Basic Information

Symbol
CASP8
RNA class
mRNA
Alias
Caspase 8 FLICE MCH5 MACH Casp-8 Caspase 8, Apoptosis-Related Cysteine Peptidase Caspase 8, Apoptosis-Related Cysteine Protease MORT1-Associated Ced-3 Homolog ICE-Like Apoptotic Protease 5 Apoptotic Cysteine Protease Apoptotic Protease Mch-5 FADD-Like ICE Caspase-8 CAP4 FADD-Homologous ICE/CED-3-Like Protease FADD-Homologous ICE/Ced-3-Like Protease MACH-Beta-1/2/3/4 Protein MACH-Alpha-1/2/3 Protein EC 3.4.22.61 ALPS2B CASP-8
Location (GRCh38)
2:201233443-201361836
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Cause of death analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001372051.1
Sequence length
2659.0 nt
GC content
0.4190

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-836.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -887.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 554.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((....((((((....(((((((((((((......((((.......))))))))))))).))))..)))))).....((((((.((((((........((...((((((((.(((.....))).((.(((((.....((((((.......((..((((((((...((((((((((((((((...((((.....))))...))....((((((((...))))))))....))))).).)).))))))..)))......)))))..))....))))))))))).))((((...))))((((...........))))))))))))...)).............))))))))))))((.(((((((((((.((((..(((((((((.......))))))))....((((.(((((......(((((....))))))))))))))......)..))))...))))))))))).))...(((....)))....))))))((((.((((((.(((.((((.((((((..((((((((((((((..(((((((((((((.((((((((......((((.((((...(((.(.((((((.....((..........(((((((.....(((.......)))....)))))))..)).....))).)))))))..)))).))))((((((((((((((((((((.((((..((.((((((.......)))))).)).)))).......((((((.((((..........(((((((..((((.((..................))))))..)))))))..........)))).)))))).....((((........))))......(((.(((((..(((((((((..((.....))))))......(((((((.((.(.(((....((((....))))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((((((..((((((((((((...)))))).(((.....)))..........)))))).)))....))))))))..(((((((...)))))...))))))))))...(((((((((((...((....)))))))..((((((((....)))))))).........))))))..))))))))))))).........((((((((..((((.....((((.(((.((..((((.....))))))))).))))..))))....)))))))).)))))))).)))...)))))))))((((((((..((.((....)).))..))))).))))))))).)).)))))))))((.((.....)).))(((((.....)))))...((((((.((..((((.....)))))).)))))).(((.(((...(((((.(((((...((((((((((..((((...((((((...((..((..(((....)))..))..))))))))...)))).....(((((((((((((.....(((((((..(((....((((.((....)).))))......)))..).))).))).....)))))))..(((((((((((((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(((.(((..(((((..((((((((((...........((((((..(....)..))))))....((((((..((..(((((.((((((((((................((((.(((((...))))))))).)))))))))))))))..))..)))))).......(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...(((((.....((((((((....))))))))..)))))(((((((.((((((.............(((.........((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((..............((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((((((.........)))..............))))))).))))))...(((((((((.((.((((....))))...)).)))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........))).............))))))))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))).............)))))))))))))((((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))....)))))).....((.....))....))))))))))...))))).....((.(((((..................)))))))..)))))))).)))....((((....))))...))))))))))))))..)))).))))......)).))))..))).))))))))))..................(((((......(((((......))))).....))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((........))))}.,.,..(((((((((((((......((((.......))))))))))))).))))..|{((((((,{{{(((((.,((,,,....{{.,((...((((((({.{((({{{{,,,.(({((((,.....((((((.......((..((((((((...(((((((((((((({{...((((.....))))...,}....((((((((...))))))))....))))).).))}})))))..)))......)))))..))....))))))||||,.,,||||.,,,}})}))}},,..,}}}...}))))))))))...}),..}|.......}),,)))))||||(({((((((,{(((,((({.{(((((((((,......,}}})))).((((.(((((.((.{(((...(((((,{({{|{|{|.(((((........)))))}}}},,)))))}|((((...(((....)))...})))),))))}}))})}))))}.))))..,.((({..((((((((..{{{.(((((((,{{({{{,.,,,.}}||{{{{{((((.((((...(((.(.((((((.....((.....,,...(((((((.....(((.......)))....)))))))..,,.....))},)))})))..)))).)))),,,..,....))}..(((((((((({.((.((((((.......)))))).)).||||.,|||(((((((((((,.((((((((....(((({{{((((.......,.........(((((((((((,{{({(({{......,,|,,.......||.,{{((((((((.....,,.}}}....|{{.(((((..(((((,(((..{{.....||}}||,,,,,.((((((((((.{.(((....((((....})))..))).).)))))))))..(((((.((((((((((({{{..((((((((,,,,,{....,},..,|.}}}})))},,,......,,))),.))),...))))))))..{{(((((...)))))...}}))))))))...{{{{{{{{|||...{|..,})))))))..((((((((....))))))))..,,.....)))))),,))))))))))}}}..,,,...)))))))}..,((((((((.((((.(((.({..((((.....))))}}))).)))).}...(((((.((..((,.(((((..((((((.{,......,.((((((((..((.((....)).))..))))).))),)))))).))))).}.))..)).)))))....,.(((((.....))))).{{((((((.({..((((.....)))))).)))))},)))))))))})})}}).)))))))))))..,{{...{(((...((((((...((..((..(((....)))..))..)}))))))...)))}...},|((((.........))))}......{({{.......)}},.)))))))))).....))))..))))..})))))))))))}{{{{(((((((((,.,((((((((((((.(..(((.(.(((((((((((((((.(((((((((((.((((.(..(((((((.(({,(((..(((((..((((((((((....,,,,.{.((((((..(....)..))))))....((((((..{{..(((((.((((((((((.,.,{{{{{....,}}}||,,||{(({{.,,,,,,)))})))))))))))))))..}}..)))))).....,,(((((.(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((.((((...{((({..,..((((((((....))))))))..))))}{{{{{{{{{{((((,{,.,,,.,,,,.(((,,.{.....{{{{..(((((.((((((({{{(((((((((((((,,,.......,}}.((((...(((((....)))))....))))((((((.((((((({{{.........},,..............))))))).))))))...(((((((((,(,.((((....)))),,,},.}))))))))..))))))))))))))))))))))...)))))..)))).........,},.........,,,.)))}})))))))).)))).)).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))..)))))...)))))).)))))))..).)))).))))))))))).))))))))))))))).).)))..).)))))))))))}...........))))))))))))}{(((((((((.(((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))}}})))))))..}}}.},..,})))))))).}}.}}))))))).,,}},,.,|}{{(({...........|,.....)),},...,)},))))}))}}..,.{(((....)))).,,))))))))))))||{{{{(({{..,,,,||}}..,,|||,,,|{{,||.|||,,.,,,}}))))}.}}}..,|},,,....,,|||,,..,},,,,,}},}}}})})}}})},.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001400675.1 NCBI
AGACGUUUGCUCUUGUCUUAGAUGCUCAGAUGGUAGUGGAUAGGCCUGU… 2218 nt 0.4130
NM_001400676.1 NCBI
AGACGUUUGCUCUUGUCUUAGAUGCUCAGAUGGUAGUGGAUAGGCCUGU… 2549 nt 0.4170
NM_001400677.1 NCBI
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUG… 2702 nt 0.4297
NM_001400678.1 NCBI
GAGUCAUCUCUGUUCUGCUUUAGGAGUAAAGUUUACCCUGCAGUUCCUU… 2591 nt 0.4168
NM_001400679.1 NCBI
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUG… 1594 nt 0.3996
NM_001400680.1 NCBI
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUG… 2766 nt 0.4273
NM_001400750.1 NCBI
GAGUCAUCUCUGUUCUGCUUUAGGAGUAAAGUUUACCCUGCAGUUCCUU… 2838 nt 0.4264
NM_001400751.1 NCBI
GAGUCAUCUCUGUUCUGCUUUAGGAGUAAAGUUUACCCUGCAGUUCCUU… 2793 nt 0.4264
NM_033355.4 NCBI
CUGUUUCACCUUGUGUCUGAGCUGGUCUGAAGGCUGGUUGUUCAGACUG… 2744 nt 0.4289
NM_033356.4 NCBI
AGACGUUUGCUCUUGUCUUAGAUGCUCAGAUGGUAGUGGAUAGGCCUGU… 2614 nt 0.4189
Showing 31 to 40 of 40 entries
Summary

This gene encodes a member of the cysteine-aspartic acid protease (caspase) family. Sequential activation of caspases plays a central role in the execution-phase of cell apoptosis. Caspases exist as inactive proenzymes composed of a prodomain, a large protease subunit, and a small protease subunit. Activation of caspases requires proteolytic processing at conserved internal aspartic residues to generate a heterodimeric enzyme consisting of the large and small subunits. This protein is involved in the programmed cell death induced by Fas and various apoptotic stimuli. The N-terminal FADD-like death effector domain of this protein suggests that it may interact with Fas-interacting protein FADD. This protein was detected in the insoluble fraction of the affected brain region from Huntington disease patients but not in those from normal controls, which implicated the role in neurodegenerative diseases. Many alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described, although not all variants have had their full-length sequences determined. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for CASP8 Gene

Forensic Context

A study in human cadavers demonstrated that the CASP8 was downregulated (-371.5393 fold) in decaying liver tissues compared to a 6-hour control, as part of the apoptotic thanatotranscriptome where pro-apoptotic caspases were upregulated and anti-apoptotic genes were downregulated over postmortem intervals up to 48 hours [Javan et al. DOI:10.1007/S12024-015-9704-6]. In a separate investigation of sepsis in humans and mice, the CASP8 was identified as a diagnostic marker and was downregulated in sepsis in the GSE65682 dataset [Sun et al. DOI:10.3389/fgene.2024.1389630]. A study in rats demonstrated that the CASP8 mRNA level significantly increased 1.8-fold on day 5 post-wounding, with protein positivity by immunohistochemistry showing 10-30% positive cells on day 5, indicating its time-dependent expression is useful for wound age estimation [Akar et al. DOI:10.1515/tjb-2017-0131].