Basic Information

Symbol
CD40
RNA class
mRNA
Alias
CD40 Molecule Bp50 TNFRSF5 P50 Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 5 CD40 Molecule, TNF Receptor Superfamily Member 5 CD40L Receptor Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily, Member 5 B Cell Surface Antigen CD40 B-Cell Surface Antigen CD40 B Cell-Associated Molecule CD40 Antigen CDW40 CDw40
Location (GRCh38)
20:46118249-46129872
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001250.6
Sequence length
1682.0 nt
GC content
0.5071

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-583.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -615.51 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 421.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001250.6 NCBI
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGC… 1682 nt 0.5071
NM_001302753.2 NCBI
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGC… 1722 nt 0.5087
NM_001322421.2 NCBI
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGC… 1694 nt 0.5077
NM_001322422.2 NCBI
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGC… 1526 nt 0.5072
NM_001362758.2 NCBI
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGC… 1677 nt 0.5081
NM_001424339.1 NCBI
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGC… 1538 nt 0.5078
NM_152854.4 NCBI
AGUGGUCCUGCCGCCUGGUCUCACCUCGCUAUGGUUCGUCUGCCUCUGC… 1620 nt 0.5074
Summary

This gene is a member of the TNF-receptor superfamily. The encoded protein is a receptor on antigen-presenting cells of the immune system and is essential for mediating a broad variety of immune and inflammatory responses including T cell-dependent immunoglobulin class switching, memory B cell development, and germinal center formation. AT-hook transcription factor AKNA is reported to coordinately regulate the expression of this receptor and its ligand, which may be important for homotypic cell interactions. Adaptor protein TNFR2 interacts with this receptor and serves as a mediator of the signal transduction. The interaction of this receptor and its ligand is found to be necessary for amyloid-beta-induced microglial activation, and thus is thought to be an early event in Alzheimer disease pathogenesis. Mutations affecting this gene are the cause of autosomal recessive hyper-IgM immunodeficiency type 3 (HIGM3). Multiple alternatively spliced transcript variants of this gene encoding distinct isoforms have been reported. [provided by RefSeq, Nov 2014]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CD40 is a hub biomarker for septic cardiomyopathy, showing up-regulated expression validated by qPCR in an LPS-induced model [Zhao et al. DOI:10.2147/JIR.S486763].