Basic Information

Symbol
CDKN1A
RNA class
mRNA
Alias
Cyclin Dependent Kinase Inhibitor 1A CAP20 CIP1 WAF1 SDI1 P21 P21CIP1 CDKN1 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor 1A (P21, Cip1) Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor 1 Cdk-Interacting Protein 1 P21Cip1/Waf1 MDA-6 Melanoma Differentiation Associated Protein 6 Melanoma Differentiation-Associated Protein 6 Wild-Type P53-Activated Fragment 1 CDK-Interaction Protein 1 CDK-Interacting Protein 1 DNA Synthesis Inhibitor MDA6 PIC1
Location (GRCh38)
6:36676441-36687397
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000389.5
Sequence length
2117.0 nt
GC content
0.5730

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-851.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -884.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 398.90
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000389.5 NCBI
GAGGUGUGAGCAGCUGCCGAAGUCAGUUCCUUGUGGAGCCGGAGCUGGG… 2117 nt 0.5730
NM_001220777.2 NCBI
AUGUUGAGCUCUGGCAUAGAAGAGGCUGGUGGCUAUUUUGUCCUUGGGC… 2094 nt 0.5673
NM_001220778.2 NCBI
GAGGUGUGAGCAGCUGCCGAAGUCAGUUCCUUGUGGAGCCGGAGCUGGG… 2258 nt 0.5810
NM_001291549.3 NCBI
AUGUUGAGCUCUGGCAUAGAAGAGGCUGGUGGCUAUUUUGUCCUUGGGC… 2378 nt 0.5606
NM_001374509.1 NCBI
AUGUUGAGCUCUGGCAUAGAAGAGGCUGGUGGCUAUUUUGUCCUUGGGC… 2286 nt 0.5647
NM_001374510.1 NCBI
AUGUUGAGCUCUGGCAUAGAAGAGGCUGGUGGCUAUUUUGUCCUUGGGC… 2140 nt 0.5673
NM_001374511.1 NCBI
GAGGUGUGAGCAGCUGCCGAAGUCAGUUCCUUGUGGAGCCGGAGCUGGG… 2216 nt 0.5727
NM_001374512.1 NCBI
GAGGUGUGAGCAGCUGCCGAAGUCAGUUCCUUGUGGAGCCGGAGCUGGG… 2416 nt 0.5720
NM_001374513.1 NCBI
GAGGUGUGAGCAGCUGCCGAAGUCAGUUCCUUGUGGAGCCGGAGCUGGG… 2224 nt 0.5809
NM_078467.3 NCBI
AUGUUGAGCUCUGGCAUAGAAGAGGCUGGUGGCUAUUUUGUCCUUGGGC… 2126 nt 0.5663
Summary

This gene encodes a potent cyclin-dependent kinase inhibitor. The encoded protein binds to and inhibits the activity of cyclin-cyclin-dependent kinase2 or -cyclin-dependent kinase4 complexes, and thus functions as a regulator of cell cycle progression at G1. The expression of this gene is tightly controlled by the tumor suppressor protein p53, through which this protein mediates the p53-dependent cell cycle G1 phase arrest in response to a variety of stress stimuli. This protein can interact with proliferating cell nuclear antigen, a DNA polymerase accessory factor, and plays a regulatory role in S phase DNA replication and DNA damage repair. This protein was reported to be specifically cleaved by CASP3-like caspases, which thus leads to a dramatic activation of cyclin-dependent kinase2, and may be instrumental in the execution of apoptosis following caspase activation. Mice that lack this gene have the ability to regenerate damaged or missing tissue. Multiple alternatively spliced variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2015] CIViC Summary for CDKN1A Gene

Forensic Context

A study in humans identified the CDKN1A as a radiation-inducible mRNA biomarker found increased in whole blood extract after total body radiation of cancer patients [Chen et al. DOI:10.1016/j.ijrobp.2005.10.014]. A study in human cadavers demonstrated that low myocardial expression of the CDKN1A transcript variant alt-a, referenced to GAPDH, is a characteristic molecular marker for distinguishing hypothermia deaths from those due to chronic ischemic heart disease and other cardiac/respiratory diseases, with significantly lower expression in hypothermia groups regardless of concomitant chronic ischemic heart disease [Kaija et al. DOI: 10.1097/MD.0000000000019399].