))).)...)))...))))))))))).)))))))))))))))..)).)))))).(((((((((((((..(((((....((((((((((((((((.(((((.(((((.(((...)))..((((....))))..))))))))..)).)))))))(((.(((((((......((((.....))))..)))))..)).))).((((((..(((((..(((((((((((((((......((((((....(((((.((((((((....((((((..(.((((..(((((((........)))))))..((((((....))).)))..(((((.((.((((........(((.(((.(((((((((.(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))).)))))))))...))).))))))))).)))))........)))))..))))))....)))..))))).)))))..))))))(((((........)))))......))))).))..))))))))..))))).))))))..))))))))).)))))...)))))).....))))))))))))).)))).)))))))))).)))))).....))))).)))).))))..)))))..(((((((....(((((((....)))).))).)))))))..)))))((((......))))....)).))))))).))))))))))))))).............((.((((........))))))....................)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((((((((((,(({,((({({({(,(((.((((,(.(((((((.((((((((..((((((.(((((......))))).)).)))).)))))))))).))))).}.)).)),}|||||||(((,{(((((((...((((((.(.(......,.}.)))))).....)))))))}))).}}|)|),.}})}.)})}}})).,)))}))).})),))))....)))))))||)))).....{(.(((((..(((((.{..,....})..}.)))))..(((((....)))))....))))).)).)))))){((((....(((((.((.((....}}.}).))))),,,.,{{,..(((((((((((((((((.((...(((((.(((....))).))).))....)).))))))))).,{{(,,{{{,..||{({{..,||,|||.....})),})),{{|||{|||,,,|.(((((..({((,((({.(({{,,,(((........{{((((,{........,)),)}}|||.|{,....(((((((...))))))).(((((,((((((,.....|}.}}.)}.)))))}}},|,||||,(((.....))).(((...|,,,,||}||||.((((((((((((.((.((.((((,((((((.((,{,.......,(((({..{{........},)),.)}}}}.......,,{((((({{(({{{||{||}},.....(((((((.(((.((((((((..(({...((((((((((((((....(((((((..{((((((((....{(.....))...)))))...,,........,.)))))))))))))))))).{(,(,.(((.{,((..((((((((((((((((((((...{{((((((....)))))).......,(((((.((.......))))))))}.....)))))),,)).)))).)),,)))).,||||,,|},|,..},,||,||||},,,|||},}}}..}..|.{(((((......)))).})|||{.|||,..))),,,)}))..,..))))))).(((((........)))))...((((...(((((((,,..((((((((.(((((.,{,{,{{{.....{{,(((,,..,.|||||{{{(({{..,)))}((((.......}}}}..,|||||......(((((((((((((((............(((({..((((.....((......))...(((((((((...,{...}}...)))))))))((.((((((.(((.....))).)))))).))...........)))))))))...,))))))))).)))))){||||{|,|||||{|..{{{||||||},....{{{,,(((({(({{..{((,,,.((.(((......))).}).))}..)}},....,,,}||,{{,{||||,,.,,.}}})),))))}}}||||||,|||}||,,.})))}||,|,}|}}}))}).)))).(((((((((.((((((((.(.(((....))).).)))))))).........))))))))).))))).)))))))).((((..(((.((...)).))).,)))))))))))..))))(((((((({,(.((((.(((.....)))..))))))))))))))(.(((.,|...|}))).)...))}...))))))))))).))))))))))))}))}}))}}})})}.(((((,,(((({{..(((((....((((((((((((((((.((,,(,(((((.(((...)))..((((....))))..))))))))..)).))))))){((.(((((((......((((.....)))).,)))))..)).))}.((((((..{((((..(((((((((((((((,.,,,,((((({,...(((((.((((((((....((((((..{.((({..(((((((........)))))))..(({(((....))).)}){.(((((.((.((((........(((.(((.(((((((((.(((((.((((.((((((((.....)))))))))))).))))).)))))))))...))).))))))))).))))),,......}})))..))))))....))),,)))}),))))}..)))))){{{{|.|.,,.,.}}))),...,.))))).))..))))))))..))))).))))))..))))))))).))))).,.)))))),,}}}))}}})})))))),))}).)))))))))).))))))}}...))))}})))),)))}.,))))).,|||,,,,,.,,))))}(({(((((((((((((((({{{((.,.........,.))))))))))))))))).))),)))),,)))))))),,......,,,...{{((((........))}},},...................))))}

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001320632.2 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 1980 nt 0.6030
NM_001320633.2 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 2118 nt 0.6105
NM_001320634.1 NCBI
AGAGAAAGCCUGGCCGGGUGUCUGACAGUGGCCUUCCCCCUGCCCGCCU… 1900 nt 0.5895
NM_001320640.2 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 2247 nt 0.6106
NM_001320641.2 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 2394 nt 0.6199
NM_001320642.1 NCBI
GAAGGAAAUCAGGGUUCCUUGGAGAAAUGGCUGAUGCCAGGGCUGGGGC… 3180 nt 0.5670
NM_004305.4 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 2070 nt 0.6082
NM_139343.3 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 2487 nt 0.6180
NM_139344.3 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 2358 nt 0.6183
NM_139345.3 NCBI
CUCUGUCCCCGCGUCGCUCGCUGGCUAGCUCGCUGGCUCGCUCGCCCGU… 2226 nt 0.6164
Showing 1 to 10 of 16 entries
Summary

This gene encodes several isoforms of a nucleocytoplasmic adaptor protein, one of which was initially identified as a MYC-interacting protein with features of a tumor suppressor. Isoforms that are expressed in the central nervous system may be involved in synaptic vesicle endocytosis and may interact with dynamin, synaptojanin, endophilin, and clathrin. Isoforms that are expressed in muscle and ubiquitously expressed isoforms localize to the cytoplasm and nucleus and activate a caspase-independent apoptotic process. Studies in mouse suggest that this gene plays an important role in cardiac muscle development. Alternate splicing of the gene results in several transcript variants encoding different isoforms. Aberrant splice variants expressed in tumor cell lines have also been described. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

A study in human pediatric sepsis patients identified the BIN1 as exhibiting increased polyadenylation in viral compared to bacterial infection samples through Nanopore direct RNA sequencing [He et al. DOI:10.1186/s12879-025-11078-z].