Basic Information

Symbol
CLRN1
RNA class
mRNA
Alias
Clarin 1 USH3A Usher Syndrome Type-3 Protein Clarin-1 RP61 USH3 Usher Syndrome 3A
Location (GRCh38)
3:150926163-150972727
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_174878.3
Sequence length
2087.0 nt
GC content
0.4025

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-547.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -588.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 573.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001195794.1 NCBI
AGGAGAUACUUGAAGGCAGUUUGAAAGACUUGUUUUACAGAUUCUUAGU… 2398 nt 0.4112
NM_001256819.2 NCBI
ACAGAAGCCGUUUCUCAUCAUGCCAAGCCAACAGAAGAAAAUCAUUUUU… 2259 nt 0.4148
NM_052995.2 NCBI
UGCCUCCCCACCAUUCACCAGGCUCCACUGCACUGGCUCAUUCCUGCCU… 1444 nt 0.4543
NM_174878.3 NCBI
ACAGAAGCCGUUUCUCAUCAUGCCAAGCCAACAGAAGAAAAUCAUUUUU… 2087 nt 0.4025
Summary

This gene encodes a protein that contains a cytosolic N-terminus, multiple helical transmembrane domains, and an endoplasmic reticulum membrane retention signal, TKGH, in the C-terminus. The encoded protein may be important in development and homeostasis of the inner ear and retina. Mutations within this gene have been associated with Usher syndrome type IIIa. Multiple transcript variants encoding distinct isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the CLRN1 as a differentially expressed mRNA that was upregulated in the peripheral whole blood of sepsis patients compared to healthy controls [Qin et al. DOI:10.1097/JCMA.0000000000000209].