Basic Information

Symbol
ASCC1
RNA class
mRNA
Alias
Activating Signal Cointegrator 1 Complex Subunit 1 ASC1p50 CGI-18 P50 ASC-1 Complex Subunit P50 Trip4 Complex Subunit P50 Em:AC022392.3 SMABF2
Location (GRCh38)
10:72096018-72217653
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001198800.3
Sequence length
2479.0 nt
GC content
0.4389

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-731.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -775.75 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 603.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001369092.1 NCBI
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUAC… 2707 nt 0.4485
NM_001369093.1 NCBI
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUAC… 2584 nt 0.4443
NM_001369094.1 NCBI
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUAC… 2589 nt 0.4438
NM_001369095.1 NCBI
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCU… 2499 nt 0.4370
NM_001369096.1 NCBI
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCU… 2558 nt 0.4406
NM_001369097.1 NCBI
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUAC… 2663 nt 0.4457
NM_001369098.1 NCBI
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUAC… 2668 nt 0.4453
NM_001369099.1 NCBI
CUUUCUACCCUCAAUGCCGAGCACAGAACCUGGGGCAGUGUUUCCACUG… 2603 nt 0.4403
NM_001369100.1 NCBI
CCUAUCGCACGUCUGCUGCAGCAGUCUCCUGUUUCUCCUCCUACCUUCU… 2556 nt 0.4452
NM_001369101.1 NCBI
AGAGAACGCGCUCGCGUAGAGGAAUUCCGGGUCCUCCUCCUCGCCCUAC… 2800 nt 0.4532
Showing 11 to 20 of 31 entries
Summary

This gene encodes a subunit of the activating signal cointegrator 1 (ASC-1) complex. The ASC-1 complex is a transcriptional coactivator that plays an important role in gene transactivation by multiple transcription factors including activating protein 1 (AP-1), nuclear factor kappa-B (NF-kB) and serum response factor (SRF). The encoded protein contains an N-terminal KH-type RNA-binding motif which is required for AP-1 transactivation by the ASC-1 complex. Mutations in this gene are associated with Barrett esophagus and esophageal adenocarcinoma. Alternatively spliced transcripts encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the ASCC1 was down-regulated in liver tissue following γ-ray exposure, as identified through oligonucleotide microarray analysis of 6,050 genes [Roudkenar et al. DOI:10.1269/jrr.07078].